3.关于天命思想。刘知几批评司马迁有天命思想是对的。司马迁在对社会、人生等问题百思不得其解的时候，往往抬出“天”来。“究天人之际”是司马迁写作《史记》的目的之一，也是历来哲学家、史学家讨论的核心问题。在人胜过天的时候，天命便没有生存的地盘，在人的力量达不到的地方便会有“天命”。作为现代的人对于自然，社会，甚而对于人本身，都有许多不解之迷，何况2000多年前的司马迁，他有“天命”思想实属必然。
    还有问题的另一面，司马迁对于“天人关系”在总体的把握上是倾向于人的力量，人的因素。司马迁天命思想集中表现在《天官书》、《封禅书》，以及《日者列传》、《龟策列传》等篇之中。这些篇目所反映的主要是星历卜祝活动，这些活动并不是人类生活的主要方面。整体地说，司马迁的天人思想是一个体系，是一个唯心史观到唯物史观的流动过程，它明显地体现出离开天命论向否定天命论的过渡，其中心点接近否定天命。[2]刘知几对司马迁《太史公自序》中未能详细道明身世，对关键性的事件未能详加记载提出批评，这一批评是贴当的。司马迁为千百人作了传，却没有把自己的身世、有关个人的资料予以表述，比如生于何年，何年开始撰写《史记》，李陵之祸的详情，等等。致使后人有种种猜测，疑云重重。不仅司马迁一生的重大年代没有记载，司马迁对自己后代的情况也只字未提，这对中国史学往往将时间等问题采取模糊处理的方法，产生了重大影响，这不能不是一件非常遗憾的事。
    4.对于载言、记事比例失调的批评。这一条与史料取舍原则批评有所相同，前已评述，不同类型的历史人物，其所突出的事类自然应该有所不同，如司马相如、扬雄这样的词赋大家，自然应该载入其赋。对于贾谊、晁错、董仲舒、东方朔这样在政治、思想上有所建树的人，多记载其言论，似也在情理之中。
    四
    从以上可见，刘知几的批评多在具体问题上是对的，而在高层次的、带有宏观性的问题上却往往是错的。还有，刘知几对《史记》的批评是与对班固《汉书》的全面肯定相对应的。造成这种情况的原因是多方面的。首先，与刘知几偏执的思维方式有关。他往往把矛盾的两个事物，把一个事物矛盾的两个方面其中对立的一面看得绝对了，而将统一的一面忽略了。比如编年体同纪传体，两种体例各有优缺点，一个优势在汇通，一个优势在剖判一段，可说两者相互排斥，而又相互依存。但刘知几却只肯定断代的纪传体，而贬低通史的纪传体。就《史记》与《汉书》而言，刘知几赞颂肯定《汉书》的多，批评否定《史记》的多。《汉书》从《史记》而来，否定了《史记》，《汉书》何从自来。以《汉书》范围《史记》，自然《史记》不对之处甚多，如果倒过来。以《史记》范围《汉书》，也自然是《汉书》有许多不当。刘知几成为扬班抑马的代表人物。偏执的思维方式导致偏激的表达方式和结论。
    刘知几从自己多年作史官的亲身经历中，深知官家修史，牵制太多，个人无法自由表达意见，因之修出的史书质量难以令人满意。刘知几对此提出严厉批评，也颇能击中要害。按道理说，《史记》与官修史书截然不同，应该是刘知几所欢迎和支持的，为什么刘知几反而对《史记》提出这样多批评呢？刘知几极力赞赏《汉书》，而《汉书》更多的带有官修史书的印痕，其思想显得保守得多，更为循规蹈矩，这又是为什么呢？刘知几修史20多年，虽然对官修史书的弊病指陈切当，但毕竟长期耳濡目染，已经形成了固定的对历史人物分析的方法，阶级的地位，优裕的生活条件使他自然不自然地站在统治阶级的立场来分析、判断一部史书，对项羽入本纪、陈涉入世家所表现出来的强烈不满，已透现出保守的态度。这恐怕是刘知几对司马迁提出如此严厉批评的第二个原因。
