究读其书，不难看出万氏考据学有三个主要的特点：
    （一）经世致用的目的。万斯同是一个崇尚实学的史家，因而他从事考据的目的始终具有鲜明的“致用”色彩。其意在“使古今之典章制度烂然于胸，而经纬条贯，实可建万世之长策，他日用则为帝王师；不用则著书名山，为后世法”（15）。基于这一目的，他常常利用各种“讲会”公开宣讲自己关于古今田赋、兵制、选举、庙制、舆地等研究结果。“讲会”上他和大家一起辩论，命学生“从旁笔记其语，归而考证诸书，为文其词”（16），形成新的考据著作。此外，他还常常热情为社会各界答疑解惑，“或夜半飞骑到门，问以某事、某人，则答以片纸，云在某年月、某书、某卷。使者驰去，已而复来，率以为常。”（17）这种学用结合的治学风格，今天也值得学习。
    （二）实事求是的态度。万斯同从事考据的态度是实事求是的。他不排斥宋儒，也不墨守汉说，唯择善而从。限于篇幅，仅举其所撰《禘说》八篇为例。万氏从怀疑汉儒郑玄等释“禘”、“祫”二礼的矛盾入手，以唐宋新解为索引，溯源而上，历引先秦经史百家著作数十种，直摧汉说“禘”为祭天之礼，从而得出“禘、祫两名，礼无差降”，都是古人祭祖之礼。（18）其说为乾嘉考据大师惠拣等人所承袭。
    （三）会而通之的方法。会通考据法是一种历史考证法。它不但有利于解决某一具体问题，而且使人易于把握考释对象全部过程。万氏考据就内容而言，“统会经史，贯穿古今”，就方法而言则大多以“汇考”和“通考”为主，用他自己的话说，叫做“会而通之”。（19）如《石经考》一书，以时间为序，通释自西汉刻经于石，迄于五代“五经镂版”的石经沿革。《四库提要》认为此书与顾炎武的《石经考》和杭世骏的《石经考异》同为“不可偏废”的石经考据力作。又如《明代河渠考》一书，以实录、邸报和野史为据，按年考述明代河渠之变，其内容“视史志所载稍详”（20），无异于一部明代河渠史。
    但也必须指出，万斯同考据著作的缺陷也的确比清初其他考据著作多。首先是粗放。万斯同大多数通考性著作都比较粗放。如《声韵源流考》虽旨在考释声韵变化，历代韵书，但其书“草创未终，略无端绪，匡廓粗具，挂漏宏多……无一字考定，知为杂抄之本，不过储著书之材而尚未著书”。（21）又如，《历代宰辅汇考》，从全书格局看来，当为通释秦汉迄于晚明历代宰相制度和人物的专著。但该书除对东汉和明初略有考辨之文外，其余各朝只列示宰相姓名，过于简略。其二是疏漏。如《历代纪元汇考》中，西辽纪年考列三主二后凡77年，竟与《辽史》所纪相差13年之多。（22）又如，为了强调“读书当论道，不必以辞”，竟认为《古文尚书》“无一字可驳”，反将历代对此书的辨伪说成是“先儒皆故为偏说”。（23）其三是牴牾。《昆仑河源考》一书牴牾矛盾之处最多。如，明知古代“昆仑”并非专指一山，又要拘于《新唐书》和《元史》所记“昆仑”距长安的不同距离来否定唐人和元人所穷之河源并非一处。既不信元人都什“河出星宿海”的正确结论，又要据此来驳斥徐霞客对河源和江源的论断，因而得出“汉昆仑之旁绝无星宿海；元昆仑之旁去星宿海又远甚”的荒谬结论。
    四
    宋元忠义史研究是万斯同史学的一个重要组成部分。万氏现存宋季史著主要有《宋季忠义录》十六卷，《南宋六陵遗事》、《庾申君遗事》各一卷，以及《广宋遗民录订误》等札记，其所讨论的主题也是清初遗民学人所共同关注的问题。所以万氏上述著述在当时具有一定代表性和影响。
    长期以来，忠义史学被视为万斯同“爱国主义”的一块基石。但我们认为对此必须加以分析。
    在“异族”入侵的特定条件下，万氏歌颂宋末遗民的抗节忠义行为，固然具有一定的反抗民族压迫的色彩，但究其实质，则主要是为了阐扬封建忠孝节义精神，通过对宋季遗民忠义行为的肯定，要求清政府承认明季遗明的历史和现实地位。考万氏上述忠义著作大多作于康熙中叶之后，这时，清朝政权业已巩固，他们非但不惮表彰明末抗清志士，而且更需要利用这种忠节行为来加强其统治。因而，万氏忠义史学思想和清政府的利益并不矛盾。从这个意义上讲，我们不赞同把万斯同颂扬末季遗民忠义行为的史学称之为爱国主义史学。此外，我们看到，万氏研究宋元史的态度极不严肃，思想也非常陈旧，和别的史学领域相比，这确为万斯同史学的粕糟所在。
    限于篇幅，我们仅举两书为例。
    《南宋六陵遗事》旨在歌颂遗民不忘故主的“忠义”行为。元初杭州色目官僧杨琏真伽等人盗发南宋帝陵之事，首见于宋末周密《癸辛杂识》一书，官修《元史》亦依此说，从两书大致相同的记载看来，杨氏盗陵主要出于贪财，并没有什么政治目的。（24）但自元末遗民陶宗仪提出杨氏发陵“欲集龙骨，杂牛马之骨以为镇南塔”和南宋遗民唐珏等人冒死保护“龙骨”之说后，此事便逐渐被说成一次遗民忠义爱国的政治事件。（25）