在罗马，枢机主教团对印第安人有无灵魂，是不是人的问题，曾发生激烈而尖锐的争论⑨。一些为征服印第安人寻找理论根据的人坚持相信，印第安人“是不同于人类的奇怪的生物”。西班牙国内也有人认为印第安人没有灵魂，不是人而是畜牲。畜牲是不能享有土地、黄金、白银、珠宝和其他一切财富的，所以这一切都理应归西班牙人所有。西班牙圣多明我会修道院院长德米纳亚就认为，印第安人智力不足，仍属于动物一类，因此无法接受基督精神，只能把他们当奴隶去从事与动物相同的劳动。“而另一些人则认为，美洲印第安人是象其他人一样的人类，不幸的是，他们一直没有更早的暴露在基督教和文明的光辉之中”⑩。
    另有一种观点认为，印第安人虽然也是人，但却是一种智能低下的劣等人。持这种观点的第一个代表者是法国教授梅加尔（Johnmajor）。他在1510 年依据亚里士多德的人性优劣论著书立说，宣称印第安人就是亚里士多德所说专门供养上等人的下等人，是“天然奴隶”。为了迫使“天然奴隶”安于供养上等的西班牙人，首先需用暴力令其屈服。所以，征服战争是完全正义的。有很大一批人支持他这种观点。（11）
    对此持反对意见的人认为，尽管印第安人是落后的，却不是劣等的。“印第安人作为高尚的未开化人，在每个方面都将胜过那些好战的、唯利是图的、无组织的欧洲人的，他们将拯救宗教”（12）。一些人文主义思想家也提出自己的主张。伊拉斯谟在他的《基督教君主的创立者》一书中宣布说：“对人不存在对物那样的权利”。法国思想家蒙田在他的《吃人生番》一文中，区分了美洲的“自然人”和欧洲的“自为人”，并指出：“在理性规范方面，我们可以称他们为蛮族，但我们在‘野蛮’的各个方面，并不比他们逊色”。西班牙法学家维多利亚根据“自然法”原则，肯定了西班牙人在美洲访问、定居和通商的权利，但否定了屠杀、奴役和占有的权利。他认为印第安人是自由人，拥有自己的政府，自己的财产制度。西班牙人决不应该用武力去破坏印第安人现存的财产制度，即使是教皇，也无权把印第安人的土地和人民授予西班牙国王。宗教不同，不能成为合法战争的理由（13）。这些相互对立的观点几乎从哥伦布首次远航回来时起，就一直在西欧的大学里、王宫内、教会修道院中和街头巷尾热烈地争论着。
    1519年，国王查理五世曾召集对立双方的一些代表人物进行辩论。在这次辩论会上，主张和平殖民、保障印第安人人权、反对征服战争的卡萨斯神父这派占了上风。国王恩准他们在殖民地推行试验性“大陆计划”，这个乌托邦式的试验，终因脱离实际和殖民者的破坏而告失败。对印第安人的征服和暴虐统治，很快又因为皮萨罗对秘鲁的征服而达到空前的高潮。卡萨斯不得不继续斗争。
    1537年，斗争总算取得较大结果。这年，受人文主人思想影响的教皇保罗三世，专门对西印度事务颁发了一道训谕：“印第安人具备人类一切特点，全然能够接受基督教义，实际说明，彼等业以极大热忱接受了教义。为铲除西印度的诸多暴行，我等行使上帝赋予之权力，在此庄重宣布：尽管印第安人和基督徒即将发现之其他百姓尚不信基督教，也决不能因此剥夺彼等之自由及财产，把其置于奴隶地位。相反，应向彼等传播福音，以圣洁之生活为榜样引导彼等接受我神圣宗教。为此，特布此令。凡违反此令这一切规定均当宣布无效。”（14）国王查理五世也在1542年颁布的“新法”中表示，印第安人是有理性的人，应帮助他们转变成开化的基督教徒，要改善他们的生活状况（15）。
    至此，有关印第安人是否为人的争论和印第安人是否为“天然奴隶”的争论，在欧洲算是有了权威性的定论，这为伸张正义的一方提供了决定性的法律依据。但是，大多数西班牙殖民者或出于卑劣的占有欲，或企图借自然法则逃脱罪责，他们继续坚持认为，土著人比动物强不了多少，除了作为智能低下者外，他们是永远不可能适合于一个欧洲化的社会的（16）。
    卡萨斯曾经以自己亲身经历揭露说：“蛮横无理的入侵者并不承认他们对印第安人所犯下的无数罪行和所发动的战争是伤天害理、违反法律的，相反，他们却认为，消灭印第安人，对无辜的印第安人所取得的胜利，乃是上帝旨意。因此他们认为发动的战争是正义的，所以他们对自己所犯罪行竟洋洋自得，感到光荣，为他们得以滥施暴行感谢上帝……”（17）就连美洲的天主教会也有他们自己的主张，他们确信，试图让印第安人皈依基督教是徒劳的（18）。因此美洲的天主教会从不对印第安人实行宗教审判，那些都是动物所不配享有的“光荣”（19）。于是教皇的“训谕”变成一张废纸，因王的“新法”则引发了西属美洲各殖民地的动乱。无可奈何的国王只好废除“新法”，并承认奴役印第安人的“监护制”的世袭权。这样一来，虐杀印第安人的罪行继续在美洲发生，而关于印第安人性质和人权问题的辩论仍在旧大陆继续。
    卡萨斯在新旧大陆多次穿梭奔走，仍然无法拯救印第安人，他开始著书立说，公开自己的观点。他先后写了《西印度毁灭述略》、《论国王的权力》等近十部论著，特别是在《三十条建议》中，他全面而概括地阐述了自己的基本观点。他认为教皇并没授予西班牙国王和王后对新大陆传播的直接财产所有权，而仅仅授予他派遣传教士前往新大陆传播基督的权力，但作为补偿，他们可以享有那些从福音书中得到教益的国家的最高主权。但是，这一主权也并非绝对的，不是毫无限制的。例如，他们应该维持当天然君主的生活，其个人财产应受到保护；不应派军队去征服当地居民等（20）。
    这样一来，这场论战已发展到否认罗马教皇瓜分非基督教世界宗主权的权力，否定西班牙国王对美洲人生命财产的绝对占有权，也否定西班牙的传统国法，否定非正义的征服战争。这明显地威胁到了君主的统治权和征服权。
    一个被西班牙尊崇的“伟大学者”站出来作为代表与卡萨斯进行论战，此人便是宫庭神父、国王传记撰写人塞普洛埃达（Sepulueda）。 他在《开战的原因》一书认为，西班牙国王与王后有充足的理由向印第安人开战，使他们屈服；有权用武力夺取他们的土地，然后向他们传播福音，宣传天主教义，为他们作洗礼；国王还有权强使他们遵守秩序和法律，防止他们逃跑或叛教。