李鸿章推荐美国人德尼接替穆麟德，不料德尼至朝鲜后，极力破坏中朝宗藩关系，鼓动朝鲜向各国派遣全权使节，否定中国宗主权。朝鲜派朴定阳使美，沈相学使英、德等国。李鸿章坚持宗藩名分，规定：一、韩使初至各国，应由中国公使挈赴外部；二、宴会交际，应随中国公使之后；三、交涉大事先密商中国公使核示（注：《李文忠公奏稿》卷61，第3页。）。朝鲜政府愿意照办。而朴定阳至美，却并不执行。后来， 李鸿章也不严格要求，在复驻日公使汪凤藻的信中写道：“随时通融，其权在我，立法严而用法恕，来示所言，洵为通晓事变。”（注：《李文忠公尺牍》卷25，第74页。）
    十四年正月，德尼著《中韩论》，指责袁世凯为傲慢，中国对韩政策为高压。同年五月，美国国务院训令驻华美使田贝向清政府质询袁的职衔与权限，李鸿章与总署磋商之后，加以照复，强调中韩宗藩关系，指出袁为奉旨饬派，与各国公使相等，不得轻视（注：《袁世凯与朝鲜》第286页。）。李鸿章复袁世凯信中写道：德尼“论朝鲜事一篇， 荒谬绝伦，尤集矢于执事，其诬罔之词，原不足辨，而于执事持大体，得众心处，自不能掩。曾属德璀琳传语诘责之。各国亦多不直其邪说也。”（注：《李文忠公尺牍》卷8，第48页。）
    德尼、墨贤里、德璀琳等鼓动朝鲜政府要求撤换袁世凯，八月初九日，袁任期即将届满，驻津韩员成岐运拜见李鸿章，建议马建常赴韩，李鸿章说：“国王近颇听德尼之谗，……必将德尼遣撤，再议调马建常一事。”（注：《译署函稿》卷19，第25页。）八月二十七日，韩廷咨总署，请求派员替换袁世凯，袁世凯也写信给李鸿章，要求调回，李鸿章复信道：“昨得总署复缄，以执事在韩有年，阅历已久，能持大局，深得民心，宜加勉励，仍令接办等语，与鄙意殊相吻合。……德尼狂谬，至于如此，自难容留。”（注：《李文忠公尺牍》卷9，第2页。）十一月十八日，德尼向朝鲜政府辞职。
    十五年，由闵泳翊等策动倒袁，鼓动驻日公使黎庶昌向总理衙门及李鸿章写信，派金明圭向李鸿章指控袁驻韩甚有损于大局，要求派员取代，李加以训斥：“袁总理前有保护东土之功，是以奏派驻东，……泳翊到处造谣倾陷，其心可诛，国王乃偏信之，……国王咨请撤换，尤属唐突，……汝胆敢来作说客，小人之流也。”（注：《译署函稿》卷19，第55页。）
    朝鲜库藏空虚，外国诱以借债，欲暗持该国利权，隐患甚大。前买轮船，借德商债，无力偿还，向中国借，十八年九月十三日，李鸿章上《借给朝鲜银十万两折》，得到批准，利息较洋债倍为减轻。朝鲜还欠日本、美国债款，无力偿还，十月二十二日，李鸿章再上《朝鲜续借银十万两折》，以免受日、美挟制，也得到了批准。
    该年，朝王大办寿庆，袁世凯向李鸿章报告，李复信道：“承示韩廷政事，真有江河日下之忧，四十方在强年，不得云寿，蕞尔贫国，如此借端纵侈，将何以支，夫在而并称尊号，竟用则天顺圣故事，内治如此，觇国者不能无深虑也。”（注：《李文忠公尺牍》卷23，第26页。）
    十九年三月，清廷任命袁世凯为浙江温处道，李鸿章上《奏留袁世凯片》，认为“东藩介居强大之间，事会方殷，必须有情形熟悉，物望素孚之大员坐镇维持”，奏准仍留朝鲜办事（注：《李文忠公奏稿》卷76，第30页。）。
    朝鲜的亲日派，在甲申政变中消失，朝鲜仇日情绪高涨，日本国力还不能发动战争，因此与中国妥协，默认中国强化宗主国地位，与俄国对抗，自己则大力进行经济侵略，加强国力。至光绪二十年，日本已走上军国主义道路，在军事制度、军事装备、官兵素质等方面已明显优于中国，在国际上，对英、俄的虚声恐吓并不畏惧，发动战争，已迫不及待，李鸿章对此估计不足。
    东学党起义，日本鼓动中国出兵镇压，自己亦借口立即出兵。五月初二日，日本设置大本营，指挥作战。李鸿章主张避战求和而不可得，他写信给吴大澂说：“日本乘机以重兵突入其国都，……叠经据约驳斥，英、俄、德、美各友邦先后出为理处，彼竟悍然不顾，势非用武不能取成，所虑兵衅既开，不易结束，而征调烦费已难亿计……朝鲜内治不修，实无善后之策。”（注：《李文忠公尺牍》卷27，第34页。）事机紧迫，清廷命李鸿章筹备战守事宜，李鸿章建议派刘铭传为统帅。刘铭传表示不能出山之后，李鸿章又写信给他说：“现前敌各军相继并进，苦于有将无帅，兄年逾七十，媿不能为药师渡海之行，……倭人倾国以图韩，久蓄楚灵陈蔡之志，兄职司所在，敢忘齐桓江黄之责？奋日暮之行，扣囊底之智，力与相搏，讵易言和，徵调緐兴，正不知如何结束耳。”（注：《李文忠公尺牍》卷27，第40页。）战争失利，李鸿章复信给孙家鼐说：“东事愈棘，日久无功，中外谤议丛积。然使数年来海军能逐渐添购快船，水陆各军储有快枪、快炮，何至于此？”（注：《李文忠公尺牍》卷28，第40页。）
    最后，李鸿章前往日李，签马关条约，不久之后，朝鲜即被日本吞并。几十年来，李鸿章多方设法，希望能保护朝鲜免被灭亡，未能如愿。固然是由于中国缺乏快船、快枪、快炮，但从根本上说，应该说是由于中国、朝鲜近代化的步伐太慢，远远落后于日本。弱肉强食，哪一个国家不能自强，就必然被侵略，被瓜分！