事物是发展变化的。定都天京以后，洪秀全和杨秀清莫不踌躇满志，以为“建都既成，天下大定”（注：《建天京于金陵论》丛刊一第251页），“方今真主灭妖，十去八九”（注：《贬妖穴为罪隶论》丛刊一第288页），似乎外敌已去，安乐于“小天堂”的良时美景到来了。在相继颁行的《建天京于金陵论》和《贬妖穴为罪隶论》两部文书中，明显地反映了这种思想。当时洪秀全、杨秀清一方面继续对敌用兵，进行西征北伐，但从总体考察，并没有把犁庭扫穴、彻底推翻清朝统治放在应有的地位；另一方面，各以“天下万国朕无二”（注：《贬妖穴为罪隶论》丛刊一第288页）、“四海之内皆东王”（注：《李秀成自述》丛刊二第791页）自赏，大兴土木，营造王府宫殿，厉行严格的等级制度，扩大自己的权威，特别是杨秀清把太平军的伟大胜利当作自己居功骄傲的资本，“威风张扬，不知自忌”（注：《盾鼻随闻录》卷五丛刊四第399页。），不仅压制广大革命将士，而且常常化身天父，干涉洪秀全的行为，甚至当众命令洪秀全伏下，接受杖责，视“万国真主”如儿戏。洪秀全被责之后，还要诏众官员说：“尔为官者须知东王所言，即是天父所言也，尔等皆当钦遵”（注：罗尔纲：《太平天国内讧孝》）。一度维护天王最高权威的皇上帝，现在变为随时下凡折辱天王的圣灵。这对于“烈火性格”而又自认为“生杀由天子，诸官莫得逆”（注：《幼学诗》丛刊一第232页。）的洪秀全来说，不能不在内心深处投下阴影。由于杨秀清的飞扬跋扈，促进了洪、杨互相之间的矛盾，以至“往之倚为心腹股肱者，今乃彼此暌隔，猜岂日生”（注：《贼情汇纂》丛刊三第172页。）。这种矛盾发展的趋势表明，太平天国实际存在的二元化领导，最终必然要集中——或者集中于杨秀清；或者集中于洪秀全。事实果然如此。1856年夏，太平军继解镇江之围、击死江苏巡抚吉尔杭阿之后，又打垮了从孝陵卫围困天京的江南大营，清朝钦差大臣向荣败退丹阳、上吊自杀。在长江上游，太平军虎踞武汉，曾国藩龟缩南昌，太平天国革命达到了极盛时期。就在这个时候，杨秀清化作天父下凡传言，要洪秀全加封他为万岁，洪秀全迫于无奈，同意加封。在此之前，杨秀清已经掌握了太平天国宗教、军、政的实权，只是由于洪秀全仍然是“唯一真主”和“万岁”，因而太平天国的号令，还要向他取旨。逼封万岁是杨秀清名副其实的集中掌握太平天国统治权的严重步骤，天王最高领导地位将被取而代之的威胁，迫在眼前，这是洪秀全绝对无法容忍的。有的同志认为，多“主”、多“万岁”是太平天国的体制，杨秀清称“主”、称“万岁”不足为怪，洪秀全加封杨秀清为“万岁”，是势所必至，理所当然，也是符合洪秀全宗教思想的（注：郭毅生：《如何评价杨秀清》《历史研究》1978年第6期。）。这个论点难于成立。太平天国虽然形式上有多“主”、多“万岁”，但洪秀全及其宗教思想的实质，并非主张多“主”、多“万岁”，而是主张一个“主”、一个“万岁”。洪秀全在创导革命初期，就说他是“奉天命为万郭真主”，宣称自己是“万岁君王”（注：《福音敬录》丛刊二第516页。）。在《天理要论》中也明确指出：“全能之势不能分部。设有二全能者而彼此相逆，谁能胜哉？如一位得胜，则彼独一全能者；若胜负不分，则无一全能者，然则孰为天地者乎？”因此结论：“一父足以生合家子女，一王足以治天下国家”（注：《天理要论》丛刊一第332—333页。）。可见“万岁”二字，在洪秀全的心目中，无疑是人间天国“唯一真主”的同义语。在加封杨秀清为“万岁”以前，只有他和他的继承人幼主才能称呼“万岁”，即使天父天兄也是“万岁”，问题的实质仍然十分明确，无非是要证明天父、天兄、天王、幼主的一脉相承，证明洪氏父子公孙统治地位的神圣不可侵犯。后来洪秀全改太平天国为上帝天国，旋又改为天父天兄天王太平天国，更明白地表达了这种思想。所以李秀成说：“天王号为天父天兄天王之国，此是天王之计，……恐人之占其国”（注：《李秀成自述》丛刊二第829页。）。同时，“万岁”一词作为太平天国最高领导的代称，事实上已经为广大太平军所公认，并且成了太平天国的一种重要礼制。比如说，洪秀全在永安登极时，就正式被太平军称呼“万岁”，在太平天国的朝觐仪式中，有三呼 “万岁”的规定，杨秀清向洪秀全取旨，也必称“启奏我主万岁万岁万万岁御照施行”。凡此种种，说明了洪秀全加封杨秀清为“万岁”，并非事所必至，理所当然，而是迫于天父（也就是杨秀清）的权威，它同拜上帝教的宗旨和洪秀全的本意都是背道而驰的。因而洪秀全在被迫加封的同时，深感自己的地位不保，决心除掉杨秀清，洪、杨之间争夺权力的矛盾，激化到了势不两立的程度。
