对于江藩独尊汉学、甚至不无门户之见的《汉学师承记》，当时即有学者认为不妥。该书初编成时，自认是江藩晚辈的龚自珍就曾致信于他，指出该书“名目有十不安”，建议改书名为《国朝经学师承记》。信中言：
    夫读书者实事求是，千古同之，此虽汉人语，非汉人所能专。一不安也。本朝自有学，非汉学，有汉人稍开门径，而近加邃密者，有汉人未开之门径，谓之汉学，不甚甘心。不安二也。……若以汉与宋为对峙，尤非大方之言；汉人何尝不谈性道？五也。宋人何尝不谈名物训诂？不足概服宋儒之心。六也。……国初之学，与乾隆初年以来之学不同，国初人即不专立汉学门户，大旨欠区别。十也。[3]（P346-347）
    从这段文字来看，龚自珍所以建议江藩改书名为《国朝经学师承记》，主要理由在于“汉学”二字不能概括清朝开国以来的学术，其本身也不是一个严谨的概念。尤其在汉宋问题的处理上，实存偏差。所以，这样的写法，有明显的门户之见，不易为世人接受。
    龚自珍之外，还有一些学者对《汉学师承记》不满，特别是宋学家表示了强烈反对之意。为此，江藩不得不略示退让，撰《国朝宋学渊源记》以调停。他说：
    藩少长吴门，习闻硕德耆彦谈论，壮游四方，好搜辑遗闻逸事，词章家往往笑以为迂。近今汉学昌明，遍于寰宇，有一知半解者，无不痛诋宋学。然本朝为汉学者，始于元和惠氏，红豆山房半农人手书楹贴云：“六经尊服、郑，百行法程、朱”，不以为非，且以为法，为汉学者背其师承，何哉？藩为是记，实本师说。[4]（卷上，P187）
    这段文字，表面上看对宋学抱尊崇态度，实则仍未脱离汉学家基本立场，江藩只不过是谨遵师说而已。吴派惠氏主“六经尊服、郑，百行法程、朱”，认为能将汉儒训诂之学与宋儒立身之学统一起来，知行合一，方为大儒。也就是说，他们对宋儒立身制行之长是肯定的，所否定者只是宋儒性理之学。在这个意义上，江藩说自己撰《宋学渊源记》“实本师说”，当然不差。而且值得一提的是，惠氏的这种立场，大体亦是汉学家对待宋学的共同立场，江藩自也不例外。
    前已言及，清人眼里的宋学一般指理学，所以《国朝宋学渊源记》实际是为清代理学家所立之传。以往学者修史立传，大都意在表彰传主及其所代表的学术，江藩此书虽也对传主有所彰扬，但因其以汉学家立场为宋学家立传，故对宋学多有贬抑，名为调停汉宋，实仍未脱尊汉抑宋窠臼。如在谈及汉、宋两学关系时，他说：
    汉兴，儒生攟摭群籍于火烬之余，传遗经于既绝之后，厥功伟哉！东京高密郑君集其大成，肄故训，究礼乐。以故训通圣人之言，而正心诚意之学自明矣；以礼乐为教化之本，而修齐治平之道自成矣。爰及赵宋，周、程、张、朱所读之书，先儒之义疏也。读义疏之书，始能阐性命之理，苟非汉儒传经，则圣经贤传久坠于地，宋儒何能高谈性命耶？后人攻击康成，不遗余力，岂非数典而忘其祖欤？[4]（卷上，P186）
    由此言可判定，江藩心目中的宋学离不开汉学。宋代理学大儒周（敦颐）、程（颢、颐）、张（载）、朱（熹）所读之书，皆为“先儒之义疏”，正是读了先儒义疏之书，方得以“阐性命之理”，而此义疏之书，主要是东汉郑玄等人之作，在这个意义上，“苟非汉儒传经，则圣经贤传久坠于地，宋儒何能高谈性命耶”。所以，宋学对于汉学具有依赖性。相反，汉学可离开宋学而独存，汉儒之“肄故训，究礼乐”，可达宋学义理之境，所谓“以故训通圣人之言，而正心诚意之学自明矣；以礼乐为教化之本，而修齐治平之道自成矣”，即汉儒之名物训诂，已使“正心诚意之学”和“修齐治平之道”“自明”、“自成”，无须宋儒再度阐发。这样的论调，显然有尊汉抑宋的用意。
    《国朝宋学渊源记》的偏颇，时人看得很清楚，伍崇曜在为该书作跋时，便曾指出：“郑堂专宗汉学，而是书记宋学渊源，胪列诸人，多非其所心折者，固不无蹈瑕抵隙之意。”[5]（P231）
    若将《国朝汉学师承记》与《国朝宋学渊源记》联系起来考察，当更能清楚地看出江藩的编修意图。有学者就此作过考察，其结论是：“如果说，《国朝汉学师承记》的编修是将汉学作为清代学术史的主线，旨在重振汉学，突出汉学的地位；那么，《国朝宋学渊源记》的编修则是将宋学作为清代学术史的辅线，旨在彰显汉学，而不是突出宋学。这是江藩编修《国朝宋学渊源记》的真正意图所在。”[6]（P385-386）