万斯同的学问博大精深，不仅史学淹通，经学亦其所长。全祖望对此曾特别加以说明：“先生之初至京也，时议意其专长在史。及崐山徐侍郎乾学居忧，先生与之语丧礼，侍郎因请先生纂读礼通考一书，……又以其余为丧礼辨疑四卷、庙制折衷二卷，乃知先生之深於经”（13）。万斯同还精於金石、小学、有多种专著及论文传世。
    他的学术活动，除著述外还参加讲会。他少年时就经常从其兄入会听讲，砥砺学问，及年长则利用讲会交流学术，培养后学。关于他参加讲会情况，黄白家记载说：“后主讲会于京师，每月两会、至期舆马骈集。先生布衣敝屣，从容就席，辨析历代制度。若通考、通志诸书，脱口成文，执笔者手不停录”（15）。可见万斯同的学术已臻炉火纯青境界。
    因为一生治学勤苦，万斯同患有严重的眼疾。年轻时即“从人借读二十一史，两目为肿”（15）。年老时眼疾更甚，以至两目尽废，但他仍然不辍史事。这种精神值得敬佩。
    万斯同个人品格也很高尚。全祖望介绍说：“先生为人和平大雅，而其中介然。……钱忠肃公嗣子困甚，先生为之营一衿者累矣，卒不能得而先生未偿倦也。父友冯跻仲诸子没入勋卫家，先生赎而归之。不矜意气，不事声援，尤喜奖引后进，惟恐失之，……盖躬行君子也”（16）。与斯同交往的，也大多是当时有名学者，如李塨、黄百家、刘献廷、李邺嗣、王源、温睿临等，也算是同气相求吧！
    康熙四十一年四月，万斯同逝世於北京王鸿绪家中，他的门人私谥之曰“贞文”。
    万斯同一生著作很多，除《明史稿》外，还著有《历代史表》、《儒林宗派》、《周正汇考》、《历代纪元汇考》、《历代宰辅汇考》、《群书疑辨》、《难难》、《书学汇编》、《明代河渠考》、《昆仑河源考》、《石鼓文考》、《石经考》、《声韵源流考》、《庙制图考》、《石园文集》、《新乐府》等共二百余卷。辑有《宋季忠义录》、《南宋六陵遗事》、《庚申君遗事》等十八卷。其中《书学汇编》、《难难》、《周正汇考》等可能已亡佚，其余各书或见于各丛书，或有单行本传世，尚可得见。另外梁启超根据全祖望《万贞文先生传》中“侍郎（徐乾学）因请先生纂读礼通考一书，……侍郎因请先生遍成五礼之书二百余卷”的记载，认为徐乾学的《读礼通考》全部出于万斯同之手，秦蕙田的《五礼通考》似乎也钞自斯同（17）。这里未暇详考，只好支待於此，算作疑以传疑了。
    二、万斯同史学浅析
    万斯同作为史坛巨匠，其沾溉后人是多方面的。而以往的有关文章多着眼于分析他在明史纂修中的作用，对于他的史学本身却很少论及。为此这里对他的史学及影响进行一下探索，这对更全面地了解万斯同也许不无裨益。
    甲、民族精神的阐发
    这里所说的民族精神，是历史上少数民族入主中原时，中原人民进行正义的反抗斗争时所表现出来的民族意识和高尚的民族气节。虽然这些少数民族现在已成为中华民族大家庭中平等的一员，但是这种民族精神在历史上无疑是应该肯定的。
    如果我们对万斯同的著述稍作一些浏览，就会体会到其中强烈的民族意识，所以我们说这是理解万斯同史学的关键所在。关于这一点，他一生专注于修明史以报故国是最明显的体现。此外，因为官修之书忌讳较多，参加者不可能恣情奋笔，万斯同的隐衷在明史中也不会完全得到寄託，所以他又想自己修一部编年体的明史。他在寄给友人的信中说过：“弟窃不自揆，尝欲以国史为主，辅以诸家之书，删其繁而正其谬，补其略而缺其疑，一倣通鑑之体，以备一代之大观”（18）。黄百家也曾谈到此事，“（斯同）见先遗献晚年所著明三史钞，大喜曰‘此一代是非所关也，我此番了事归来，将与汝依此底本另成明朝大事记一部何如’”（19）？斯同为此还做了很多准备工作，但为修明史之事所累，此愿后来没能实现。
    对于明末抗清志士们的英雄业绩，斯同十分仰慕。为使之永载史册，他曾劝温睿临著书以记之。正是在斯同的建议和帮助下，温睿临才著成《南疆绎史》一书。该书大胆采用南明年号纪年，表彰了抗清志士，是明末诸史中较好的一部。斯同表彰明末节烈之志，在此得到部分寄託。
    宋末史事颇与明末相似。斯同曾辑有《庚申君遗事》，记载宋末帝之子入元，后为元顺帝之事。事虽无稽，笔者却有深意。他还辑有《南宋六陵遗事》，记载元僧杨琏真伽发掘南宋六陵之事。特别是他辑录的《宋季忠义录》十六卷，记载宋末节义之士共五百数十人，使很多忠节事迹得以流传。这些都体现了他记述亡国隐痛，表彰节义之士和激发民族精神的良苦用心。
    他的这个思想直接影响了全祖望。全祖望私淑黄宗羲、万斯同，对他们二人的气节也深有心会。所著《鲒埼亭集》及《鲒埼亭集外编》，大量记载了明末烈士的抗清事迹，表彰了他们的崇高气节。这又可认为是斯同未遂之愿得以实现。