    洪秀全和杨秀清为了建立一个无处不均匀的绝对平等的王国，曾经互为依存，在对敌斗争中表现了叱咤风云的雄伟气概，然而这个王国刚刚初具规模，他们都成了维护等级制度和力图树立个人绝对权威的统治者，并为此而走到了互相火拼的绝境。这的确是一幕悲剧，但它是具体历史条件下的产物。
    恩格斯说：“主要人物是一定的阶级和倾向的代表，因而也是他们时代的一定思想的代表，他们的动机不是从琐碎的个人欲望中，而正是从他们所处的历史潮流中得来的。”（注：恩格斯《致斐·拉萨尔（1859年6月18日）》《马克思恩格斯选集》卷四第343—344页）十九世纪五十年代的中国，虽然已开始走向半殖民地半封建化的发展阶段，但作为社会基本成员的农民群众，仍然同封建社会时代那样，一方面受到地主阶级残酷的经济剥削和政治压迫，是一个强烈要求推翻封建统治的革命阶级；另一方面，小农经济固有的生产、生活方式的特点，又为其革命理想和实践带来了极大的局限性。洪秀全、杨秀清是作为农民领袖登上历史舞台的，他们的思想和行为，深刻地打上了农民阶级的烙印，他们相互之间的关系，无法摆脱农民局限性的制约。
    洪秀全和杨秀清都不认识人民群众的历史作用。他们宣传太平天国的伟大胜利是天父的安排，“自金田至金陵八千里之遥，百万铜关，尽行打破，愚顽向化，其实托赖天父天兄之权能，夫岂人力所能为哉”（注：《太平救世歌》丛刊一第242页）！把人民群众在革命风暴中创造出来的惊天动地的业绩，归功于皇上帝，其实也是归于自己。因为洪秀全、杨秀清是天父所生所化的智者和贤人，“天聪天明，知识超越万众；仁慈宽厚，度量广大无涯”（注：《太平救世歌》丛刊一第240页），所以能够仰体天心，洞察天意，而一般“凡尔小民”，只不过是等待他们去“化醒”和“拯救”的芸芸众生。洪秀全在天王府门首的对联中写道：“予一人乃圣乃神，乃文乃武”（注：《盾鼻随闻录》卷五，丛刊四第394页）；杨秀清授命编写的《行军总论》中也说：“自金田起义以来，由湖南、湖北、安徽诸省直抵金陵，战胜攻克，马到成功”，“非东王智虑周详，防维周密，训练有素，偿罪至公，断不及此”。显然，推崇神的意志，实际上是推崇神意执行者的绝对意志，对皇上帝的顶礼膜拜，实际上是要人们盲目崇拜皇上帝的化身。这种思想实质，典型地反映了小农经济的家长统治的特点，正如马克思所指出的，小农经济的政治代表，“一定要同时是他们的主宰，是高高站在他们上面的权威”，“并从上面赐给他们雨水和阳光”（注：马克思《路易·波拿巴的雾月十八日》《马克思恩格斯选集》卷一第693页）。等级制也是小农经济的产物。洪秀全、杨秀清虽然竭力倡导平等，把中国农民革命的平等口号发展到了可能的最高度，但他们的平等理想，终究是不可能付诸实现的乌托邦，而且当他们高呼平等的同时，就已经开始制订等级制度的规章（如《太平礼制 》、《幼学诗》（注：如《幼学诗》中的“妻道在三从，无违尔夫主，□鸡若司晨，自求家道苦”。）等），发出了尊卑主从的号令（如天父在石头脚教训王娘的传言（注：天父在石头脚的传言：“众小媳，他说尔这样尔就这样，说尔那样尔就那样，不使得性，不逆得他，逆他就是逆我天父，逆天兄也”）），洪、杨之间不可能建立一套民主集中制的领导原则，不可能正确运用批评和自我批评的武器，克服自我的缺点错误，调整彼此之间的关系。因而随着封建思想的腐蚀和客观形势的变化，相互之间争夺权力的矛盾，必然要逐渐深化和突出，最终发展到了对抗。