通过将各种版本《九边图》与《九边图说》比较，可以发现谢本《九边图》基本继承了《九边图说》的原貌，只是个别地方进行了修正。比如将“龙庆州”、“张家堡”改为通常惯用的“隆庆州”、“张家口堡”。修本、兵本《九边图》在继承谢本《九边图》的基础上，对内容有所增减或改名。历博、辽博《九边图》在《九边图说》、谢本《九边图》的基础上，增补了不少嘉靖中后期的内容。将《九边图说》与各版本《九边图》相对照，可见其间具有如下因革与异同关系：
    （一）《九边图说》用黄麻纸彩绘，历博、辽博《九边图》用绢本彩绘，显示出个人与官方绘制地图在用纸质量上的差别。
    （二）《九边图说》残图长4.2米，宽0.4米。谢本《九边图》辽东镇至偏头关不足全图的二分之一。据估量，《九边图说》原图应有10余米。这比历博《九边图》横6.65米，纵1.84米的形制，辽博《九边图》横6米，纵2.08米的形制，要长约近一倍，窄约三分之一。可见，《九边图说》是典型的长卷式，谢本、修本、兵本《九边图》继承了这一样式，辽博、历博《九边图》却为适应屏风的形制，缩短加宽，成了屏风式。
    （三）《九边图说》全图底色发黄，采取形象绘法，山川、水道皆用青墨重彩绘制。由于《九边图说》为长卷本，图幅较宽，山形施展如飞雁，渤海湾在地图上水平绘制，从辽东镇一直达到玉田县下方。辽东湾则从中部分出，形成两股分叉。下未绘地名。其他版本《九边图》在绘法上与《九边图说》一致，亦皆采用形象绘法。谢本、修本、兵本《九边图》收入书中，故《九边图》无色彩，因是刊刻的缘故，山形不如《九边图说》形象。谢本《九边图》山形不规则，修本《九边图》山形基本是正三角形或山峰的抽象绘法，兵本《九边图论》山形相比这两个版本更为形象一些。三种版本波纹形状，渤海湾、辽东湾形状与《九边图说》一致。修本、兵本《九边图》渤海湾下增注“岛国”。历博、辽博《九边图》山川、水道亦皆用青墨重彩绘制，历博、辽博《九边图》呈茶色，辽本《九边图》呈黄色。因这两幅地图图幅较窄，故辽本《九边图》山形基本是正三角形，图示简单；历博《九边图》山形耸立。历博、辽博《九边图》渤海湾、辽东湾组合在一起成为了倒立的心形。历本《九边图》渤海湾下尚绘登州府，辽本《九边图》所绘地方更多。历博山水颜色皆为墨绿色，辽博却呈绿色。
    （四）《九边图说》道路用红色细线，水道用黑绿色粗线。谢本、修本、兵本《九边图》道路用黑色虚线。谢本、修本《九边图》水道用双曲线表示，中间无波纹。兵本水道用双曲线，中间涂黑表示。历博《九边图》道路、水道皆用黑线表示，辽博《九边图》用绿线表示。两种版本《九边图》黄河皆用茶色粗线表示。
    （五）《九边图说》边墙较为形象，绘有关楼、墩台，关楼涂红，关楼、墩台遍插红旗，营房也涂红。谢本、修本、兵本《九边图》边墙关楼、墩台也皆插旗帜。历博、辽博《九边图》边墙只是简单的线形，中间墩台绘法较为抽象，不插红旗。
    （六）《九边图说》镇卫所城以及大型堡皆以黑色较大双重方框圈注，营、堡、驿以较小的长方形红色条框圈注。谢本、修本《九边图》镇、卫城以黑色较大双重方框圈注，且绘有关楼，营、堡、驿以黑色较小的单方框圈注，且绘有关楼。兵本《九边图》镇、卫所城以黑色较大双重方框圈注，营、堡、驲以黑色较小的单方框圈注。历博、辽博《九边图》镇、卫城以较大双重方框圈注，底为粉红色，内框为浅蓝色，外框为白色，且绘有关楼、垛口，关楼涂红。营、堡、驿皆用较小双重方框圈注，底为粉红色，内框为褐色，外框为白色，且绘有关楼，关楼涂红。在营堡绘制较为形象这一点上，历博、辽博《九边图》体现了对谢本《九边图》的参照。
    （七）《九边图说》在镇卫所城与大型堡旁注明职官。如辽东镇框内注：“即辽阳城。”下注：“副总、巡抚、分守、都司。”谢本、修本、兵本《九边图》未有文字注明。历博、辽博《九边图》在方框内注以四至。比如辽东镇框内注：“北至沈阳城一百一十里。”大型堡无文字注明。
    （八）《九边图说》在北京的位置用最大的方框标注皇都，并绘制了15座城门，分别是“里九门”的宣武门、正阳门、崇文门、朝阳门、东直门、安定门、德胜门、阜成门，缺西直门。“外七门”中的西便门、广安门、右安门、永定门、左安门、广渠门、东便门。谢本、修本《九边图》绘制出了北京城“里九外七皇城四”的所有20个城门。兵本《九边图》未绘城门。历博、辽博《九边图》绘制了北京“里九”的9座城门。
    （九）边墙之外因非明朝直接控制地带，《九边图说》绘制得较为简单，主要以图记的形式加以注明。谢本《九边图》图记内容与《九边图说》一致，只是有的图记挪移了位置。修本《九边图》基本继承了谢本的原貌，稍有增补。兵本《九边图》基本将图记完全删除，重新在图版外另注眉批，历博、辽博《九边图》在个别地区增绘若干地名，并增注不少图记。现即由东至西，依次介绍辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、山西镇边墙外的图记。
    （十）《九边图说》在辽东边墙东绘制鸭绿江，群山及上飘小旗的营房4处。谢本、修本《九边图》在鸭绿江一侧绘有群山，在镇北关旁增绘东辽河，并有一条大体连接鸭绿江与东辽河的道路。此外，在义州城旁注：“自此入朝鲜界”。兵本《九边图》大体与修本《九边图》一致，只是东辽河注入山中。图右下角有“九边全图”四字，替代了“自此入朝鲜界”的图记。历博、辽博《九边图》增加内容较多。皆在边墙外东北部绘两处蒙古包，注：“小王子部落驻牧”。又在义州城东纵向标注朝鲜国、西京、八道堡。