刘知几说：“史之不直，代有其书。”（《曲笔》）为什么会出现这种情况呢？他分析了几种原因：第一、儒家的为尊者讳、为亲者讳、为贤者讳的思想的影响。他说：“肇有人伦，是称家国，父父子子，君君臣臣，亲疏既辩，等差有别。盖‘子为父隐，直在其中’，《论语》之顺也；略外别内，掩恶扬善，《春秋》之义也。自兹已降，率由旧章。史氏有事涉君亲，必言多隐讳，虽直道不足，而名教存焉”（同上）。为君、亲、贤者讳，孔子首开其端。他说孔子修《春秋》，多为贤者讳。明明是狄灭了卫，但为了隐讳齐桓公不能攘夷狄救中国的耻辱，而写作“狄人卫”，明明是晋文公召周天子至河阳，为了成全晋文公的功德美名，隐讳其缺点而伪称“天王狩于河阳”。他又以《春秋》所记鲁史为例，他说：鲁隐公被杀；鲁桓公在齐国被戕杀；鲁昭公被季氏所逐，逃到齐国；桓公夫人姜氏与其兄齐侯私通，奔齐；鲁庄公死，世子般即位两月被杀。这些都是鲁国的大丑闻，孔子本着为君亲讳的原则，在《春秋经》上都不实书。虽然刘知几也深受儒家名教思想的影响，认为“臣子所书，君父是党，虽事乖正直，而理合名教”（《惑经》）。但当他从汲家竹书中，看到《晋春秋》及《纪年》记载晋文公重耳出奔，晋惠公被俘，“书其本国，皆无所隐，唯《鲁春秋》之记其国也，则不然”时，凭着一个正直的史学家的良心，刘知几也不能不提出“何者？国家之事无大小，苟涉嫌疑，动称耻讳，厚诬来世，奚独多乎”的疑问。
    第二，史家曲笔阿时，谀言媚主。刘知几举《后汉书·刘玄传》为例。他说： “案《后汉书·更始传》称其懦弱也，其初即位，南面立，朝群臣，羞愧流汗，刮席不敢视。“刘知几对此提出问题。”夫以圣公身在微贱，已能结客报仇，避难绿林，名为豪杰。安有贵为人主，而反至于斯者乎？”刘知几进一步分析说：将作者曲笔阿时，独成光武之美；谀言媚主，用雪伯升之怨也。且中兴之史，出自东观，或明皇所定，或马后攸刊，而炎祚灵长，简书莫改，遂使他姓追撰，空传伪录者矣。”（《曲笔》）他认为，象魏收《魏书》那种“比桑干（案指元魏）于姬、汉之国”，“同建邺（案指东晋南朝）于蛮貊之邦”完全不顾事实的说法，如果是在敌国相仇，交兵结怨的时候，写在檄文里，以诬毁对方，犹或可说，如果“列诸缃素（指史书）”，那实在“难为妄说”。他对王沈《魏书》滥述贬甄之诏，“假回邪以窃位”，董统《燕史》，“持谄媚以偷荣”的丑行，进行了揭露与批判。说他们都是“记言之奸贼，载笔之凶人，虽肆诸市朝，投畀豺虎可也”（《曲笔》）。
    第三，出于各人的偏见、恩仇。例如魏收谄媚高齐，所写《魏书》，于魏室多有不平。他“性憎胜已，喜念旧恶，甲门盛德与之有怨者，莫不被以丑言，没其善事。迁怒所至，毁及高曾。”（《古今正史》）但是，对于这样一部号为秽史的书，李百药在《齐书》中却称赞它为实录。这又是什么原因呢？刘知几说，这是因为李百药的父亲李德林，少年失父，未曾有字，魏收以“公辅”这样的大名作为他的字。李百药感此恩德，所以在书中虚美魏收以相酬谢。
    刘知几为这种不正常的现象深感痛心。说道：“盖史之为用也，记功司过，彰善瘅恶，得失一朝，荣辱千载。苟违斯法，岂曰能官？但古来唯闻以直笔见诛，不闻以曲词获罪。是以隐侯（沈约）《宋书》多妄，萧武（粱武帝）知而勿尤；伯起（魏收）《魏史》不平，齐宣（高洋）览而无谴。故令史臣得爱憎由己，高下在心，进不惮于公宪，退无愧于私室，欲求实录，不亦难乎？呜呼！此亦有国家者所宜惩革也”（《曲笔》）。这里充分表现了刘知几这位正义的史学家的高尚精神，也指出了剥削阶级史学的通病。