    第三个原因，司马迁的《史记》是历史学著作，但又不仅仅是历史学著作，所以刘知几只从历史编纂学的角度评判，必然产生许多误差。司马迁虽然没有留下哲学著作，但他是一位哲学家。其父司马谈《论六家要指》是一篇哲学论文，司马迁继承了父亲的哲学思维，这从司马迁对《周易》的研究和发挥中可以窥见。《史记》不是哲学著作，但它是司马迁哲学观念形而下之后产生的作品。司马迁对历史、对社会、对人生做了深入地思考之后，从具体的形态抽绎出历史的规律，再上升到哲学的范畴，归结到对立统一的高度，然后形而下地再现历史，再现人生。他把历史从时间和空间上打开，从纵的方面把几千年的中华民族史打开；把人生最有价值的瞬间打开，这种打开是在哲学思考基础上的打开，是高层次上的运行。看似平淡之中，蕴含着十分深厚的内容。《史记》流传2000年来，各个时代，各个阶层，每一个人都可以从中发现自己的影子，每一个人都会从中找到自己感兴趣的人，随之忧愁，随之欢喜，原因就在这里，就因为《史记》中的人物都是浓缩的、高度抽象的人，《史记》中的事件都不是孤立的事件，而是高度概括的、具有代表性的事件。尽管不少的人对《史记》提出这样那样的批评，尽管不少人对司马迁作出这样那样的攻击，而《史记》仍然得到人们的喜爱，如常青之树。而只有哲学思维的结晶才会如常青之树。
    历史编纂学研究史学著作的编写方式，其具体的形制、语言等，但司马迁通过编纂方式体现的是哲学思考，对人生的理解，对历史规律的总结，如果仅仅停留在历史编纂学的层次上，对《史记》的认识自然难以深刻。因之对《史记》的批评也难令人信服。
    刘知几对司马迁和《史记》的批评太多了，否定得过了头，因之产生了否定之否定。南宋郑樵高举“会通之义”大旗，认为孔子和司马迁最谙“会通”，称颂司马迁“上稽仲尼之意，会《诗》、《书》、《左传》、《国语》、《世本》、《战国策》、《楚汉春秋》之言，通黄帝、尧、舜至于秦、汉之世，勒成一书”，“使百代而代，史官不能易其法，学者不能舍其书。六经之后，惟有此作”。同样是《国语》、《世本》、《战国策》、《楚汉春秋》，刘知几认为司马迁引用这些材料，显得肤浅，而郑樵却极力称颂这样做体现了史学的最高原则“会通”，真是仁者见仁，智者见智。郑樵与刘知几相反，对《汉书》提出了最为严厉的批评，说道：“自班固断代为史，无复相因之义；虽有仲尼之圣，亦莫知其损益，会通之道，自此失矣”。
    清代史学理论家章学诚就客观得多，站得高，看得远，从史学哲学的高度来分析编年与纪传体、纪传通史与纪传断代史的关系。章学诚指出，史学作品的最高境界是“圆通用神”，《尚书》是最高典范，蜕变而为《春秋》、“史氏断《春断》而有作，莫如马、班；马则近于圆而神，班则近于方以智也”。章学诚的说法是对的，圆通神验的作品包藏智，能鉴古又能预知未来，《史记》正是这样的作品，每一代人都能从中学到知识，得到启发，得到帮助去把握未来。
    说《史记》是伟大的著作，并不是说它就完美无缺。《史记》是纪传体的第一部，却又是纪传体中最完美的一部。犹如没有平原，一下子步入巅峰，没有由浅入深、由低到高的过程，一下子臻于顶峰。其他的纪传体作品，都只能相形见拙，这又不能不令人有点遗憾。另外，司马迁对史料的来源交代不详，更没有如司马光那样的史料考异；对历史人物的处理以模糊化的方式，缺少精确的纪年，生卒年这样的最重要的资料都往往缺失，等等，这些都对后来的史学作品产生了一定的影响，这也不能不是遗憾。