谢本《九边图论》大体分为四个部分：一、序文、奏稿、题稿。序文先后是赞理畿内学政谢少南《刻九边图论序》、山西巡按御史苏祐《九边图论序》、礼部祠祭清吏司主事许论《九边图论序》。前两篇序文撰于嘉靖十七年，许论序文撰于嘉靖十三年。奏稿为许论于嘉靖十六年七月二十三日向世宗上呈《九边图论》的奏疏。题稿是兵部尚书张瓒于嘉靖十六年八月十三日因《九边图论》向世宗上达的奏疏。二、《九边图》，凡十幅，依次为辽东镇一幅、蓟州镇一幅、宣府镇二幅、大同镇一幅、山西镇一幅、榆林镇一幅、宁夏镇一幅、甘肃镇二幅。可见刊刻为书后，《九边图论》仍然大体保留了原来的形式，分为两大部分，前半部为《九边图》，后半部为“九边论”，各自独立，而并未如后来舆地图籍一图配以一说、自成一体的形式。三、《九边论》、《总论》。注明：“巡按直隶监察御史洛阳乔佑校”。顺序依次为辽东、蓟州、宣府、大同三关附内、榆林、宁夏、甘肃、固原。四、后序。依次为礼部主客司主事马从谦《序刻九边图论后》、真定府知府宋宜《跋九边图论后》、真定府通判刘希简《书刻九边图论后》、西安知府薛廷萱《九边图论序》。前三篇序文皆撰于嘉靖十七年，薛之序文撰于嘉靖十八年。
    谢少南表达了刊刻此书的动机。“君子志世故，苟不得竖勣于身，必于其言，言可兴，不啻足矣。予于许子之论，重有感焉。”（14）马从谦、宋宜、刘希简也都从传统“华夷之辨”到九边形势的基础上，充分认可了《九边图论》的意义。
    《四库全书总目提要》、王庸认为修攘通考本《九边图论》为照刊嘉靖年间谢少南初刊之本。（15）但通过上文的论述，已可知二者内容具有一定的差别。修本《九边图论》还改变了谢本《九边图论》的体例，且删去了若干序文。全书也可分为四个部分。一、谢少南之序文、《九边图论》目录。二、许论奏稿、张瓒题稿。三、《九边图》。四、许论《九边图论叙》，即谢本《九边图论序》。五、《九边论》、《总论》。无乔佑校的字样。六、马从谦、宋宜、刘希简后序。不过修本收录的文字内容基本照刻谢本而来，甚至字体也几乎完全与谢本一致，偶有改动之例。
    《明经世文编》所收《许恭襄公边镇论》，除了最后一章《三边四镇图序》与《九边图论》毫无关系，由《明经世文编》的作者所增之外，其他内容基本继承了《兵垣四编》本《九边图论》，只是变换了边镇次序，将注文从眉批改为夹批，并有所增删。该文首为《九边总论》，其次依次为宣府论、蓟州镇、宁夏镇、大同、辽东总论、榆林镇、甘肃镇、甘肃论、固原论。最后是三边四镇图序。各镇标题并未统一规范，可能源于《明经世文编》仓促编成，未暇细核。
    兵垣四编本《九边图论》天启元年始才出现，并非照原本刊刻，而是以原本《九边图论》内容为主体，结合其他图籍，并增加《九边总图》与《九边总论》而成。（16）《九边图》前绘有一幅《九边总图》，描绘了包括九边在内的全国面貌。《九边图说》、历博、辽博《九边图》皆元《九边总图》，《九边图论》在目录中也称地图“计十帙”，但加上《九边总图》一幅，正好十一幅，多出一幅。《九边总图》实为整个当朝明朝全国总图，这也与《九边总图》的名称不相称。事实上，这幅所谓的总图系何镗后来将罗洪先《广舆图·九边总图》增入而成，两幅地图内容完全一致，甚至连描绘海湾的波浪纹也是一样的。
    目录之后，兵本《九边图论》增一全国总图。该图基本与罗洪先《广舆图·九边总图》一致。但同时，《广舆图·九边总图》在海域中标有二处地方，崇明沙兵、昌国。（17）兵本《九边图论》在海域中却标出三处不同的地方，即日本、大琉球、小琉球。事实上，李默《舆地图》的《大明一统舆图》海域部分已标出日本、琉球二处地方，兵本《九边图论》实在此基础上发展而来。（18）
    在文字内容上，兵本《九边图论》有《九边总论》，从总体上论述了九边防御形势。（19）此《九边总论》并非将原本《九边图论》书后的《总论》简单地移至书前的位置改动，而实为“偷梁换柱”。即此《九边总论》与原《总论》毫无关系，而直接从张天复《皇舆考·九边图叙》中改名换姓，挪移而来。查张天复《皇舆考·九边图叙》，实与这段文字基本相同，两种版本与之不同者，仅在于不载《皇舆考》中的注文，并改“蛮倭”为“蛮夷”，并用红笔增加了“据形势”的最后一句注文。（20）
    可见，兵本实在原本《九边图论》的基础上，广泛吸取了其他较为著名的舆地图籍，如《舆地图》、《广舆图》、《皇舆考》等内容而成。故而，王庸以兵垣四编本为原书面貌，认为“本书内容，首为总图与《九边总论》，次为九边分图与九边分论。”（21）萧樾也延续了这一观点，（22）皆判断错误。
    在吸收其他舆地图籍之外，兵本《九边图论》还在每边论之后，用红笔略增议论，较为简要。兵本所增议论另起一行，空一格，并且变换字体。兵本《九边图论》其余的内容与修本相同。兵本篇末有徐亮所作跋语。
    另外，兵本《九边图》上有大量眉批，王庸认为这可能是许论自批。（23）通过本文以上的论证，这一结论显然不符合事实。邓衍林指出的明吴闵氏刊朱墨本中的闵氏应即为闵声，此版本应与兵垣四编本为同一版本。