房玄龄等人所撰《晋书》问世后，尽管当时就有人指出它存在的一些严重缺点，但因系官修，仍取代了诸家《晋书》，广泛流行，所谓十八家晋史著作渐次泯灭了。因新《晋书》包括了十六国史内容，《十六国春秋》以及十六国的"国别史"在当时已失去了自己的价值，如同十八家晋史著作一样，渐次亡佚了。
    关于《十六国春秋》亡佚的时间，清代学者有很多推测，王鸣盛认为："此书《隋志》一百卷，《唐志》一百二十卷，至《宋志》则无之，盖当五代及宋初而亡。"钱大昕认为："考《宋史·艺文志》、《崇文书目》、姚·陈·马三家书目，不载崔鸿《十六国春秋》，则鸿书失传久矣……是宋人已无见此书者。"③全祖望认为："司马温公《通鉴》荟萃诸书，其记南北朝事，除晋、宋诸正史外，以崔鸿《十六国春秋》、萧氏《三十国春秋》为多……马氏《通考·经籍考》中不列是书，则宋时已鲜传者"；又云："温公《通鉴考异》引鸿《年表》，则当是时《年表》必尚未失。"汤球认为："其不传也久矣，故隋、唐以后皆不著录。"归结起来有两说，一是"五代及宋初而亡"，一是"宋时已鲜传者。"考司马光《资治通鉴考异》，直接引用《十六国春秋》材料达数十条，其中多不见于唐、宋类书；司马光还直接引用《十六国春秋目录》，说明司马光肯定看到了《十六国春秋》，至少是看到了包括目录在内的《十六国春秋》的残本。另外，宋初曾参预编修《太平御览》、《文苑英华》的吴淑，在他编纂的《事类赋注》中也曾征引《十六国春秋》，其中卷28"龟条"所引《十六国春秋·前秦录》云：
    苻坚末，高陵人穿井得龟，大三尺，背文象八卦，坚命太卜穿池养之，食以粟。及死，藏其骨于太庙，是夜庙丞高虏梦龟谓曰：我出将归江南，遭时遇，殒命秦庭。虏于梦中自解曰：龟三千六百岁，终必妖兴，亡国之征也。未几坚败。
    此段引文中"苻坚末"至"食以粟"，亦见《太平御览》卷122，而"及死"以后57字，不见它书征引，说明吴淑看到了《十六国春秋》。由此可证，至少北宋前期《十六国春秋》尚存，《宋志》及宋朝目录学著作未著录《十六国春秋》，正说明"宋时已鲜传者"，而不能断言宋时已完全亡佚。宋末元初人胡三省注《资治通鉴》，未用一条《十六国春秋》原文，表明胡氏未见是书。因此，可以推测《十六国春秋》大约亡佚于南宋之时。王、钱、汤诸家之说有所失检，而全氏之说较为允当。
    《十六国春秋》虽然亡佚了，但值得庆幸的是自《十六国春秋》问世之后，曾引起人们的高度重视，不少类书和其他方面著作，或直接引用，或辗转相抄，从而保存下来大量《十六国春秋》佚文，如《太平御览》引用了800余条，⑦《北堂书钞》、《艺文类聚》、《初学记》、《资治通鉴考异》、《开元占经》、《广韵》等也都有大量的征引。至于《魏书》、《通典》、《资治通鉴》也肯定直接使用大量《十六国春秋》材料，只不过不能武断其中哪些一定是《十六国春秋》原文罢了。正是如此，明清学者才有辑佚《十六国春秋》之作。
    屠氏刊本与何氏《汉魏丛书》本
    《十六国春秋》亡佚后，在明朝先后出现繁简不同的《十六国春秋》两种版本，一是万历年间屠乔孙刊百卷本《十六国春秋》，仍署崔鸿撰（下文简称《屠本》），一是嘉靖年间何镗所辑，万历年间刊出的《汉魏丛书》所收16卷本《十六国春秋》（下文简称《何本》）。
