从十五世纪下半叶开始，近代科学开始兴起。天文学、力学、物理、化学、生物学等科目从混为一体的哲学中分离出来。人类除了收集材料、解释现象外，开始进行了初步的专门的分析研究。尤其是显微镜和望远镜的发明为人们探索地球上无限大、小的宇宙提供了手段。门捷列夫发现元素周期表后，人们在实验的基础上认识到世界是由许多元素组成的。这时研究自然界的方法已由那种模糊的综合，发展到了以分析方法为主，把事物分成各个独立的部分，然后分门别类、孤独地去进行考察。这是自然科学发展的必然结果。也正因为如此，人们的思维必然局限于孤立的、静止地、片面地研究世界，不可避免形成形而上学的思维。
    十九世纪下半叶以后科学技术又出现了新的发展。特别是三大发现，细胞学说、能量守恒定律、达尔文的生物进化论，促进了人们对客观物质世界的认识。马克思主义创始人正是在总结了当时最新的科技成果的基础上，吸收前人的经验和成果，产生了辩证唯物主义和历史唯物主义。正如恩格斯所说：“由于这三大发现和自然科学的其他巨大进步，我们现在不仅能够指出自然界中各个领域内的过程之间的联系了。这样，我们就能够依靠经验自然科学本身所提供的事实，以近乎系统的形式描绘出一幅自然界联系的清晰图画。”（恩格斯《路德维希·费尔巴哈和德国古典哲学的终结》P36）
    唯物辩证法认为一切事物、过程乃至整个世界都是由无数相互联系，相互制约、相互作用的事物和过程所形成的统一体。“宇宙是一个体系，是各种事物相互联系的总体”。（恩格斯《自然辩证法》人民出版社1971年版P54）马克思主义创始人又进一步根据当时科学发展水平和已有的材料，把世界各物质运动概括为机械的、物理的、化学的、生物的、社会的五种基本形式。自然科学发展的新成果使马克思创立的辩证。唯物主义成为时代最科学的，人类认识世界的理论结晶。
    社会历史科学对近代以来一切历史思想家提出的神圣任务，就是寻找历史发展的终极原因。十八世纪启蒙思想家们寻找这个问题的答案，提出的是一个“意见支配世界”的唯心主义观点。法国的唯物主义者对于社会历史提出了“环境决定意见”的观点。但当他们还不能科学地说明环境是怎样形成的时候，又不得不退回到意见支配这样的唯心主义公式上。黑格尔是近代辩证法的大师，他把一切事物都看成是一种有机整体，由于内部各部分、各种力量的矛盾斗争，推动着自身向更完善、更高级的方向发展。他的“一个伟大的基本思想，即认为世界不是一成不变的事物的集合体。而是过程的集合体”。（《马克思恩格斯选集》第四卷P239—240 ）但作为客观唯心主义者，他又认为社会历史是绝对精神发展的高级阶段。但它曾试图把人类历史说成是具有某种必然性的过程。这一问题在马克思主义历史唯物主义中找到了最合理、最科学的答案：“一切社会变迁和政治变革的终极原因，不应当在人们头脑中，在人们对永恒的真理和正义的日益增进的认识中去寻找。而应当在生产方式和交换方式的变更中去寻找……（《马恩选集》第三卷P307）因此，“一切重要历史事件的终极原因和伟大动力是社会的经济发展，生产方式和交换方式的改变，由此产生的社会之划分为不同阶级以及这些阶级彼此间的斗争”。（《马恩选集》第三卷P389）
    自然科学作为一种知识成果，作为推动社会生产力的首要因素，作为一种推动社会前进的力量，被马克思主义创始人有机地融入马克思主义的科学理论之中，从而使马克思主义成为时代的最完善、最科学的人类认识世界的理论结晶。
    但也由于科学技术发展的水平所限，受到经典力学等影响的思维方式的局限，没有能给他们提供更深入探讨的可能。故作为当时最杰出的科学预见家马克思恩格斯只是对“相互作用”问题提到辩证认识的水平，却没有对“相互作用”进行专门方法论的研究，只是着重强调“终极原因”。但是，人类历史在向前发展，是通过由“终极原因”所支配的各种历史力量相互作用来实现的。各种历史力量的相互作用，是一切历史运动的基本形式。离开或者忽视历史过程中各种因素相互作用的研究，整个人类历史的伟大发展过程就无法理解和认识，而现代科学技术的发展为这个问题的科学解决提供了条件。
    到了现代，特别是20世纪30年代以后，在科学与技术的发展中出现了前所未有的变化，人们对于宇宙的认识更加深入。自1897年发现电子以来，现代物理学深入到比原子更深的一个层次，从而导致了一系列的发现。1919年发现了质子，1932年发现中子，同年美国物理学家安德逊又发现了正电子，并在1955年又发现了反质子、反中子，六十年代人们又发现了一大批很不稳定“共振粒子”，这表明物质将无限可分下去。自然科学不仅在微观方面而且在宏观方面也向纵深发展。科学分化不仅越来越细，同时科学综合又越来越显著。电子计算机在生产中的运用，形成了以人作为思维主体利用电脑组成人——机系统最佳处理问题的方法。信息在社会物质生产和人类生活中显示了越来越大的作用，出现了诸如“情报爆炸”、通讯、图象信息的自动处理和识别，科学与生产技术相互关系发生了重大变化，由科学——技术——生产组成的大系统。复杂系统日益成为科学的考察对象，有些复杂系统甚至包括社会系统在内，为了实现对系统的有效控制，就要求人们不能满足于搞清系统中某件事物运动规律或停留在系统的、经验的、定性的描述上，而是定量地精确地揭示整个系统的运动规律。科学技术又发展到了一个更新的更高级的综合阶段。它改变了人们的思维方式，由平面的、因果联系的思维状态，飞跃到多层次的、网络的动向发展。
    科学系统方法论始终把研究对象作为一个整体来看待，认为世界上一切事物过程都是一个合乎规律的由各种要素组成的有机整体。这些整体的性质与规律只有在于组成系统的各要素的相互联系、相互作用之中，而单独研究其中任何一部分都不能揭示出系统的规律性。因此系统方法论提供的方法，突破了以前分析的局限性，要求人们把对象作为有机整体来考察，从整体与部分之间、部分与部分之间整体与外部环境之间相互依赖、相互结合、相互制约等相互作用中去揭示系统的特征与运动规律。系统科学方法论不仅重视研究事物发展中的相互作用问题，并且对“相互作用”的研究，构成了认识过程的一个小阶段，构成了思维洞悉事物本质的及其运动规律的特殊角度。