政府清乡的主要的办法是出动军警清剿盗匪，随意击毙“拒捕”者，并厉行处决被捕者。朱执信负责广阳绥靖处时，“杀人不知凡几”。（注：①《粤省之军政界内幕》，《时报》（上海）1912年12月3日。）他的继任者周之贞也是“奔走指挥，杀人如草”（注：钟荣光：《广东人之广东》，1913年印本，第6页。）。总绥靖处、各路绥靖处、海军司、警察局以及各县长、清多军队的指挥官，实际上都有处决犯人的权力。（注：例如，顺德县长吴非“到任月余，所杀不下百人，因此大得绅士欢心”（《顺德大开杀戒》，《民生日报》1912年8月12日）。东莞县长岑学侣上任8个月处死188人，其中“以赌被杀者”61人（《岑学侣大骂伦耀华》，《民生日报》1913年1月24日）。）军政府明确规定，“赌盗会斗”案件一律按军法执行，无需依照法律审理，被告也不准请律师辩护。（注：《司法司谕》，《广东公报》第8号（1912年8月9日）；《军法局不准律师辩护》，《民生日报》1912年8月6日。）处决往往不宣布罪状或只以“无恶不作”等语蔽之。（注：例如，1912年5月6日，广州警察厅告示：“枪毙在西关无恶不作之匪犯袁税、汤培、劳珠、杜苏、胡福、梁河源”，见《广东临时省会议事录》，广州清风桥文茂印务局承印（未见年月），第68页。1913年7月陈炯明继任都督后通令：“嗣后执行死刑案件，务先宣布罪行。”（《执行死刑须宣布罪状》，《民生日报》1913年7月7日）可见，广东军政府治理期间很多死刑没有宣布罪状。）尽管都督也颁布过禁止滥杀、要依法判决等命令，但并没有采取有效措施，也没有官员因滥杀受到严厉处分。全面清乡不到1年，据说“杀人且溢万矣”（注：《囚犯之福音》，《民生日报》1913年4月17日。）。议员批评军政府：“厉行军律以待平民，尝有小小犯法，遂罹枪毙者不知凡几。草菅人命，民国岂宜有此？”（注：《二十八日省会议案再续》，《民生日报》1913年3月5日。）香港的报纸则批评说，广东清乡的军队“滥刑残杀，创古未见”（注：《论粤东剿匪事宜》，《香港华字日报》1913年4月9日。）广东军政府基本采用清朝官员的做法，所不同的是革命党人在乡村的支持者更少，而敌人则可能更多。因此，清乡的成效也就不比清末好。有议员总结说：“自设绥靖处以来，地方盗风，仍未销减”。（注：《四月十一日省议会速记录》，《民生日报》1913年4月17日。）从广州郊区的情况可见一般。1912～1913年间，广州东郊广九铁路的车陂、南岗等站均被劫，并炸毁车陂至石牌路轨两次。（注：《粤路近事记》，《申报》1913年3月26日。）1913年4月，“各匪以联义堂名目，召集党羽，大会高增圩（笔者按：今属广州白云区），各持曲尺驳壳，轰放示威；摆酒八十余席，商议勒收行水事”。记者在报道这则消息后慨叹：“查高增圩离省城不远，匪党竟取明目张胆如此！不知有地方之责者，果系置若罔闻否也。”（注：《高增圩群盗高会》，《民生日报》1913年4月26日。）盗匪的“打单”信，竟然送到有重兵守卫的石井兵工厂（位于广州城郊）。（注：《兵工厂亦有贼匪打单》，《民生日报》1913年7月3日。）广东军政府曾规定，赌博者可处死刑。（注：陈炯明曾出告示：对赌麻雀者“必以军法治之，杀无赦”。（《赌麻雀者杀无赦》（《民生日报》1912年6月1日））尽管人杀了不少，但珠三角的赌风依旧，“私赌私烟，四乡如故，公然开设，愍不畏法；兵来则散，兵去又聚”；广州城外的黄沙火车站往北，一路都是“烟赌林立”。（注：《烟精大作反》，《民生日报》1912年8月21日；《烟赌林立》，《民生日报》1913年1月4日。）佛山郊区的石湾等处的番摊也是“屡捕屡开”，并有土匪、士绅包庇。报纸用《激死陈军长》（因陈炯明禁赌最力）为题报道了此事。（注：《激死陈军军长》，《民生日报》1913年3月19日。粤语“激死”即“气死”。）