张佩纶奏朝鲜六事：理商政、预兵权、救日约、购师船、奉天增兵、永兴筹备。清廷征求李鸿章意见，李奏称派通商大臣主其外交内政，何如璋亦曾有此议，但显然代谋，在朝鲜未必尽听吾言，各国将惟我是问，势成骑虎，不如密为维持保护，进退绰然。日本欲借银50万两给朝鲜，又有代筹开矿扣还偿款之议，朝鲜恐受其挟制未允，转而求借于中国，李鸿章已设法借给50万两。朝日条约，日本索费50万元，5年交清， 李鸿章电驻日公使黎庶昌向日本商减，日本不允，仅改为10年交清（注：《李文忠公奏稿》卷45，第7页。）。
    朝鲜请求代聘贤明练达之士，李鸿章于八年十月初五日奏准派前驻津德国领事穆麟德前往襄助关务，候选中书马建常随事襄筹妥办（注：《李文忠公奏稿》卷45，第14页。）。九年六月二十一日，又奏准派二品衔候选道陈树棠为总办朝鲜商务委员（注：《李文忠公奏稿》卷46，第59页。）。
    十年四月初四日，因中法关系紧张，李鸿章奏准令吴长庆统率所部3营撤回，留3营仍驻汉城，由吴兆有统带，袁世凯总理营务处，会办朝鲜防务（注：《李文忠公奏稿》卷49，第34页。）。
    壬午事变后，中国在朝鲜的宗主国地位逐渐加强，日韩订立济物浦条约，日本在加强对朝鲜经济、政治控制的同时，也可以在使馆驻兵。开始策划侵略朝鲜和中国。中国在中法战争中连连失败，朝鲜对中国的敬畏，一变而为厌烦。中国考虑释放李昰应，亲华的诸闵与李昰应为世仇，转而亲日。十月，发生甲申政变，日军进入王宫，袁世凯等率部应邀入宫，击败日军，日使竹添进一郎自焚使馆，返回日本。袁世凯的果决行动受到内外赞扬，更为李鸿章所激赏（注：《袁世凯与朝鲜》第36页。）。竹添嫁祸于袁，日本要求惩袁，使袁受到“擅启衅端”的非难，清廷派吴大澂等查办。袁愤而乞假归省。十一年正月，日本派伊藤博文来华谈判，议处与偿恤不了了之。结果签订天津专条，规定中日从朝鲜撤兵，将来朝鲜若有变乱，中日两国若要派兵、应先行知照，取得妥协。李鸿章奏称：“我军隔海远役，……本拟俟朝乱略定，奏请撤回，而日兵驻扎汉城……用心殊为叵测，今乘其来请，正可趁此机会，令彼撤兵，以杜其并吞之计，……”（注：《李文忠公奏稿》卷53，第24页。）日本默认中朝宗藩关系，是因为朝鲜亲日派在甲申政变中毁于一旦，朝鲜人民仇日情绪极高，日本尚无发动战争的实力。让中国站在前列，对抗俄国。当时，由穆麟德牵线，朝俄勾结，传言俄将出兵朝鲜。英国与俄对抗，已占据巨文岛。日本建议与中国一致行动：一、由中国与英国交涉，归还巨文鸟；二、建议朝鲜重用金宏集等，疏远亲俄派；三、用美国人取代穆麟德；四、释放李昰应，牵制亲俄派；五、选派才干较长之员取代陈树棠。李鸿章采纳了日本的意见，放弃了中日合作方式。
    朝鲜要求架设陆路电线，自仁川经汉城、义州至凤凰城，因为日本已设海线至釜山，李鸿章为了替朝鲜保护陆线之权，决定借给白银14万两，由中国代为架设。在汉城设立电报总局，派候选知府陈允颐驻局，负责经理电报，随时修接，遴选朝人到局学习。
    十一年八月十五日，李鸿章奏准派袁世凯送李昰应回国（注：《李文忠公奏稿》卷54，第45页。）。九月二十一日，又奏准袁世凯取代陈树棠，称驻扎朝鲜总理交涉通商事宜，超擢衔阶，优其事权（注：《李文忠公奏稿》卷55，第7页。）。袁至朝鲜，即催穆麟德离去。 十二年春夏间，韩廷因英占巨文岛，亲日派威胁，袁世凯阴助李昰应，再度与俄国密商保护问题，闵泳翊向袁世凯告密，袁向李鸿章建议废朝王，另立新君。李鸿章因兵力不足，恐各国疑忌，未敢采纳袁的建议，他电令驻俄公使刘瑞芬，要求俄国不接受朝鲜的要求，不派兵赴朝。函约驻华俄使拉达仁来津晤商（注：《袁世凯与朝鲜》第260页。）。 拉达仁否认韩俄密约，愿意与中国订立互不侵占朝鲜领土协定，日后如有难于预料之事，由两国商定办法。李鸿章颇表赞同。因清廷反对未果。英国却因此撤出了巨文岛。刘瑞芬认为收朝鲜为行省乃上策，次则联合英、美、俄共同保护，李鸿章称共同保护为老谋深算，又因总理衙门反对作罢。不少人热中于设立监国，李鸿章与奕譞均不同意，认为韩君不同意，各国连合阻挠，将进退维谷（注：《袁世凯与朝鲜》第95页。）。朝鲜也否认有求俄保护之事，李鸿章也乐得就此息事（注：《袁世凯与朝鲜》第265页。）。李鸿章在答复驻德、俄、荷、 奥公使洪钧的信中写道：“英惧俄占据朝鲜海口，经略太平洋，故力劝我收回朝鲜，非助中而仇韩，实忌俄也。俄惧英之说行，则中英之交益密，将合而拒俄，是黑海之盟复见于东方也，故屡请我立约，两不侵占，非防中而助韩，实忌英也。两雄相忌之际，中国正可择便而行，今用英之说，则力有未能，而俄先不能无事，用俄之说，则彼此乐于无事，且声明永不侵占而英亦或可勉从。”（注：《李文忠公尺牍》卷8，第20页。 ）在另一封信中又写道：“至作为局外一说，英、法、美、德曾有此论，独俄人则欲中俄自为一约，彼此不占朝鲜，一切事例，皆如其旧。[鸿章]言于枢译，诸公疑为将失属国名分，未敢遽行。……若朝鲜无大变乱，终能自存，不惟藩属之名，实以有约之故，中国不能灭，他国亦不能灭也。论理、论势，中国尚无灭韩之力。”（注：《李文忠公尺牍》卷6， 第28页。）