由于孙中山满心指望台湾方面的援助，所以他在惠州起义爆发后要郑士良指挥义军向闽南方向挺进。这样一来，郑的起义队伍就远离了原先计划配合起义的新安博罗之江公喜部和梁慕光部，及广州邓荫南、史坚如所联络的响应力量，而成了长途跋涉作战的孤军。这大大有利于清军集中兵力来堵截这支义军的主力。就在起义军与清军苦战前进的10月中旬，日本政府实行了改组，伊藤博文出任内阁总理大臣，他重申“既不许儿玉协助中国革命，又不许日本武官投效于中国革命军，并禁止军械出口”。（注：中国近代史资料丛刊《辛亥革命》（一），上海人民出版社1957年版，第241页。）至此，孙既无法取得台湾方面的军火等接济，又不能从日本方面取得任何物资援助。他只得派日本友人山田良政带信给在三多祝待援的郑士良，信中指示“政情忽变，外援难期即，至厦门，亦无所为，军中之事，请司令自决进止”。（注：广东省社会科学院历史研究室、中国社会科学院近代史研究所中华民国史研究室、中山大学历史系孙中山研究室合编：《孙中山年谱》，中华书局1980年版，第50页。）郑接信后被迫于10月22日解散义军，后自率数百名骨干避往香港。山田良政则因归途迷路，被清军抓获遇害。一度轰轰烈烈的惠州起义就这样失败了。
    惠州起义的失败有其必然性的原因，这就是当时革命的时机尚未完全成熟，兴中会的革命力量还过于弱小，而清廷的反动势力却相对的强大；而起义者的军械等准备未绪，依靠的外援完全落空，及为此而采取了不切实际的舍近（广州）求远（厦门）战略，致使几处的起义队伍没相互配合形成合力等，则是导致这次起义很快就失败的直接原因。惠州起义虽然失败了，但它却产生了深远的影响。首先，它表明孙中山和他领导的兴中会当时在中国首倡民主共和，发动依靠广大的下层劳动群众，坚持以武装革命斗争作为反清的主要手段，是选择了一条代表近代中国社会历史发展前进方向的、正确的民主革命道路。其次，这次起义具有重大的宣传作用，扩大了民主革命派的影响，成为中国民主革命力量由小到大的历史转折点。