神社（或称神宫）的出现是一个渐进的过程。在日本的神话传说中，把祭神的地方称为“天津神篱”、“天津磐境”。随着王权的建立，祭神的场所不仅有一定的范围，且有建筑，有的称“灵畤”、“祠”等。这些“神篱”、“灵畤”、“祠”等应是早期的神社。
    实际上，《日本书纪》中记载的最早的神祠是作为王族祖神的天照大神的神祠。朝廷“随大神（之）教”，于伊势国的建立伊势神祠之后，各地祭奉的神也相继建立神祠。至6世纪30年代，全日本有“天地社稷百八十神”⑥。所谓“天地社稷”，即是天社、地社。据《神祗令》载：“天神者，伊势、山城鸭、住吉、出云国造斋神等类是也。地祇者，大神、大倭、葛木鸭、出云大汝神等类是也”。根据中国的天神地祇的含义，天神指天上的神，地祇指地上的神。天社、地社所祭的神不同，但都是直属朝廷的神社。在7世纪80年代以前，除了伊势神祠一直受到朝廷的管理和维护外，大多数神祠还没有一个统一的管理机构，681年正月，天武天皇正式发布诏令宣布“畿内及诸国，修理天社、地社、神宫”⑦，765年正月称德天皇以“神灵护国”之由，宣布改元为“天平神护”年号，并赠诸国神祝，加位一阶⑧。同年11月，朝廷“遣使修造神社于天下诸国”⑨。朝廷开始对畿内（山城、大和、河内、和泉、摄津）的神社和各地的神社进行修理、整顿和建造，把分散的中央、地方神祠统一在朝廷的管辖之下。为保证神祠的祭祀与管理，在律令的制定中，把中央和地方神祠的归属作了明确的规定。无论是《净御原令》、《养老律令》都规定了管理的官吏，同时还专门增设了“神祇令”。律令规定在中央官僚中，与太政官相并列，设置神祇伯。据《令集解》职员令神祭条载：“神祇者是人主之所重，臣下之所尊。祈福祥、求永贞，无所不归神祇之德，故以神祇官为百官之首”。神祇官虽然阶位不及太政大臣，但是他的重要地位却是在百官之上的。神祇官在史书上最早出现，是在689年8月2日，这一天“百官会集于神祇官，而奉宣天神地祇之事”⑩。神祇伯属下配置神祇大副、神祇少副、神祇大祐、神祇少祐、神祇大史、神祇少史，并有神部30人、卜部20人、从事杂务的使部30人、直丁2人。在大宰府专门设置了大宰主神。上述中央所设的神祇官主要掌管朝廷管辖的神社及祭祀。地方上的神社的管理则是在中央领导下由地方负责的，702年2月13日，朝廷曾“为班大币，驰驿追诸国国造等入京”（11）。驰驿召各国国造入京，目的就是研究各地神社供奉的事。表明国家对地方神社的控制以及国造（即国守）在其中的作用和地位。事实上律令中也是明文规定国守的职责之一就是“掌祠社”。大宰府被称为“远方的朝廷”，它的官僚组织是朝廷的一个缩影，按《职员令》规定，大宰府设主神1人、帅1人，主神职责是“掌诸祭祠事”，帅的职责之一是“掌祠社”。
    除了律令中相关法律规定外，在天皇治政过程中，常常对神社事发布诏书，进行直接过问。（1）关于神社的经费问题，690年1 月持统天皇给畿内地区的神社“增神户、田地”；730年7月，圣武天皇诏书宣布伊势神宫的斋宫年料“皆用官物，不得依旧充用神户庸调等”；（2）关于实行神的位阶和神社社司位阶问题，749年12月圣武天皇奉八幡大神为一品，比咩神为二品。这是神祇授品位的开始。与品位相应，八幡大神给封户800户（在被封一品前的封户为420户）、位田80町（封前为50町）；比咩神封户600户，位田60町（12）。与神社始行品位的同时，神社的主要神职人员也授予位阶，如749年八幡神宫的祢宜社女授从四位下，主神田麻吕授外从五位下。768年伊势神宫祢宜授准从七位，会度宫祢宜授准正八位；（3）关于地方官吏和神社神职人员的不作为行为的整饬。725年7月天皇就各地神社的环境不洁发诏提出警告：“今闻诸国神祇社内，有秽臭及放杂畜，敬神之礼，岂如是乎，宜国司长官自执币帛，情致清扫，常为岁事”（13）。776 年光仁天皇多次就神社的环境问题指责地方官吏和神社神职人员。4月，天皇敕文指出，“祭祀神祇， 国之大典，若不诚敬，何以致福”，可是听闻“诸社不修，人畜损秽，春秋之祀，亦多怠慢”，要求诸国官司“莫令更然”；8月又指出“天下诸社之祝，不勤洒扫，以致芜荒者”，对于有此行为者，责令“收其位记与替”，予以撤职（14）。798年规定诸国神社的宫司、神主选用其氏族中清慎者，每六年更替（15）。881年命令五畿七道诸国神社的祝部氏人的系谱每三年上交一次（16）。可见，朝廷在整顿中央直属大神社的同时，也对地方上的神社进行调查、整顿。
    随着神社的整顿，国家从神祇官和中央、地方行政两条线，建立了中央大官社--地方官社--非官社三级神社体系。从史籍记载可知，除伊势神宫外，其他如九州宇佐的八幡神社、摄津国的住吉神社、大和国的飞鸟座神社、筑前国的香椎神社、大和国的大神神社等都是属于中央的大神社。朝廷一有重大事态和决策，常常遣使这些神社奉告神祗。举一例，735年2月，新罗遣使日本，因新罗改国名为“王城国”而没有事先通知日本，朝廷拒绝接纳新罗使节（17）。如此严重的外交措施，必然引起新罗的不满，使节退回后，不再派使赴日。第二年（736 年）日本派使前往新罗交涉。737年2月日本遣新罗使回国，向朝廷“奏新罗国失常礼不受使旨”事。很明显新罗国不接受日本使节使旨的做法，是针对735 年日本对新罗国使节态度的报复性行为，同时也表明新罗国对日本采取对等外交的姿态。对此，日本朝廷非常气愤，召集45名高官在宫内商议，就如何对待新罗的态度，让大家陈述意见，并让各中央机关也发表看法。“诸司奏意见表，或言遣使问其由，或发兵加征伐”，气氛十分紧张。就在与新罗国是和是战难以决断的时候，朝廷派使赴伊势神宫、大和的大神神社、筑紫的住吉、八幡两神社、筑前的香椎神社，“奉币以告新罗无礼之状”（18）。虽然日本与新罗之间关系最终没有激化，但是在国家面临重大决策的时候，遣使赴大神社奉告神祇一事，表明了神道在天皇制政治中的地位。