    《屠本》在明朝至少刻两次，一是王鸣盛所云"贺灿然为序"本，一是钱大昕所云"朱国祚序"本，皆100卷，唯前者云屠乔孙与友人姚士粦为之，后者署屠乔孙、项林之所刊。按：屠、姚、项三人《明史》皆无传，其事迹不可详考，抑或三人共为之。清朝有乾隆四十六年仁和汪日桂竹书山房重刊本，汪氏序中有"爰加校刊"一语，流行至今。但是，清代学者对《屠本》群起而攻之，称其为伪书。王鸣盛云："明槜李屠乔孙迁之刻，贺灿然为序者，亦为一百卷，乃乔孙与其友人姚士粦辈取《晋书载记》、《北史》、《册府元龟》等书伪为之，非原本。浦起龙注《史通》云：'屠欲起斯废，毋假初名，毋袭卷数，显号补亡可也。匿所自来，掩非己有，真书悉变为赝书矣'。"全祖望云："若以愚观之，则直近人撮合成书，驾托崔氏，并非宋时所有也……温公《通鉴考异》引鸿《年表》，则当是时《年表》必尚未失，而今本并无有。又（崔鸿）《本传》称，鸿书皆有赞，序评论，在《通鉴》亦多引之，今本但取《通鉴》所引附注传尾，尚得谓非赝本邪！"又云："若在崔氏，今本有同一事而三四见者，况其列传大都寥寥数行，不载生卒，不叙职官，东涂西抹，痕迹宛然，是不辨而自见者，古今无此史例也。"钱大昕云："明万历嘉兴屠乔孙、项林之所刊，前有朱国祚序，凡一百卷，盖钞撮《晋书载记》，参以他书附合成之，其实亦赝本也……明人好作伪书，自具眼者观之，不直一哂耳。又考《北史·崔鸿传》，鸿既为《春秋》百卷，别作《序列》一卷、《年表》一卷。今本无《序列》、《年表》。又鸿子子元奏称：亡考刊赵、燕、秦、夏、西凉、乞伏、西蜀等遗载为之赞、序，褒贬评论。今本有叙事，而无赞论，此其罅漏之显然者。"
    诚如清代学者所云，《屠本》并非崔氏之旧，属于伪书之例。但是，尽管《屠本》体例多与《崔鸿本传》记载不合，又列传内容简略，通过初步翻检，《屠本》取材都有所据，并非杜撰。其中主要以《晋书·载记》、《张轨传》、《凉武昭王李玄盛传》以及其他十六国人物传为基础，又旁采群书之《十六国春秋》佚文以及涉及十六国史事的南北朝著作而写成，实为辑佚之作。其体例与《崔鸿本传》不合，无赞、序之类，无《序例》、《年表》；以及列传内容简略失体，这些正说明无据补缀者，只好罅漏，不敢杜撰。不过，既不说明辑佚之体例，又仍署崔鸿之名，以假乱真，称其为伪书，也不冤枉，从辑佚角度看，屠氏以《晋书》所记载之十六国史事为基础，就已失当，正如前文所说，房玄龄等人撰《晋书》，凡十六国史事皆以《十六国春秋》为蓝本，但反过来，决不能把《晋书》所记载十六国史事视为崔氏之旧。而且，屠氏为了务求恢复崔氏之全貌，不加考证，凡群书记载十六国事一律收入，又不注明出处，真假难辨，正如汤球所云："明屠乔孙本自是伪撰，而采录繁富，知寝馈此书有年，第务为夸多，凡关十六国者一概收入，岂唯无征不信，亦似太乏剪裁，不但诸小记，如《邺中记》之类，不宜入此。即如《魏书》所载与诸国交争，每夸大其词，何与十六国而载之。《鸿本传》云，鸿以其书与国初相涉，言多失体，不奏。则岂有此。"（11）总之，《屠本》确是《十六国春秋》辑本，只因体例失当，是一部很不理想的辑本。