“中国资本主义萌芽论”始于20世纪50年代，鼎盛时期是在20世纪80年代前期。其主要代表有李文治、傅衣凌、吴承明等。不过，当时的讨论主要是在国内学术界，我们注意到：海外历史学家即使对中国史学家研究资本主义萌芽论表示理解，但也从未接受过这一观点。在不同的时期、不同的地点，都有一些海外史学家对“中国资本主义萌芽论”提出过批评。而这些批评在20世纪80年代逐步传入中国，影响了一大批中青年史学家。进入90年代以后，“中国资本主义萌芽论”似乎走到尽头，提倡资本主义萌芽论的老一辈史学家相继进入高龄，而新一代的史学家对这一问题没有很大兴趣。更为重要的是，80年代有关资本主义萌芽的论文已经陷入一个僵化的模式，论者首先叙述某一地区及某一行业相关商品经济的发展，而后论述某一地区及某一行业的企业与雇佣劳动的产生，最后必然要补上一段--这些企业与雇佣劳动如何受到封建势力的压迫，因此，资本主义萌芽必然中途夭折。这种三段式论法一旦形成，任何人写有关资本主义萌芽的论文都不可能脱离这三段论，所有的创新都被扼杀。这种论文，没有几个人愿意写，所以，是资本主义萌芽论自己扼杀了自己。
    在一片寂寞的背景下，20世纪90年代中期，已经有学者提出：最好不提资本主义萌芽论。迄至90年代末期，批判“中国资本主义萌芽论”的观点终于从潜流涌入地表，成为撼动史学界的火山爆发。就像布罗代尔的学生往往成为批判布罗代尔方法的领头人一样，当年着力论证“中国资本主义萌芽”的中年史学家以及他们的学生，现在已经成为批判“中国资本主义萌芽论”最积极的一批人。应当说，他们的质疑是有力的，有些地方击中了资本主义萌芽论的要害。
    第一，研究资本主义萌芽的理论基础受到质疑。在20世纪80年代以前的史学界，五种生产方式还是国内史学家必须遵奉的前提。但随着史学研究的深入，多元化的史学观念越来越得到多数人的赞同，多线说开始取代单线说。倘若我们接受多线说，自然会对五种生产方式说产生疑问。李伯重等人指出：“以往资本主义萌芽研究的基本出发点，是世界各民族的历史发展都必然遵循一条共同的道路。资本主义是这条道路上不可回避的一个阶段，所以，中国也必然要经历它”。（注：李伯重：《资本主义萌芽研究与现代中国史学》，《历史研究》2000年第2期，第23页。）而在多线说的框架下，五种生产方式不再是人类必经的共同的社会阶段，也就是说，中国按照自身的发展规律不一定会进入西方式的资本主义社会。假如这一前提成立，那么，我们有什么理由相信资本主义萌芽会在中国的历史上生根发芽？而且事实已经表明，现代中国未经过成型的资本主义阶段已经迈入社会主义社会，它也反证了资本主义萌芽论者立论前提的不真实--资本主义不是中国的必经道路！
    第二，近年国际经济史学界的研究成果证明，以往被视为资本主义萌芽论的基石也产生了动摇。资本主义萌芽论者认为：商品经济的发展，必然会导致资本主义的出现；但布罗代尔的研究表明，资本主义有时是反市场的；在国内的理论界，经过20世纪90年代以来的讨论，“市场经济并不一定会推出资本主义”已经成为多数人的信仰，这一前提的建立，也动摇了资本主义萌芽论的存在基础；其次，欧美经济史学家多年的研究使他们倾向于这样一种看法：近代早期欧洲的经济发展不会必然导致近代工业资本主义，英国工业资本主义的出现是一种特例，其他国家资本主义的产生，都是受英国影响的。既然英国的工业革命道路在欧洲是唯一的，是其他国家所无法重复的，中国也不可能重复英国的道路。（注：［美］王国斌：《转变的中国--历史变迁与欧洲经验的局限》，李伯重、连玲玲译本，江苏人民出版社，1998年，第45页。）李伯重的《江南的早期工业化》一书，更进一步论证了中国最发达区域江南不可能走英国工业革命之路的原因。（注：李伯重：《江南的早期工业化》，社会科学文献出版社，2000年。）这些批评否定了明清时期中国走上英国发生工业革命道路的可能性。
    第三，资本主义萌芽论的推理逻辑也存在问题。“有的学者认为，资本主义萌芽问题与中国封建社会长期延续问题都是‘假问题’。是‘萌芽’就应能开花结果。如果几百年都不能开花结果，就不能算萌芽。否则历史上的萌芽就太多了。”（注：张分田等：《中国社会开矿及相关理论问题学术研讨会述评》，《历史研究》2000年第2期，第31页。）这一质疑是有道理的，中国资本主义萌芽论者指出了明清时期的早期资本主义形式，却又马上否定中国资本主义萌芽成长的可能性，从而使自己的研究陷入了一个自我否定的陷阱--他们既然认为这些萌芽是不可能成长为大树的，那么，他们有什么权力将其命名为萌芽？中国资本主义萌芽论者提出：是封建主义与外国资本主义的入侵，打断了中国资本主义萌芽的正常发育过程，但所谓来自“封建主义”的干涉与外国资本主义的竞争，是每一个国家在近代化过程中都会遇到的问题，欧洲的封建主义其实比中国的地主制社会更能制约资本主义因素的发展。英法德等国家资本主义的发展，都受到来自外国资本的激烈竞争，为什么这些国家的资本主义可以脱颖而出，唯独在中国传统社会中成长起来的资本主义萌芽全部夭折？自相矛盾的推论，是“中国资本主义萌芽论”失败的原因。