20世纪90年代，随着国际形势及日美两国国内形势的变化，日美双边关系出现了许多新的变化，总的特征是：矛盾增多，摩擦加剧，争执日益公开化，盟友关系弱化。具体地讲，日本和美国之间的矛盾和摩擦在经济贸易方面表现为随着日本经济实力的迅速上升和美国经济实力的相对下降，使冷战时期建立起来的同盟关系弱化，潜在的矛盾也随之暴露出来，日美双方在汽车贸易、大米市场、专利知识产权等方面发生争执，摩擦频繁，且日益公开化和白热化；在政治外交方面表现在为了实现政治大国的战略，日本政治家开始逐步摆脱美国的控制，企图独立自主地发挥日本在国际政治中的作用，或明或暗地显示出欲疏离美国、主导本地区世界事务的动向；在军事防务方面日本明显地表现出扩充军备的倾向，并大大改变了其“专守防御”原则的内涵，而美国由于自身实力所限，既希望日本在亚太地区分担一定的防卫任务，为美国的全球战略服务，又对日本发展太快，甚至威胁到美国的利益，十分担忧，它要努力维持亚太军事平衡，以日美安全保障体系来控制日本；在民族心理方面，日本民族是一个民族主义倾向十分浓厚的民族，战后作为“经济大国”在经济上的成功使他们“沾沾自喜”，但“政治小国”的跛足式地位又使他们有一种“失落感”、“危机感”，他们把这种后果归咎于美国当局的占领政策，进而欲求摆脱美国的控制而争取独立自主，而美国国民也在日美长期的矛盾交锋中不断滋长对日本的不满情绪，进而上升为民族心理上的敌对，且这种敌对心理随着后冷战时代日美在经济贸易和政治外交等方面的矛盾冲突进一步激化。
    “冰冻三尺，非一日之寒”。日美两国之间的矛盾和摩擦基于深刻的政治、经济和文化根源，由来已久，越演越烈。20世纪90年代日美关系发生变化的原因主要有以下方面。
    第一，日美同盟的基础因冷战的终结而发生动摇
    冷战时期，日美两国在共同对付苏联军事威胁的大背景下，建立起稳固的同盟。在这个同盟下，日本不仅要在安全上依靠美国的“核保护伞”，在政治外交上也追随美国，为美国的全球战略服务，以期得到美国的支持。在日美关系中，日本充当了“小兄弟”、“小伙伴”的角色。但随着两国力量的变化，日本日益要求取得与美国平起平坐的地位。随着冷战的结束和苏联的解体，日美两国面对的共同敌人消失了，使将他们维系在一起的“粘合剂”失去了作用，美国国务院的高级官员指出：“推行遏制政策遇到的主要问题是，与我们当年对苏联采取的政策不一样，现在我们在亚洲没有一个盟国可以帮助我们推进这种政策。”[1]日美两国之间长期的经济争夺和政治分歧便开始凸现出来，并日益表面化、公开化。
    第二，战后日美两国的国力对比发生了重大的变化
    战后初期，日美两国力量对比十分悬殊，日本不得不全面从属于美国。但战后以来，日本确立了“贸易立国”的战略，以发展经济为至上目标，经济技术实力迅速提高，使日美经济实力对比发生了重大变化。从两国在国际经济中的地位看，以国民生产总值为例，1950年日本仅为美国的30%，而进入90年代后接近美国的70%；日本的人均国民生产总值从1987年起已超过美国，居主要发达资本主义国家之首。从两国的对外经济活动看，以日美贸易为例，1980年日本对美国贸易顺差为99亿美元，到1993年高达593亿美元，1995年达600亿美元。[2]（P46）日本债权已居世界各国之首，而美国却成为当今世界最大的纯债务国。1990年按有形资产重置价计算的美国对外纯债务余额高达4122亿美元。从两国的生产能力看，日本目前工业部门的装备水平和生产力已赶上甚至超过美国，日本拥有的工业机器人是美德两国总和的4倍。日本的粗钢、水泥、轿车、船舶、电视机、化纤纺织等主要工业产品产量均居资本主义国家之首。[3]
    伴随着日本经济实力的迅猛增长，必然要在政治领域中表现出与之相适应的行为。冷战结束后，美苏的相对衰弱，给日本提供了有利的客观环境。因此，冷战刚一结束，日本首相海部俊树就公开宣称，“日本已不是听命于美国老师的规规矩矩的小学生，而是平等合作有时又有竞争的伙伴”。石原慎太郎的表述更是直截了当：“现在，日本需要按照自己的意愿独立地参与国际事务……为了实现这一点，必须排除屈从美国的‘战后’意识。”[4]冷战后，日本在继80年代末出现以“日本可以说‘不’”为代表的对美强硬论后，面对美国国内日益频繁的指责也开始出现对美国的反感和要求脱离美国的观点。
    第三，冷战后日美两国战略重心的转移使双方利益发生碰撞
    冷战时期，日美双方之间本已存在矛盾和摩擦，但由于当时面对共同的敌人（指苏联），战略同盟关系居于优先位置，两国领导人都尽量避免因经贸关系损害政治关系。但冷战结束后，日美两国战略重心发生改变，逐步转向增强自身的经济基础、综合国力及国际竞争力方面，对外关系更多地着眼于维护本国的经济利益。美国总统克林顿上任伊始，便正式确定了以“经济安全”为美国外交政策三大支柱之首的方针。克林顿强调，在全球经济中的成功是美国国家安全的核心，一切外交均应首先着眼于改善美国的国际经济地位。而日本因冷战结束后在安全上对美国的依赖减少，更视经济利益为双边关系的基础。随着冷战后国际竞争的主战场由政治军事领域转向经济贸易领域，日美旧有的战略同盟关系有日益淡化的趋势，经济竞争变得越来越突出，使日美两国之间的利益不断发生碰撞。