除了进步学人主动追求新知之外，清廷的废科举、书院，兴学堂、奖励留学，也在更大的范围内对人们的知识结构进行着一种具有导向性、强制性的的调整。
        一般认为，清末教育改革推动了中国教育近代化进程，同时又依然保留着浓厚的封建色彩。前者主要表现为对西方教学方式、方法和内容有意识的引进，西学科目的明显增多、渐成体系等。而其封建性则突出体现在中体西用的指导思想，忠君、尊孔的教育宗旨，以及在课程设置方面对儒家经典的重视。然而，西学的传播与儒学的衰微，作为一个趋势并不会因为统治者的抗拒和固守而发生根本性的改变。这一点就是在清廷主持的教育改革中也可看出某些端倪。以下反映清末学堂读经讲经课程的表格，是根据清廷颁布的有关章程综合而成的：
        学堂名称周课时合计约占总课时百分比
        初级师范45（5年）25%
        优级师范15（3年）13%
        中等学堂45（5年）25%
        中等学堂文科50（5年）28%
        中等学堂实科15（5年）8%
        改订中等学堂文科31（5年）17%
        改订中等学堂实科15（5年）8%
        （见《中国近代学制史料》第二辑上、下册。）
        从上表可以得出这样几点认识：
        首先，面对儒学衰微这一趋势，清统治者既有固守、抗拒的一面，也有被迫调整以顺应潮流的一面。作为癸卯学制的主要拟订者，张之洞很清醒地意识到改书院、变科举、兴学堂给儒学正统地位造成的冲击。他对经学课程的强调，就是对这种冲击的回应。“至于立学宗旨，无论何等学堂，均以忠孝为本，以经史之学为基。”--张之洞的这种想法发自真诚，他对儒学地位的捍卫亦是不遗余力。但另一方面，张之洞又是识时务的。他不愿意看到儒学的衰微，但却从未奢望还能以科举、书院来拯救儒学的命运。他所做的不过是防范在前（加强经学课程），以及补救于后（奏设存古学堂）。
        其次，分科教育进一步减弱了儒学的影响。宣统元年，清廷批准学部所请，在中学堂实施分科教育。分科之后，经学在文科中的课时仅增加了3%，但在实科中却被降为通习课，课时减少了17%，而实科中的算学、外语、理化、博物等课程的分量则都有所加重，课时增幅在3%-9%。宣统二年底，学部根据各方意见，又提出了分科教育的改订方案。虽然因清廷的灭亡而未及实施，但其间的变化仍值得注意。如文科的经学课时已经少于分科之前，程度也相应地有所下降。实科的经学课时虽未变化，但却取消了五年级的读经。
        再次，专门学堂不设读经课程。较之分科教育，专业化潮流对儒学的冲击在大量出现的专门学堂里表现得更为明显。在专门学堂中不设专门的读经课程，甚至在清末最后几年发展迅速的法政学堂也同样如此，虽然这种学堂的宗旨是为朝廷培养专门的政治、法律人才。此类学堂的儒学教育，大都由人伦道德一科来承担，一般每周为1-2个课时，仅约占总课时的3%-5%。
        总之，虽然统治阶级这时仍然强调尊孔崇儒，坚持中体西用，但在实践中，则是对“用”日益重视，其内容也逐渐丰富，从实用技术到兼顾学理，由西艺发展到西政，甚至出现了以“用”压“体”的趋势。理学家的明体卫道之作和汉学家的解经注经，多被官方指责为空谈性命、空疏无用。在学校中，与“体”相关的课程不断被压缩，而讲授西学的课程则有大幅度的增加。官方正统儒学显现给世人的，主要是日益僵化且与专制王朝命运紧密相关的、以三纲五常为核心的道德学说，与社会的发展愈发脱节。
        教育、考试体制的变革，对于人们知识结构的调整产生了很强的导向作用。被人轻视的出洋留学，成为了名利兼收之举。“今出洋求学可得富贵名誉，较之一秀才、举人、进士、翰林，不能必得，得之亦为侥幸，而又与学问无关系者，相去远矣。夫航洋可学、可贵、可富、可名誉”[1]（《劝同乡父老遣子弟航洋游学书》，P386）。况且“自东国游学途辟，东学之输入我国者不少，新书新报年出无穷，几于目不暇给，支那人脑界于是不能复闭矣”[21]（P739）。反之，那些固守旧学之辈，则明显地感到了生存的压力。“自国家变法以来，校士皆以策论考试，所最重者外洋之法，凡能外国语言文字者，即命为学堂教习，束脩极厚，故当时人士俱舍孔孟之学而学西人之学，以求速效。问有讲求孔孟之道，谨守弗失，不肯效俗趋时者，竟呼之为‘顽固党’，非但屏逐之，而且禁锢之”[21]（P126）。他们自怜自怨，徒唤奈何。“时运之使然，无可如何者也”，“天意茫茫，令人难测”[21]（P140、147）。虽然清廷对经学在课程设置中的比重有具体的规定，但事情的发展有其自身的逻辑，而并不以清廷的主观意志为转移。所以，在教育实践中，突破清廷有关章程的规定，致使在学堂教育中经书废读，在当时已不是个别的现象，对此有大量的材料可以证明。不仅如此，时人已直接将批评的矛头指向了规定读经的章程本身。比如，张謇不仅撰文批评小学读经不切实际，而且在《呈学部文》中，对规定小学读经的章程公开提出批评[22]（《学制宜仿成周教法师孔子说》，《呈学部文》，P22,86-87）。还有人则是借日人之口批评小学读经：“至经籍繁多，必不可令儿童背诵，以伤脑力；惟宜列为专门之学，以待学人之研究。若以列于普通教育，亦未见成童以下之学者真能治此也。”[10]（《支那教育问题》，P44）停止小学读经，这对于改变知识结构可算是一种釜底抽薪的做法，其意义深远。民国年间，张謇以及曾主持湖北自强学堂的程颂万都“自悔前之失计”，转而重提小学读经，理由之一就是少不读经，“及其成年受室，则与旧书长绝”[23]（P35），“一切经书不复寓目”。[22]（《尊孔会第一次演说》，P148）学者钱穆则指出：“民国以来，中国学术界分门别类，务为专家，与中国传统通人通儒之学大相违异。”[24]这从不同角度说明了清末知识结构变化的成效。
        无论是得风气之先的知识分子主动的自我调整，还是按照政府导向被迫作出改变，都反映出这一时期知识分子的思想观念、知识结构已经发生了很大的变化。