在护法运动中，孙中山最大的收获是对军阀本质有了更进一步的认识，“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南北如一丘之貉。故虽称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。”（25）这种认识上的深入，无疑是孙中山思想境界飞跃过程中的一个重要环节。
    随着第一次护法的失败，第二次护法又接踵而起。这次运动，给孙中山带来了极为痛苦、也是一生中最为惨痛的教训。尽管在以前的斗争中，使他对军阀的共性、特点、本质，有了进一步的了解，认识到南北军阀一丘之貉，不是民主共和事业的同路人。但是，对于象陈炯明那样受到长期信任而又蜕变成新的军阀，却缺乏认识。确实，陈炯明的历史与西南军阀有很大的不同，他具有一定的资产阶级意识，参加过同盟会，发动过武装起义，追随过孙中山，也受过孙中山的扶植。他的粤军也是孙中山一手帮助建立起来的。因此，孙中山视陈炯明为革命队伍中的一分子，粤军为革命武装的基本力量。
    然而，陈炯明身上的封建主义意识残余、狭隘的地域观念、个人野心作祟，在中国当时的土壤中滋生出军阀思想，并逐渐蜕变为新军阀。拥有私人武装和割据称雄是军阀的二大特点，在陈炯明身上也毫不例外地体现出来。粤军驱桂胜利，陈炯明既据有广东这块富庶的地盘，拥有较之以往任何时候都强大的军队，因此割地自雄之心油然而起。他首先反对孙中山南下重组军政府和国会，继而反对孙中山成立正式政府和选举总统。在发展私人武装方面，通过整编，扩大已系军队，排挤孙中山派来的军事干部。最终发展到与直系军阀勾结，破坏孙中山北伐，炮轰总统府，公然与革命为敌的地步。
    孙中山与陈炯明的斗争，主要反映在统一与分裂这个关键问题上。这个问题牵涉到军阀的根本利益，因而表现为不可调和的矛盾。孙中山尽管对陈炯明多方忍让，爱护，但发动北伐、统一中国的目标是绝对不可改变的。“中国人民对连续不断的纷争和内战早已厌倦，并深恶痛绝。他们坚决要求停止这些纷争，使中国成为一个统--完整的国家。”（26）显然，这一历史使命实现之日，也就是军阀赖以生存、产生的土壤被铲除之时，理所当然地遭到陈炯明反对。他或以军费不足为借口，或以暂待时机为托辞，多方阻挠。甚至当孙中山诚恳地向他表示，“吾北伐而胜，因事实不能回广东，北伐而败，且尤无颜再回广东，两广请兄主持，惟毋阻吾北伐，及切实接济饷械而已。”（27）陈炯明依然阳奉阴违，终于走向了革命的反面。
    陈炯明的叛变，被孙中山视为他革命生涯中失败最残酷的一次，其教训也至为深刻。它使孙中山认识到，现成的军阀武装是靠不住的，无论是北洋军阀、西南军阀，或是混在革命阵营中的新式军阀都是一样，与他们合作打倒军阀，无异是与虎谋皮。这一认识有助于对同盟者和敌人作出明确的判断和选择。陈炯明叛变之前，孙中山在桂林北伐大本营同共产国际代表马林进行了会谈，马林提出改组国民党，建立革命武装的建议。孙中山颇为赞同之余，却急功近利，急于依靠现有武装来进行北伐，担心公开与苏俄结盟，扬起反帝旗帜，将招致事业上的障碍。直至陈炯明发生叛变后，孙中山才顿然醒悟到推倒军阀统治的真正力量。因此，当他再与共产国际代表、与共产党人见面后，其谋求联俄、联共的态度变得主动而积极，使中国的民主共和和反帝反军阀运动进入了一个新的时期。从这个意义上说，这是第二次护法运动给孙中山带来的最大的认识成果。
    三
    几乎在孙中山揭起护法旗帜的同时，他与北洋军阀中的皖系段祺瑞以及奉系张作霖，即开始了音讯往来，后来甚至与之达成了某种默契，也就是人们通常所说的“反直三角同盟”。这一关系延续了相当一段时间。
