元代医生中，“庸医”多，江湖医生多，已见上述。与之相应的是假药盛行，毒药泛滥。至元九年（1272年）中书省的一件文书中说：“七月二十一日，阿合马平章奏：‘如今街上多有卖假药，及用米面诸色包裹诈装药物出卖的也有，恐误伤人性命。’奉圣旨：‘您也好生出榜明白省谕者。如省谕已后有违犯人呵，依着扎撒教死者’（注：《元典章》卷五七《刑部十三·禁毒药·禁货卖假药》。）。“扎撒”是蒙语音译，意为法律。也就是说，如果在禁令发布以后再卖假药，就要按照法律处以死划。尽管如此，假药并未禁绝。元贞二年（1296年）监察御史的呈文中说：“切见大都午门外中书省、枢密院前，及八匝儿等人烟辏集处，有一等不畏公法假医卖药之徒，调弄蛇禽傀儡，藏撇钹到花钱击鱼鼓之类，引聚人众，诡说妙药。无知小人利其轻售，或丸或散，用钱赎买，依说服之，药病相反，不无枉死。参详京师天下之本，四方取法者也。太医院不为禁治，不唯误人性命，实伤风化。理宜遍行禁治。”中书省批准这一建议（注：《通制条格》卷二一《医药·假医》。）。“八匝儿”是突厥语音译，义为市集。可见京师大都的热闹去处假药泛滥成灾。京师如此，外地可想而知。
    中药铺中出售的药物，有一部分是含毒性的。有毒的药物在治疗某些医病时是必需使用的，此外也有人在酿酒时“加以马蔺、芫花、乌头、巴豆大毒等药，以增气味”（注：《卫生宝鉴》卷四《饮伤脾胃论》。）。更有甚者，则用来害人。杂剧《感天动地窦娥冤》中，张驴儿从药铺买来毒药，原想毒死蔡婆婆，结果毒死了自己的父亲（注：《元曲选》第1504-1506页。）。毒药的随意买卖，是社会的不安定因素。至元五年（1268年）的圣旨中说，有些“开张药铺之家”“往往将有毒药物如乌头、附子、巴豆、砒霜之类，寻常发卖与人，其间或有非违，杀伤人命”，因而，“严加禁约”（注：《元典章》卷五七《刑部十九·禁毒药·禁卖毒药乱行针医》。）。大德二年（1298年）中书省上奏说：
    俺与太医院官、部官众人一处商量得，今后如砒霜、巴豆、乌头、附子、大戟、莞花、黎蒌、甘遂这般毒药，治痛的药里多用着，全禁断呵，不宜也者，如今卖药的每根底严切禁治，外头收采这般毒药将来呵，药铺里卖与者。医人每买有毒的药治病呵，着证见卖者。卖的人文历上标记着卖与者。不系医人每闲杂人每根一底休卖与者。这般省谕了明白知道。卖与毒药害了人性命呵，买的卖的两个都处死者。闲杂人每根底卖与阿（呵），不曾害性命有人告发呵，买的卖的人每根底各杖六十七，追至元钞一百两与元告人充赏者。又街市造酒曲里这般毒药休用者。
    这件上奏文书得到皇帝批准（注：《元典章》卷五七《刑部十九·禁毒药·禁治买卖毒药》。）。它对毒药买卖作出了具体规定。毒药采集后，只许卖给药铺，药铺只能卖给医生，出卖时要有见证人，还要登记在册。凡因毒药买卖伤害人命，买卖双方都要处死，卖给不是医生的闲杂人，不曾伤害人命，一经举报，买卖双方都杖六十七，罚钞百两。不许用毒药酿酒。等等。显然，毒药害人已成为社会公害，但又不能完全禁止，于是便采取种种办法，加强管理，控制毒药的流通。但这些禁令的效果如何是值得怀疑的。《窦娥冤》中张驴儿就是“闲杂人”，他用恐吓的手段从药铺得到了毒药。
    毒药酿酒亦能害人。罗天益认为饮用这样制造出来的酒“伤冲和、损精神、涸荣卫、竭天癸、夭人寿者也”（注：《卫生宝鉴》卷四《饮伤脾胃论》。）。因而大德二年的文书中专门提到禁止用毒药造酒出售。到了至大四年（1311年），太医院又上奏说：
    在先薛禅皇帝、完者笃皇帝时分，曲药里多用有毒的药物，为伤人的上头，遍行文字禁断来。如今造酒踏曲的都交严行禁断，更要罪过呵，怎生？
    皇帝表示同意，宣布“合禁药物”有砒霜、巴豆、乌头、附子、大戟、莞花、梨蒌、甘遂、侧子、天雄、乌喙、莨菪子共十二种（注：《元典章》卷五七《刑部十九·禁毒药·禁治毒药》。）。“薛禅皇帝”是元世祖忽必烈，“完者笃皇帝”是文成宗铁穆耳，可见用毒药酿酒，也是屡禁不止的。