5月16日，港督卜力（Henry A.Blake）派兵开进九龙城，将城内官弁兵丁一并逐出，军械军衣悉行搜夺，在城内升起英国国旗，并强行封闭九龙海关。（注：《卜力致张伯伦电》，1899年5月16日，Ｆ.Ｏ.881/7226，第239页。）第二天英军迫使150名中国平民及守城官员离开城寨。
    在强行占领九龙城的同一天，英国也派兵强占了深圳。
    英国违约强占深圳和九龙城，使清政府十分震惊。5月22日，中国驻英公使罗丰禄向英外交部提出抗议，指出英国此种强制行为，违反中英《展拓香港界址专条》。（注：《外交部致殖民地函》附件，第146号，1899年5月22日，英国殖民地部档案。Ｃ.Ｏ.885/5，第160—161页。）总理衙门还于5月21日向艾伦赛递交抗议照会，抗议英国违反条约规定，派兵将城寨官兵驱逐，要求英国撤军，并依照条约规定处理事情。（注：《艾伦赛致索尔兹伯里电》，第335号，1899年5月23日，Ｆ.Ｏ.882/5，第161页。）
    对中国的抗议，英国不但不理会，反而将英国占领九龙城及深圳的责任归于中国。5月23日，艾伦赛回复总理衙门，认为责任不在英国，皆因粤督曾答应港府，在英国接管新界前维持秩序，但未能遵守诺言。所以要对“暴民袭击英军，焚烧警察席栅负责。”（注：《艾伦赛致总理衙门函》，1899年5月23日，Ｆ.Ｏ.17/1346，第235页。）
    英国对于占领九龙城和深圳两地态度不同。5月30日，索尔兹伯里在给罗丰禄的复照中表示：英国政府不能容许中国在九龙城恢复权力。但对占领深圳则表示：“关于该地的永久性安排留待将来考虑。”（注：《索尔兹伯里致罗丰禄函》，1899年5月30日，Ｆ.Ｏ.881/7226，第278—279页。）
    英国对占领这两个地方的态度所以不同，是由于英国占领深圳过于仓猝，某些问题事先考虑不周，造成某些被动。对占领深圳可能引起的国际后果也估计不足。英首相索尔兹伯里担心“英国在深圳河以北过度扩张会使人认为女王陛下政府正在肢解中国。”（注：《外交部致殖民地部密函》，第356号，1899年5月27日，Ｆ.Ｏ.881/7226，第262页。）
    6月26日艾伦赛按英国政府的指示照会总理衙门，无理要求中国对新界居民抵抗英国一事支付15万元赔款。如果中国答应，英军拟撤出深圳。（注：《艾伦赛致总理衙门》，1899年6月26日，第149号附件，Ｆ.Ｏ.881/7241，第149页。）
    中国政府对于英国得了土地，又要赔款的作法十分愤怒，予以回绝。并声明保护边界是英国政府的责任，无权向中国要求赔款。（注：《艾伦赛致索尔兹伯里密函》，第149号，1899年5月27日，Ｆ.Ｏ.881/7226，第262页。）
    中英之间的谈判僵持了几个月，一直未有结果，使得英国当局反而忧心忡忡。这是因为深圳居民对英国占领军持“公开敌对态度，”而且北面的东莞县“动荡不安”，英国担心这种状况波及新界。为此，卜力于7、8两月连续函促英国政府就是否归还深圳问题“迅速作出决定”。（注：《卜力致张伯伦密函》1899年7月20日，8月19日，Ｆ.Ｏ.881/7241，第263—264页。）
    后来，英国政府表示同意从深圳撤军，但要求中国保证在英军撤退后，保护那些曾对英军友善的中国人。（注：《艾伦赛致总理衙门函》，1899年11月67日，Ｆ.Ｏ.17/1379，第193—194页。）总理衙门十分合作，除向艾伦赛当面作保证之外，又致令地方当局保护那些友善对待占领深圳英军的中国人。（注：《总理衙门致艾伦赛函》，1899年12月15日，Ｆ.Ｏ.17/1379，第195—1996页。）另一方面，又锲而不舍，一再向英国追讨九龙城。
    12月14日，总理衙门约见麦克唐纳。总理衙门大臣庆亲王表示（收回城寨）是一件极为重要的事。城寨的命运和金州城相连。中方忧虑若九龙城寨的条款不受尊重，会导致中国对重要的金州城的治权也被剥夺。（注：《麦克唐纳致索尔兹伯里函》，1899年12月15日，Ｆ.Ｏ.17/1379，第305—307页。）
    麦克唐纳不同意庆亲王的说法，无理地说中国在城寨施行治权，不但与香港武备有所妨碍，而且是对香港构成危险的重要来源。（注：同上）
    清政府在与英国多番交涉失败之后，又委派李鸿章出任两广总督。中国政府希望靠他的外交经验和在国际上的声望，把九龙城的治权争取回来。
    李鸿章在上任之前，先在北京会见了麦克唐纳，要求英国归还九龙城。（注：《麦克唐纳致索尔兹伯里函》第118号，1900年1月5日，Ｆ.Ｏ.881/7464，第69页。）1900年1月19日又在香港会见卜力。他又向卜力提出收回城寨的要求。还说“倘英国占取城寨，可能招致俄国不满，而产生复杂问题。”（注：《卜力致张伯伦报告》，1900年1月19日，Ｃ.Ｏ.129/Ｎ.5528，第165—170页。）李鸿章回广州后，又会见英驻广州领事司科特，提出了同样的问题，但都被回绝。这样李鸿章奔波三地交涉，终未成功。
    三、民国时期中英关系及九龙城的交涉
    经过李鸿章的交涉，英国始终不敢强行管治九龙城。后来由于义和团运动兴起，八国联军入侵及辛亥革命的爆发，中国暂时停止了交涉。民国初年，新安县改称宝安县。当时宝安县曾派员管理九龙城，但被香港政府阻止。民国初年，因中国军阀割据，战乱不已，对这个小小孤城，谁也不敢插手。
    1933年6月10日，港府派人到九龙城张贴告示，说港府要发展这个地方，城内居民限9月前迁出。（注：鲁金：《九龙城寨史》，第90页。）九龙城内居民对港府拆迁计划十分恐惧。同时他们也知道九龙城特殊地位。因而他们向两广特派员甘介侯申诉。他们在申诉中提出“城内仍归我国管理。”（注：《罗文干致英驻华公使照会》，1933年7月27日，Ｆ.Ｏ.228/2100，第41—42页。）甘介侯迅速将此事件呈报了外交部。