《史通·编次》在将《史记》与《尚书》、《春秋》加以比较之后，指出《史记》的纪传体造成了许多混乱：“昔《尚书》记言，《春秋》记事，以日月为远近，年世为前后，用使阅之者雁行鱼贯，皎然可寻。至马迁始错综成篇，区分类聚。班固踵武，仍加祖述。于其间则有统体不一，名目相违，朱紫以之混淆，冠履于焉颠倒，盖可得而言者矣”。
    2.对《史记》中各篇目的编排次序提出批评：“又编次同类，不求年月，后生而擢居首帙，先辈而抑归末章，遂使汉之贾谊将楚屈原同列，鲁之曹沫与燕荆轲并编。此所以为短也。”[1]（《史通·二体》）显然，刘知几认为史书中同类人物的编排只能是按出生时间的先后顺序，至于为什么，他没有作出解释。
    3.批评《史记》体例不全，因而导致有重要疏漏。谓司马迁、班固列君臣于纪传，统遗逸于表志，虽篇名甚广而言无独录。谓凡为史者，宜于表志之外，更立一书。若人主之制册、诰令，群臣之章表、移檄，收之纪传，悉入书部，题为“制册”、“章表书”，以类区别。又提出，人物纪传中所收存的诗歌词赋和散文，应该分割出去，同样归入书部。
    4.对“太史公曰”的批评。指出，史书中“每有发论”，各有其称名，“其名万殊，其义一揆”，“夫论者所以辨疑惑，释凝滞”，即是说，纪传体中的论赞均是有为而发，“若愚智共了，固无俟商榷”。批评“司马迁始限以篇终，各书一论。必理有非要，则强生其文，史论之烦，实萌于此。”[1]（《史通·论赞》）论赞自《左传》“君子曰”始，刘知几认为《左传》中的“君子曰”是典范，它位置灵活，而且所说的都是非常必要的话，这便是论赞的价值。而《史记》违反了这些，其一，把论赞的位置固定化了，因之失去了生命力；其二，有没有话说，都要立一篇论赞，有“强生其文”之嫌，并且为后代开了一个坏头，是史论烦琐的萌芽。
    5.对特殊人物所列体例，主要是对陈涉进入世家提出批评。《史通·世家》：“案世家之为义也，岂不以开国承家，世代相续？至如陈涉起自盗贼，称王六月而死，子孙不嗣，社稷靡闻，无世可传，无家可宅，而以世家为称，岂当然乎？夫史之名篇，皆迁所创，岂以自我作古，而名实无准。”刘知几为“世家”规定了一个标准，那就是“开国承家，世代相续”的人物才可以入世家。孔子同样没有“开国承家，世代相续”，却列入世家，然而没有受到刘知几的批评。显然是以经书的评判标准而评定一个人物是否应入选，是否应列入何种体例。
    6.有的篇目所属的体例不对。认为既然称为列传，就应该是为人物立传，《龟策列传》所记不以人物为主，便不应归入列传，而应归入八书，
    其四，对司马迁的史料取舍原则提出批评。
    1.认为“诡妄”“淫丽”一类词赋不当收入史书。《史通·载文》：“若马卿之《子虚》《上林》，扬雄之《甘泉》《羽猎》，班固《两都》，马融《广成》，喻过其体，词没其义，繁华失实，流宕而忘返，无裨劝奖，有长奸诈，而前后《史》《汉》毕书诸列传，不其谬乎！”
    2.指出该取的史料未取，不该取的却收入了。（1）取材肤浅，没有取最有价值的史料。“昔读《太史公书》，每怪其所采多是《周书》、《国语》、《世本》、《战国策》之流。……斯则迁之所录，甚为肤浅，而班氏称其勤者，何哉？”[1]（《史通·杂说上》）清人浦龙《史通通释》在“《战国策》之流”一句后注释道：“独未见《左氏内传》，故云”。司马迁没有采用《左传》，所以在刘知几看来，《史记》如同《晋史》，在史料的取舍上有同样的失误，都失之于“肤浅”。（2）史料未取于与本人有直接关系之本书，刘知几批评太史公撰《孔子世家》，多采《论语》旧说，至《管晏列传》，则不取其本书，以为时俗所有，故不复更载也。案《论语》行于讲肆，列于学官，重加编勒，只觉烦费。如管、晏者，诸子杂家，经史外事，弃而不录，实杜异闻。夫以可除而不除，宜取而取，以斯著述，未睹厥义。刘知几所说的“可除而不除”，是指《孔子世家》仅只编列《论语》；“宜取而不取”是指《管晏列传》未能从《管子》、《晏子春秋》中采取史料。《管子》、《晏子春秋》是为本书。（3）史料有误。如《吕氏春秋》的传布应当在吕不韦流放蜀地之前，而司马迁《报任少卿书》却认定在他流放之后，是史料认定的时间有误。（4）该详而未详。《史记》中有《太史公自序》叙述司马迁个人身世，提到“李陵之祸”，却语焉未详，致使后人疑云重重：“自叙如此，何其略哉！夫云‘遭李陵之祸，幽于缧绁’者，乍似同陵陷没，以置于刑；又似为陵所间，获罪于国。遂令读者难得而详。赖班固载其《与任少卿书》，书中具述被刑所以。倘无此录，何以克明其事者乎？”[1]（《史通·杂说上》）刘知几认为司马迁的叙述不严密，容易造成误解。
    3.将寓言当作史料，贻误后学：“自战国已下，词人属文，皆伪立客主，假相酬答。至于屈原《离骚》辞，称遇渔夫于江渚；宋玉《高唐赋》，云梦神女于阳台。夫言并文章，句结音韵。以兹叙事，足验凭虚。而司马迁、习凿齿之徒，皆采为逸事，编诸史籍，疑误后学，不其甚邪！”[1]（《史通·杂说下》）
    4.将“敷演”之词当史料。《留侯世家》记诸将相与坐沙中语，当高祖问起他们在议论什么时，张良称“此属畏诛，故相聚谋反尔”。刘知几指出张良不可能做这样的事。[1]（《史通·暗惑》）