    这是一个看来矛盾的现象。护法运动展开后，孙中山对军阀本质的认识越来越深刻，斗争越来越坚决。为了彻底打倒军阀统治，消灭军阀割据，实现国家的统一与民主，他尽了自己的一切努力。在这一过程中，我们发现他讨伐军阀的战争，却又同军阀的合纵连横交织在一起。这些举措在当时就引起人们颇多猜测和议论。如孙中山的日本友人谈及孙中山联段一事就表示十分茫然和不解：“不要说内幕，就是表面理由我都不清楚。”（28）还有人直接上书孙中山，反对与北洋军阀周旋，这些军阀分子“于世界真理何曾深知，能以武力强制之，斯为上策，否则须具有特别之感化力导入正轨，使之不复为恶，未尝不可。但以夙无定力之人与之周旋，鲜不入其笼牢，受其污染。”（29）担心革命党人会因此堕落名声，受其同流合污之嫌。
    其实，我们如果从当时的斗争形势以及客观现实来分析，就不难发现，这只是孙中山的一种斗争策略和手段，他并没有因此放弃原则和主义，是不应该受到指责和怀疑的。
    孙中山与段祺瑞的接触，最初是在第一次护法失败期间，当时孙中山已避居上海，由于直皖战争已露出气息，段祺瑞派吴鼎昌见孙中山，试探口风，虽遭到了孙中山的拒绝，但是，双方联系的桥梁却由此开通。
    孙中山对皖段的婉拒没有持续多久，对这一变化，孙中山后来曾有所说明：“此后不久，南北议和破裂，段祺瑞起首对我接头，他说南北战争就是他和我的战争，其余南北他种军队，都是中立的。他求我提出可以做和平协定基础的条件。我提给他第一个条件，就是废除所有对日密约。关于这一件，我和段祺瑞由个人代表来交换意见，将近一年，到底段氏允了我的条件，答应废除军事协约。于是，我和我的同僚商量，发一个宣言，声明我们准备照从前一样的条件做基础，来重开上海和会。”（30）
    其实，孙中山改变对皖段态度的原因远比他上述所言更为复杂，首先，孙中山此时的处境已十分困窘。其时，他已被迫辞去军政府的一切职务，与军政府完全决裂，他对护法的成功，已经绝望。而且，由于直系与桂系的勾结，国民党的主要军事力量援闽粤军也在直接的威胁之下。由于历史条件的局限，孙中山还不知道发动和依靠人民群众的力量，还没有找到新的革命斗争的道路。因此，他已几乎一筹莫展，拿不出新的办法和手段，只能力求打破原有斗争格局，寻出一条新的出路。联段则不失为打破僵局的一条新的途径。
    另外，在长期的斗争实践中，孙中山已深刻地体会到，要战胜军阀是离不开武装斗争的，而革命的武装与反革命的武装在力量的对比上却悬殊甚大，远远不足打倒南北军阀，完成统一中国大业。因此，孙中山在策略上也不得不采取“以毒攻毒”之举，分化瓦解敌人，以达到各个击破的目的。
    西南军阀与北洋直系的勾结也是促成孙段合作的一个原因。在护法期间，桂直就一直保持往来，这些内幕孙中山虽不能尽悉，但是有觉察的。到1919年下半年，桂系与直系的勾结更进一步表面化，公开化，这给孙段都造成了一定的压力。正因为已经认识到南北军阀都是一丘之貉，也就无须把皖系视作唯一的敌人，因此孙中山公开发表谈话说：“我本不是当段祺瑞个人是仇敌，因为他做背叛民国的事，我所以反对他。如果他能够自己把参战军全部废了，把所有他经手的卖国条约都取消了，而且实实在在地服从国会，服从法律，明明白白地把自己的罪恶都宣布出来，向国民谢罪，那么自然大家不会十分为难他的。”（31）孙中山还宣布“余之主张唯‘护法’二字，护法者余之友，坏法者余之敌。段祺瑞、徐树铮而能护法，余愿友之，……”（32）