以内容论，可分为三类：
    第一类是贯通性的著述，叙述长时段的学术源流演变历程，或者起自先秦，或者始于汉、宋，如孙奇逢的《理学宗传》（汉代至明代）、熊赐履《学统》（先秦至明代）、魏裔介的《圣学知统录》（先秦至明代）和《圣学知统翼录》（先秦至明代）、范镐鼎的《理学备考》（汉代至明代）、窦克勤的《理学正宗》（宋代至明代）、朱显祖的《希贤录》（先秦至明代）、钱肃润的《道南正学编》（宋至明）、朱搴的《尊道集》（先秦至明代）、张伯行的《道统录》（先秦至宋代）等。
    第二类是断代性的书籍，只论述一两个朝代的学术历史，涉及的时段较短，但以叙述明代学术史为多。如黄宗羲的《明儒学案》（明代）和《宋元学案》（宋元两代）、汪佑的《明儒通考》（明代）、张夏的《洛闽源流录》（明代）、范镐鼎的《国朝理学备考》（清代）、《广理学备考》（明代）、张恒的《明儒林录》（明代）、张伯行的《伊洛渊源续录》（宋元两代）、《道南源委》（宋代）等。
    第三类是写某一地区学术史的著述。汤斌的《洛学编》（河南）、耿介的《中州道学编》（河南）、魏一鳌的《北学编》（河北）、王维戊的《关学编本传》（陕西）、王心敬的《关学编》（陕西）。
    以著作结构论，也可分为三种不同情况：
    一类著述仅由传记构成，如魏一鳌的《北学编》、魏裔介的《圣学知统录》和《圣学知统翼录》、王维戊的《关学编续本传》、张伯行的《道统录》。
    第二类著述不仅有传记，还有作者的按语或附论，如熊赐履的《学统》、张夏的《洛闽源流录》、汤斌的《洛学编》、汪佑的《明儒通考》。
    第三类著述除有传记、按语或附论外，还收录传主代表作的节录或语录，如黄宗羲的《明儒学案》、《宋元学案》、孙奇逢的《理学宗传》、范镐鼎的《理学备考》、《国朝理学备考》及《广理学备考》、窦克勤的《理学正宗》等。
    清初编辑出版的学史著作尽管数量众多，但就质量而言则纯驳不一，不少著作存在经史脱节、内容芜杂、剿袭先儒语录糟粕的问题。梁启超在上文所批评的弊端大量存在。如范镐鼎的《理学备考》等三部书，从规模、收录人物数量上说，可称诸书之冠，但多数内容是汇录他人著作的片段，“扰金银铜铁为一器”，缺乏作者自己的综合、辨析，不免给人以主旨不明、矛盾百出、内容冗杂之感。如《理学备考》就把力主程朱的《学统》（熊赐履）、《洛闽源流录》（张夏）与有明显陆王倾向的《理学宗传》（孙奇逢）、《明儒学案》（黄宗羲）等书硬性拼凑在一起，无论在内容上，还是在体例上，都显得极不协调。再如，魏裔介的《圣学知统录》及《翼录》、熊赐履的《学统》、张夏的《洛闽源流录》、张伯行的《伊洛渊源续录》及《道统录》等书，带有明显的尊程朱、排陆王的偏见，为典型的“以史昌学”之作。当然，这里既有编者的指导思想、学识素养的问题，也有编写体例方面的问题。相比较而言，黄宗羲的《明儒学案》更完善一些，为清初学史著述中的佼佼者。
    黄宗羲具有很高的史学素养，非常重视对史书体例的讲求。他对当时流行于世的一些学术史著述并不满意，批评它们的缺陷与不足。他在《明儒学案发凡》中写道：“从来理学之书，前有周海门《圣学宗传》，近有孙钟元《理学宗传》，诸儒之说颇备。……且各家自有宗旨，而海门主张禅学，扰金银铜铁为一器，是海门一人之宗旨，非各家之宗旨也。钟元杂收，不复甄别，其批注所及，未必得其要领，而其闻见亦犹之海门也。”（注：黄宗羲：《明儒学案发凡》，《明儒学案》上册，第17页。）在他看来，之所以存在“扰金银铜铁为一器”的弊病，是由宗旨不明所至。他说：“大凡学有宗旨，是其人得力处，亦是学者之入门处。天下之义理无穷，苟非定以一二字，如何约之，使之在我。故讲学而无宗旨，即有嘉言，是无头绪之乱丝也。”（注：黄宗羲：《明儒学案发凡》，《明儒学案》上册，第17页。）那么，他主张的宗旨是什麽呢？即摆脱门户习气，“为学作史”。他指出：“学问之道，以各人自用得著者为真。凡倚门傍户，依样葫芦者，非流俗之士，则经生之业也。”（注：黄宗羲：《明儒学案发凡》，《明儒学案》上册，第18页。）意思是做学问贵在求真，不能人云亦云，随波逐流。他批评学界那些“章句小儒”仅据一孔之得，标榜门户，是己非人的恶习，指出：“学问之事，析之者愈精，而逃之者愈巧。……夫一儒也，裂之为文苑，为儒林，为理学，为心学，岂非析之欲其极精乎？奈何今之言心学者，则无事乎读书穷理。言理学者，其所读之书，不过经生之章句。其所穷之理，不过字义之从违。薄文苑为词章，惜儒林于皓首，封己守残，摘索不出一卷之内。其规为措注，与纤儿细士不见长短，天崩地解，落然无与吾事，犹且说同道异，自附于所谓道学者，岂非逃之者之愈巧乎？”（注：黄宗羲：《留别海昌同学序》，《南雷文定前集》卷1，宣统二年上海时中书局印行（下同），第3页。）当他得知《明史》馆内有人主张专列“理学传”时，认为这是蹈袭宋元以来强分“道学”与“儒林”为二的恶习，遂作《移史馆论不宜立理学传书》，予以反对。认为“以程朱一派为正统”是不妥当的，被列入程朱派的一些学者，如罗钦顺、魏校等并非恪守程朱，而应当以“儒林”函盖学界各派。明确表示：“窃谓道学一门所当去也。一切总归儒林，则学术之异同皆可无论，以待后之学者择而取之。”（注：黄宗羲：《移史馆论不宜立理学传书》，《南雷文定前集》卷4，第7页。）这些都表明了黄宗羲作《明儒学案》的指导思想与众不同，境界远大。基于此，他把有明一代241学者区分治学宗旨和师承传授，分别归入19个学案，即“以有所授受者，分为各案；其特起者，后之学者，不甚著者，总列诸儒之案。”（注：黄宗羲：《明儒学案发凡》，《明儒学案》上册，第18页。）黄氏说：“每见钞先儒语录者，荟撮数条，不知去取之意谓何。其人一生之精神未尝透露，如何见其学术？是编皆从全集纂要勾玄，未尝袭前人之旧本也。”（注：黄宗羲：《明儒学案发凡》，《明儒学案》上册，第17页。）强调首先吃透学者学术思想的宗旨后截取材料，较好地避免了此类书籍易犯的芜杂与拼凑之病。在学案写作结构上，黄宗羲也做了相应的变通，设计由序言、传记和著述节录或语录三部分组成。序言放在每一学案之前，简述该学派的源流及宗旨；其后是学者传记，概要阐述传主的生平经历、学术主张、师承关系及成就著述等；再次是学者本人的著述节录及语录选录。这样，黄氏《明儒学案》既有明确的宗旨、新颖的立意，又在体例结构上有所更新，从而突破了学界沿袭多年的朱熹“渊源录”旧模式，确立了“学案”体的新范式。