日本攻占旅顺后，军部与内阁对第二期对华作战方针，出现了严重的战略分歧。以山县为代表的军部，主张把大本营移到中国的东北，陆军主力逐渐转移到渤海湾沿岸登陆，在直隶平原与清军决战，逼清政府订立城下之盟。伊藤不同意这一意见，提出攻占台湾的主张。他认为日军在直隶平原决战，一旦中国出现无政府状态，必然引起列强的干涉，使日本难以应付。他向大本营提出紧急计划，主张第一、第二军仍驻守各自的占领区，仅调其中的一部分跨海作战，进攻山东半岛，夺取北洋海军的另一基地威海卫，另外组织第三支军队（所谓南征军）攻占台湾，以便将来议和时提出割让要求。他指出在进攻台湾时，只要对列强采取缓和办法，照顾他们的通商利益，保护其在台侨民，就不致引起干涉⑩。
    军部对进兵山东半岛，攻占威海，表示同意，认为此举是未来决战的预备战，这支军队可以视为直隶平原作战的一翼，但反对进攻台湾。山县主张日军攻取威海卫后，应立即将大本营移到中国东北，指挥“攻屠敌国之首都，迅速结束此次战乱”。用上操六、桦山资纪等都赞成大本营迁往中国，陆海军高级将领中只海军参谋长山本权兵卫支持伊藤。山本认为大本营移到海外，万一列强联合舰队切断日本与大陆的交通，在中国作战的陆军主力与本国隔绝，就会陷于孤立，立即出现极危险的局面。但山县等不顾伊藤的反对，仍然坚持在直隶平原作战。3月16日，小松宫彰仁亲王（原近卫师团长）以“征清大总督”身份，率领大总督府参谋长川上操六等向旅顺进发，除已在中国境内的五个师团外，决定加派近卫师团、第四师团以及临时第七师团参加作战。
    军部和内阁各持己见，互不相让。前外务大臣大隈重信、前首相松方正义都出来支持伊藤。大隈赞成迅速派遣第三支部队占领台湾。松方写信给川上，强调占领台湾的重要意义。他说“台湾非永久归于我国不可”，“台湾之于我国，正如南门之锁钥，如欲向南发展，以扩大日本帝国之版图，非闯过此一门户不可。如因攻占台湾而失去进攻北京之机会，就帝国百年大计设想，实无大损失，至少比攻北京失台湾更有大益”（11）。伊藤又将沙俄在远东集结军队的消息转告陆军大臣山县。在美国的“调停”下，清政府先派出张荫桓等赴日求和，后来又指派李鸿章为全权代表到日本乞降。在这种情势下，伊藤内阁的主张终于占了上风。在4月17日签订的《马关条约》中，日本割取了中国的台湾和辽东半岛（后来退还），朝鲜名义上“独立”，实际上被日本控制。吉田在《幽囚录》中鼓吹的压服琉球、朝鲜，北割满洲，南收台湾的侵略思想，基本上全部实现。
    甲午战争的影响
    甲午战争对中国、日本和远东国际形势都产生了重大深远的影响。
    首先，对中国来说，这次战争的失败，一方面造成中国国际地位的进一步沉沦，面临严重的亡国危险，另一方面为中国人民敲起了警钟，促进了民族的觉醒。
    甲午战前，中国封建官僚和士大夫，昧于世界形势，沉湎于醉生梦死之中，虚骄自大，盲目乐观，根本不把日本放在眼里，说什么“倭不度德量力，敢与上国抗衡，实以螳臂挡车。以中国临之，直如摧枯拉朽”（12）。英法等国也过高估计中国的实力。英国在某种程度上，一直把中国看作英俄之间在远东的缓冲力量，甚至一度提议缔结英中联盟。法国外交部长在中法战争后曾把中国视为亚洲的四强（中法英俄）之一（13）。甲午战争暴露了清政府的无能和中国的积弱，帝国主义立即凶相毕露，轻蔑地称中国为“远东病夫”，叫嚣要将瓜分这个病夫的遗产提上日程。一个被称为“中国通”的英国人必麒麟叫嚷：“它（指中国）一定象土耳其（即所谓的“近东病夫”）一样地每况愈下”，断言“中国非崩溃不可，我们所作的只是接受无可避免的事实”。他投书伦敦《每日新闻》，鼓吹与俄法达成协议，“商定各国接管的范围”，说什么“英国应索取从华南珠江到华北山东省南部之间的全部地区”，然后，再鼓动法俄，“各取你们的一份”（14）。德国首相毕鲁1898年在帝国议会的一次演说中表示：“有人提出要瓜分中国。这种瓜分无论如何将不由我们来促其实现。我们要做的事就是要准备好，不管发生什么事，我们决不空手而返。”（15）沙俄财政大臣维特报告沙皇：俄国有无可争辩的权利，从庞大的中华帝国遗产里，分得最大部分的猎物（16）。中国当时面临的被瓜分的严重危机，是甲午战争对中国的直接影响的一个方面。
    当塌天的亡国大祸即将临头的时刻，在漫漫长夜里闪烁出一道耀眼的，象征着中华民族的觉醒曙光，这就是战后资产阶级作为政治势力在中国的出现。不论革命派还是改良派，他们关怀祖国的前途和民族的命运，火热地投身于救亡图存的活动，为中国带来了新的希望。
    孙中山是伟大的民主革命的先行者。甲午战争前夕，他曾向李鸿章上书，建议改良政治、发展生产；甲午战争失败的消息传到檀香山后，他于同年11月，联络当地华侨中的爱国人士，成立第一个资产阶级革命小团体兴中会，揭出列强鲸吞瓜分中国的危险，大声疾呼要“振兴中华”。第二年2月，他回到香港组织兴中会总会。在总会章程上，明确提出“驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府”的纲领性口号，由此坚定地走上资产阶级革命的道路，为中国的独立和强大，鞠躬尽瘁地奋斗了一生。孙中山思想转折性的变化和兴中会的成立对以后的中国历史具有重大的意义。