抗战爆发以后，国民党为了适应战争的新形势，巩固自己的统治地位，借鉴了战前县政建设等各类自治实验和保甲制推行的经验，加快县以下基层体制的改革步伐。1938年4月，蒋介石在国民党五届四中全会上作了《改进党务与调整党政关系》的讲话，其中附的《县以下党政机关关系草图》及《图例释义》便是新县制的最初设计蓝本。该讲话发表以后，福建、浙江等省政府均将此案部分制成法规，江西省开始划县试办。10月，中常会与国防最高委员会共同决定：先在川、黔、陕、赣、湘五省各选一两个县试行。随后，又拟定了《县以下政治实施促进案》，将试行范围扩展至每省6县～10县。1939年，国民政府行政院根据蒋介石的《改进党务与调整党政关系》和《确定县以下地方组织问题》（同年6月于中央训练团党政训练班发表）两个讲演和各省县政改革之经验，设立县政计划委员会，召集了一大批“专家学人”讨论县以下政治体制的设计。9月19日以后，国民政府与国民党中央相继审议通过和颁布了《县各级组织纲要》、《县各级组织纲要实施原则》、《警察保甲及国民兵联系办法》、《各县保甲整理办法》、《乡镇组织暂行条例》等一系列法规、法案。其《县各级组织纲要》规定：“县为地方自治单位”，“县以下为乡（镇），乡（镇）内之编制为保甲”。[10]这标志着传统保甲与地方自治体制正式结合起来，保甲制的推行进入到了“新县制”阶段，这一阶段一直持续到1949年底国民党败退台湾为止。
    （二）
    根据以上分析，国民党推行的保甲制可分为“剿共”保甲和“新县制”保甲两种体制。这两种体制存在着比较大的差异，主要表现在以下几个方面：
    第一，两者的推行目的不同。内战时期，阶级矛盾是中国社会的主要矛盾，国民党在“剿共”区推行的保甲制很明显是针对中共领导的农村革命势力的，其在1932年的《剿匪区内各县编查保甲户口条例》中也明确指出：“为严密民众组织彻底清查户口，增进自卫能力，完成剿匪清乡工作起见，特颁布剿匪区内各县编查保甲户口条例”[11]。抗日战争由于中日两国的特点和力量对比决定了这场战争的持久性，需要大量的人力、物力、财力来支持，更需要一套有效率的基层管理体制来保证。历史实践证明，自清末延续下来的自治体制在基层社会的运行中效率低下，不堪抗战的重任。执政的国民党在这种背景下推出的“新县制”保甲，主要是为持久抗战提供一套比以往自治体制更实用的基层行政体制。从制度的设计和实际运行上来看，这套体制与内战前的自治体制相比，在一定程度上消除了层级混乱、权责不清的弊端；并能使国民党政府的行政权力更有效地向乡村基层渗透，其集聚战争资源的行政效率有了较大提高。同时，自训政之始，承继孙中山衣钵的国民党就始终面临着“还政于民”的压力。然而，训政六年，国民党的地方自治一无所成。抗战的爆发虽然暂时缓和了这种压力，但到了抗战的相持阶段，民众要求宪政的呼声再度高涨，民主宪政运动也在酝酿之中。国民党适时推出“纳保甲于自治”的新县制，就是为了应对这种压力。另外，抗战时期的国民党并没有忘记“防共”、“反共”，随着中共势力在抗战中的日益崛起，其反共倾向也就日益明显。国民党认为：“查共产党在本党权力所及之区，犹能猖獗活动，长足发展，考其原因，虽非一端，而本党组织工作之不健全而予人以可乘之机，实为主要因素，目前共产党控制下之陕北，彼能无论男女老幼，悉纳于各种组织之中，而由该党分子以切实之领导与控制，遂造成今日形同铁桶之陕北特区，不但外人不易轻入，即入内亦难立足，更无论有所活动”[12]。为了在抗战的竞争中不致落败，国民党汲取了内战时期自身基层组织建设薄弱的教训，提出要从基础做起，发展党的基层组织，实行以党融政，从根本上清除共产党的势力及影响。其具体做法即所谓以组织对付组织，在“异党活动最烈之区域，应实行联保连坐法，使人民不敢与异党分子接近而受其利用，必要时并于保甲组织中建立保甲通讯网，指定乡村中纯良之知识分子，担任调查异党活动之通讯工作，以辅助保甲长力量之不逮”[13]。可见，遏制中共发展也是国民党推行“新县制”保甲的一个目的。