在这里随手列举广州《民生日报》1912年底到1913年初报道顺德、南海、番禺的一些标题：（顺德）《到处皆闻缉捕声》、《清乡自清乡，贼劫自贼劫》、《顺德其终为盗乡乎》，（南海）《赌匪视县长如无物》、《乡民视县长如天帝》、《匪徒视军队如无物》、《李县长其如盗贼何》，（番禺）《地方之患在纵盗》、《明目张胆之白日劫案》、《劫匪披猖》、《盗贼世界》。（注：分别见：《民生日报》1912年l2月11日、12月23日、12月28日、12月31日、1913年1月6日、1月10日、3月1日、3月14日。）从这些标题不难想象，即使在大举清乡后，广东军政府对广州附近的乡村也未能建立有效的控制。
        在省城广州，广东军政府集中了大量军队、警察；为恢复和维护广州的治安，也采取了严厉的手段。负责广州治安的警察厅长陈景华曾不无自豪地宣称：“景华以杀人著，人所皆知”（注：《陈警厅之杀人谈》，《民生日报》1912年5月14日。）。他曾因两角戏院门票的细故枪决一名警察。（注：《警厅关于缉拿私烟公布》，《民生日报》1912年7月29日。）“共和同人总会”的创办人容舜卿被陈景华枪毙，罪名不过是“在米埠河旁，勒令水面船户挂号编籍；其章程有云非入会不能平等自由、非入会不能保护生命财产等语，”（注：《枪毙立会敛钱之容舜卿》，《民生日报》1913年5月14日。）洗涌铺户选出的乡约议事会议长、医生谢石村以“私自设会，每人收银五角；招集河南洗涌一带无赖，以与街坊为难”的罪状被捕。（注：《警察厅宣布谢石村罪状》，《民生日报》1912年5月22日。）谢被捕后，“约中各铺户联盖图章赴保”，但因谢同陈景华顶撞，仍被枪毙。（注：《广东临时省会议事录》，广州清风桥文茂印务局承印（未见年月），第67～76页。）当然，被处决的多数是会党、盗贼与有赌博等违法行为的人，但无论按清朝还是民国的法律，这些人多数罪不至死。陈景华的解释是“为维持治安计，不惜牺牲少数人之生命，冀谋多数人之幸福”（注：《警察厅答省会函》，《民生日报》1912年5月25日。）。这反映出广东军政府要不惜一切手段以建立新秩序，尤其要维护广州城治安的决心。
        广东军政府努力在思想文化方面建立新的规范，如废止除孔庙以外的各种“与民国无取焉”的祠庙；（注：《祀典存废咨文》，《民生日报》1912年5月21日。）下令拆毁清朝官绅住宅祠堂的标榜官衔功名的牌匾、旗杆；（注：《奴隶头衔之末日》，《民生日报》1912年6月17日。）不准清朝士绅依仗科举功名继续霸占学田以及在祭祀中领取“双胙”（注：《学界前途尽扫污秽》，《民生日报》1912年6月21日。）；禁演“劝奖奸淫”的粤剧，要求戏班演“唤起国民爱种尚武之精神”的好戏。（注：《陈警厅论戏文》，《民生日报》1912年8月16日。）还“禁神诞、禁烧衣、禁打醮、捉喃巫……禁妓馆、禁瞽姬、禁沙艇宿客、禁紫洞艇不得留人过夜……禁卖阴骘文、禁学堂拜孔子”；（注：《民生主义与民死主义（续）》，《时报》（上海）1913年5月16日。）甚至出动军警禁止端午龙舟竞渡；（注：《水陆两警察禁止竞渡》，《民生日报》1913年6月11日。）让军队“禁止闺女参神”（注：《军队劫掠派员彻查》，《香港华字日报》1913年4月15日。）。广东军政府对舆论的控制比北京还严。例如，广州的《总商会报》、《公言报》、《佗城报》因为在军政府解散民军时作了不利于陈炯明的报道而被封禁，《佗城报》编辑发行人陈听香还被处决，（注：《专电》、《粤都督枪毙报馆发行人》，《申报》1912年3月23日、4月16日。）开了民国时期记者因新闻报道被枪毙的先例。《总商会新报》因“于前总统孙中山任意诋毁”被封禁。（注：《诋毁前总统之报馆勒令停版》，《时报》（上海）1913年1月14日。）革命党人希望通过这些措施，强化居民对共和制度以及革命党政权的认同，培养居民的新的行为规范和道德观念。