对于如何构建历史系统，特别是如何处理中国史实与西方理论之间的关系，钱穆、陈寅恪等人的看法与胡适等不同。1931年，陈寅恪在审读冯友兰所著《中国哲学史》时，隐然对胡适的同名著作表示不满，其中即涉及“系统”问题。他指出：“今日之谈中国古代哲学者，大抵即谈其今日自身之哲学史者也。其言论愈有条理统系，则去古人学说之真相愈远。此弊至今日之谈墨学而极矣。今日之墨学者，任何古书古字，绝无依据，亦可随其一时偶然兴会，而为之改移，几若善博者能呼卢得卢，喝雉成雉之比。此近日中国号称整理国故之普通状况，诚可为长叹息者也。”（34）张尔田对新派的学风一向反感，他在致书《大公报》编者时多次提到，新派治史好言理论系统，主观色彩太浓。在他看来，以胡适为代表所撰的一些哲学史、文学史等新史，看似颇有系统，实则断章取义，以论代史：“若今所行哲学史、文学史等等，摹仿外人，空论居多，以严格论之，实皆不成其为史。即有分重材料者，其正确与否，又自难言，非重经史家审定不可。不然，中国此后殆将无史矣。”（35）对于如何建立历史的组织系统，他们强调从历史中求史识，即按照历史的原貌研究历史，从历史中寻求认识。遵照中国历史的特性研究中国历史，钱穆总结出了一套理论方法。
    第一，本诸史实。强调以史料考辨和史实考证为学术基础，钱穆与科学考订派并无不同。他曾告诉学生，“治通史必贵有‘系统’，然‘系统’必本诸‘事实’。见仁见智，系统可以相异，而大本大原，事实终归于一致。不先通晓事实，骤求系统，如无钱而握空串，亦复失其为串之意。”（36）他在《国史大纲·引论》中表示，前人所记录之历史资料无当于后人所需之历史知识，但“后人欲求历史知识，必从前人所传史料中觅取。若蔑弃前人史料而空谈史识，则所谓‘史’者非史，而所谓‘识’者无识，生乎今而臆古，无当于‘鉴于古而知今’之任也。”（37）针对当时大中学历史教学中偏重条贯而轻视事实的现象，钱穆指出：“如是则学者所得惟系统、条贯，而无史实。卒之所谓系统、条贯者，皆空谈，皆私见。空谈私见可以万异，而历史事实只有一真。”（38）也正是从这一原则出发，他对“革新派”提出了尖锐的批评：“彼于史料，往往一无所知。彼之所谓系统，不啻为空中之楼阁。彼治史之意义，转成无意义。彼之把握全史，特把握其胸中所臆测之全史。彼对于国家民族已往文化之评价，特激发于其一时之热情，而非有外在之根据。其绾合历史于现实也，特借历史口号为其宣传改革现实之工具。彼非能真切沉浸于已往之历史知识中，而透露出改革现实之方案。”（39）
    第二，先务大体。钱穆与科学考订派又有严重分歧。其表现之一，即在于如何选择研究对象，以及为实现最终目标而采取的策略上。他说：“治史而言系统，固非易事。然若谓历史只是一件件零碎事情之积叠，别无系统可求，则尤属非是。或谓国史尚在逐步整理中，遽言系统，未免过早。今日急务，端当致力于新材料之搜罗，与旧材料之考订；至于理论系统，暂可置为缓图。此说亦可商。历史范围过广，苟非先立一研寻之目标，以为探讨之准绳，则史料尽如一堆流水账，将见其搜之不胜搜，考之不胜考；而历史仍不过为一件件事情之积叠，将终无系统可言。此如清儒治经，初谓‘训诂明而后义理明’，其论亦非不是。而极其所至，训诂小学日明，经学大义日晦。精熟《说文》《尔雅》，岂遂通得《语》《孟》义理！”（40）在他看来，“新汉学”染上了清代考据学“枝之猎而忘其本，细之搜而遗其巨”的毛病。（41）那么，如何确立理论系统呢？钱穆回答说：“窃谓今日治史要端，厥当先从‘通史’入门。”（42）具体地说，“治史者当先务大体，先注意于全时期之各方面，而不必为某一时期某些特项问题而耗尽全部之精力，以偏见概全史。当于全史之各方面，从大体上融会贯通，然后其所见之系统，乃为较近实际。其所持之见解，乃得较符真实。而其对于史料之搜罗与考订，亦有规辙，不致如游魂之无归。治古史本求通今，苟能于史乘有通识，始能对当身时务有贡献；如是乃为史学之真贡献。不致将史学埋没于故纸篓中，而亦不致仅为一时之政客名流宣传意见之利用品。”（43）此种上下左右融会贯通的方法，也就是通体的研究，正契合了研究人事的需要。它与以自然界为研究对象，重视分类研究的方法不同。对此，钱穆有自觉体认，他说：史识“须能见其‘全’，能见其‘大’，能见其‘远’，能见其‘深’，能见人所不见处”，因为，“历史是一全体性的，并非真个有一件一件事孤立分离而存在。”（44）