    三、信“灾祥”重“人事”
    刘知几是个历史学家，他没有象哲学家那样去对“天人相与之际”作深入的考查与探讨。但作为中国古代的历史学家，要想摆脱天人关系的问题是不可能的。过去的历史书中记载了那么多与天道有关的灾异祥瑞、休咎征应，你信不信？信也罢，不信也罢，对它们总得有个解释。不论怎样的解释，都不可避免地会反映作者的历史观点。
    《史通》对待历史上所记载的灾异祥瑞是什么态度呢？反映了作者刘知几的什么样的历史观点呢？我说是信“灾祥”、重“人事”。说明如下：
    1.承认“灾祥”（某些异常的自然现象）与“吉凶”（人事）是有关的。他说：“夫灾祥之作，以表吉凶，此理昭昭，不易诬也。”（《史通·书事》）但是他认为史书上所记的灾异符瑞是有真有假的。从这个基本观点出发，他对过去史书上所记载的某些预言家根据灾异现象所作的有关人事吉凶的推测，在后来事件发展过程中得到证实的，便深信不疑。例如：春秋时期的梓慎，根据“有星孛于大辰，西及汉”的天象，推测宋、卫、陈、郑四国将发生火灾，第二年，四国果然发生火灾。三国时期吴国人赵达善于侯四方四隅之风，以占吉凶，射隐伏，无不中效。东汉末年单飏根据黄龙现于谯，推测不出五十年，谯地当有王者兴起。过了四十多年，曹魏代汉而王。西晋怀帝时，洛阳东北地陷，从中出来两只鹅，苍色的飞走了，白色的不能飞，董养说苍色的是胡象，白色的是晋国之象，看来国家将乱亡。不过数年，西晋灭亡。他说：“斯皆肇彰先觉，取验将来，言必有中，语无虚发，苟志之竹帛，其谁曰不然。”（《书志》）
    对于某些关乎军国大事的灾异祥瑞，他不仅相信，而且认为应该记入史书。如史书上所记“吞燕卵而商生（指简狄吞玄鸟卵而生契），启龙漦而周灭（指童妾接触了龙涎而怀孕生褒姒，终于导致西周灭亡），厉坏门以祸晋（指左成九年所记晋梦大厉鬼事），鬼谋社而亡曹（指左哀七年曹人梦众君子立于社宫而谋亡曹事），江使返壁于秦皇（指郑客将秦始皇沉于江中之壁奉还给始皇），圯桥授书于汉相（指黄石公授兵书给张良事）”，都是“事关军国，理涉兴亡，有而书之，以彰灵验，可也。”（《书事》）对于社会上广为流传的祥瑞谶语，如“卧柳植于上林，近符宣帝（指昭帝时，上林苑中柳树倒地，一朝再起，生枝叶，有虫食叶成文字，曰‘公孙病己立’，占者认为这是宣帝将立的瑞应），桂树黄雀，新都之谶（表示汉祚已尽，王莽将代兴）”等。他认为“举夫一二，良有可称。”（《书志》）
    2.对于《汉书·五行志》所记载的汉代儒者对《春秋》经所记灾眚的牵强附会的推论是不信的。因为他们的推论往往是“不凭章句，直取胸怀，或以前为后，以虚为实。移的就箭，曲取相谐；掩耳盗钟，自云无觉”（同上）所以常常出现“每有叙一灾，推一怪，董（仲舒）、京（房）之说前后相反；（刘）向、歆之解，父子不同”的怪现象（同上）。他专写《五行志错误》和《五行志杂驳》两篇，对其中的错误进行了揭发与批判。但他的揭发与批判是有具体内容的，不能过多地肯定。