内蒙古自治运动经过一年多发展，取得了巨大成就。蒙汉各族人民已经发动起来，自治运动联合会分会及盟旗政权普遍建立，大批民族干部经过培养迅速成长起来，大部分民族上层人士已团结在自治运动联合会周围。据1947年4月的粗略统计，自治运动联合会会员已达数万之众。[4]民族民主统一战线日益壮大。中共西满分局于1946年11月18日向中央提出成立内蒙古自治政府的建议。[5]（142）中央认为，成立内蒙古自治政府的条件已经成熟，并于1946年12月26日电示：现在即可联合东蒙、西蒙成立一个地方性高度自治政府，发布施政纲领。[6]（142-143）
    经过紧张筹备，肩负重大历史使命的内蒙古人民代表大会于1947年4月23日在兴安盟王爷庙隆重召开，来自内蒙古大部分盟旗的各民族各阶层的392名代表出席大会。会议讨论通过内蒙古自治政府《施政纲领》和内蒙古自治政府《暂行组织大纲》。《施政纲领》共17条，基本内容是：（一）、内蒙古自治政府是根据孙中山先生提出的“中国境内各民族一律平等”，“承认中国以内各民族之自决权”的原则和中国共产党的民族政策而成立。（二）、蒙古民族联合内蒙古各民族实行自治，是体现了蒙古民族在内蒙古自治中的主体地位。（三）、内蒙古自治是在中国版图内的民族区域自治。（四）、内蒙古自治政府是人民的民主政府。（五）、内蒙古自治区域内各民族一律平等，建立亲密合作，团结互助的新型民族关系。（六）、内蒙古自治区域内的蒙汉各民族团结一致，共同对敌，共求解放。《施政纲领》还提出内蒙古地区今后的工作任务，规定了各民族人民的民主权利，社会改革计划和发展经济、文化卫生事业的方针政策。
    根据《组织大纲》的规定，内蒙古人民代表会议选举产生临时参议会，并经临时参议会选出21人组成内蒙古自治政府，其中蒙古族占87.7%，共产党员占28.6%，非党人士占71.4%。1947年5月1日，内蒙古自治政府宣告成立。它当时直接管辖呼伦贝尔、纳文慕仁、兴安、锡林郭勒、察哈尔5个盟30个旗1个县3个市。内蒙古自治政府的成立，是内蒙古人民民主政权建设中的辉煌成就，也是内蒙古革命事业上的一个新的里程碑。
    内蒙古自治政府成立后，立即开展对盟旗政权的改造工作。自治运动联合会成立后，在开展自治运动建立盟旗政府时，内蒙古的封建势力还未衰退下去，各族人民群众的政治觉悟还没有普遍提高。因此，在建立政府时基本上采用“掺砂子”的办法，即在原有旧政权的基础上参加进革命干部。这仅仅是一种初步改造，没有触动旧体制。有些地方的政权仍然掌握在王公贵族手中，他们中的少数人依然按照旧习惯、旧章程办事，肆意欺压农牧民。随着内蒙古自治政府的建立和人民群众觉悟的不断提高，这种状况自然不能继续下去。
    各地改造政权的工作基本上和反封建斗争结合在一起进行。1947年5月，中共锡察工委决定在锡林郭勒和察哈尔两盟开展反封建和改造政权工作。中共锡察工委专门组织若干工作团到各旗发动群众开展工作。工作团深入各旗，走家串户，访贫问苦，通过具体事例帮助牧民分析受剥削，受压迫和贫穷的根源，揭露封建上层欺压人民，作威作福的罪行，对广大牧民进行阶级教育，宣传中国共产党的有关政策，从而提高了牧民群众的政治觉悟，激发了他们的斗争积极性。如锡林郭勒盟中部工作团深入阿巴嘎旗后，发动群众同旗王爷进行坚决斗争，揭露他欺压牧民的罪行，并撤掉了他的旗长职务，改选了旗政府。
    由于一些地方反封建斗争和改造政权工作受邻省土地改革的影响，出现打击面过宽的偏差，如察哈尔盟就发生斗死地主和侵犯中农利益的错误，产生了不良影响。内蒙古自治政府发现这一问题后，及时采取措施予以纠正。此后，各地反封建斗争和改造政权工作在政策方面作了较大调整，打击对象只限于少数投敌叛变的封建上层，社会秩序基本稳定，工作稳步开展。通过反封建斗争和改造政权工作，基本上摧毁了封建王公贵族的统治，使各盟旗政府真正成为中国共产党领导下的人民民主政权。总之，内蒙古自治政府的成立和各盟旗政权改造的完成，标志着蒙古民族政治上的彻底解放，极大地鼓舞了各族人民团结一致，共求解放的革命热情。