    第三，通览全史而觅取动态。在钱穆的学术思想中，“融会贯通”绝不是一种说辞，而是能意会且能言传的治史方法。横向上，他的“全史”囊括了政治制度、社会经济和学术思想等多个领域。他说：“革新派”之史学三期，第一期倡导“政治革命”，治史目光仅停留于“政治制度”，第二期转倡“文化革命”，论锋亦转集于“学术思想”之途，第三期盛唱“经济革命”，又惟集中于“社会经济形态”，各为局所限，滞涨不通。他认为，历史是一个整体，对此三者不能肢解割裂，亦不能孤立视之。“‘社会经济’为其最下层之基础，‘政治制度’为其最上层之结顶，而‘学术思想’则为其中层之干柱。”综合三者的进退消长，方能从整体上说明中国历史的变化。（45）以下重点阐述他的纵向贯通方法。
    钱穆把这一方法概括为“同中求异”、“异中观同”。他说：“凡治史有两端：一曰求其‘异’，二曰求其‘同’。”“何谓求其异？凡某一时代之状态，有与其先、后时代突然不同者，此即所由划分一时代之‘特性’。从两‘状态’之相异，即两个‘特性’之衔接，而划分为两时代。从两时代之划分，而看出历史之‘变’。从‘变’之倾向，而看出其整个文化之动态。从其动态之畅遂与夭淤，而衡论其文化之为进退。此一法也。”（46）“无变不成历史”，换言之，“求其异”就是寻找看似整齐、统一、静态的历史的“不同”之处，根据“不同”划分为前后阶段，观察前后变动，进而从变动中观察阶段之特性、文化之进退。“何谓求其同？从各不同之时代状态中，求出其各‘基相’。此各基相相衔接、相连贯而成一整面，此为全史之动态。以各段之‘变’，形成一全程之‘动’。即以一整体之‘动’，而显出各部分之‘变’。于诸异中见一同，即于一同中出诸异。全史之不断变动，其中宛然有一进程。自其推动向前而言，是谓其民族之‘精神’，为其民族生命之源泉。自其到达前程而言，是谓其民族之‘文化’，为其民族文化发展所积累之成绩。此谓求其同。”（47）“求其同”以“求其异”为基础，又加以提升。如果说“求其异”是“察变”，那么“求其同”是“通变”、“通古今之变”，就是“变”中寻“常”、“变”中求“性”，即寻求变变相连的动态中的统一性。显然，此“常”不是静态的历史。在钱穆看来，此“常”为中国历史之通则，蕴含着历史前进之动力、民族生命之源泉，乃民族文化发展之总成绩，或谓之民族精神。
    由此，钱穆总结说：“故治国史不必先存一揄扬夸大之私，亦不必先抱一门户立场之见。仍当于客观中求实证，通览全史而觅取其动态。若某一时代之变动在‘学术思想’（例如战国先秦），我即着眼于当时之学术思想而看其如何为变。若某一时代之变动在‘政治制度’（例如秦汉），我即着眼于当时之政治制度而看其如何为变。若某一时代之变动在‘社会经济’（例如三国魏晋），我即着眼于当时之社会经济而看其如何为变。‘变’之所在，即历史精神之所在，亦即民族文化评价之所系。而所谓‘变’者，即某种事态在前一时期所未有，而在后一时期中突然出现。此有明白事证，与人共见，而我不能一丝一毫容私于其间。故曰：仍当于客观中求实证也。”（48）
    与简单用西史比附中史，或以西学解释中学的做法根本不同，在此，历史宛然有一客观的“内在道路”。显然，此一道路之打通，靠的是贯通的方法。值得指出的是，这种整体性贯通的研究方法，正是钱穆长期以来治史经验的总结。早在《先秦诸子系年》一书自序中，他就曾自负地提出：昔人治诸子“未能通贯”，“余之此书，上溯孔子生年，下逮李斯卒岁。前后二百年，排比联络，一以贯之。如常山之蛇，击其首则尾应，击其尾则首应，击其中则首尾皆应。以诸子之年证成一子，一子有错，诸子皆摇。用力较勤，所得较实。此差胜于昔人者一也。”（49）从史料学的角度分析，他的贯通的方法完全建立在依据史籍、明察细勘的基础之上。他在《再论楚辞地名答方君》一文中所说“互证”、“内证”、“本证”，指的就是利用史料进行相互考辨、释证。经由这种考证工夫所得出的结论，自然坚实可靠。因为它不是简单依靠西方的学术理论、范式或者概念开展研究，而是广泛深入到原始史料的内部，历经艰苦工作后，从中独立得出的判断。
    “让历史自己说话”，在新史学之林中，钱穆最具这方面的个性。在研治通史的方法论上，钱穆与包括受过西学训练的张荫麟等人不同。钱穆所说“通览全史而觅取其动态”，某种程度上正是《春秋》教之“比事”，司马迁“通古今之变”的一种现代表达。钱穆之所以能屹立于现代新史学之林，自成一家，与他治史的中国性格密不可分。