卡萨斯立即撰写新著进行反击，观点针锋相对。这事在首都掀起轩然大波，成了王宫大臣们的主要话题，以致于国王查理五世不得不再次出面，召集一次大辩论会（21）。1550年8月中，查理五世在他的行宫召集内阁大臣、西印度院高级官员、 著名神学家、法学家等一大群头面人物就这样一个重大问题展开辩论：为了使印第安人屈从西班牙国王的统治而发动战争，是合法的，还是非法的？（22）
    辩论主要是在卡萨斯和塞普洛埃达两人之间进行。从来没有到过美洲的塞普洛埃达在发言中，仅根据亚里士多德的人性优劣论，居然开列了大量的“论据”，证明美洲的印第安人就是天生的劣等人，塞普洛埃达硬说，印第安人是“劣等人”，和西班牙人不同，正如猴和人不同一样（23）。同时，他又开列大量的“论据”证明西班牙人乃是天生的优等人。他的结论是，优等的西班牙人对劣等的印第安人不仅天然享有宗主权和征服权，而且有义务去征服他们。对拒绝者就要发动征服战争（24）。他在给查理五世的长篇备忘录里说：“一个人能把印第安人沦为奴隶吗？能，因为他们是劣等人，有理由使他们屈从于优等人。亚里士多德不是把可以沦为奴隶的‘劣等人’和‘优等人’区别开来吗？”（25）
    卡萨斯在长达五天的发言中，有力地揭露了西班牙殖民者的罪恶，批判了非正义的征服战争，阐明了上帝的博爱精神。他认为，只要印第安人知道有上帝，他们就是世界上最快乐的，因为世上所有的民族都是人。他说：“任何一个今天能存在于世的民族，无论它的风俗如何野蛮、残暴或败坏，都可以诱导成为具有一切政治美德的民族，具有文明人（即过着家庭生活和政治生活，并禀赋理性的人）的一切人性的民族；否则它也不能存在。”（26）他在《答辩书》一文中明确指出，征服新大陆唯一可行的方法是传播福音，建立和平秩序，然后再由王室实行统治（27）。
    这场大辩论没有立即得出结论，因为作为仲裁人的查理五世处于两难境地。这位因宗教战争而急需美洲财富的国王，不愿得罪塞普洛埃达所代表的殖民者利益集团；但面对西欧各国占优势的人文主义思潮和咄咄逼人的新教教派，他又不敢明确否定卡萨斯的主张。于是他只好不发表意见，致使这场辩论被长期拖延了下来。
    可是，到了1573年，西班牙王菲利普二世颁布所谓“国王敕谕”，便从法律上为这场论战争打了休止符。这个敕谕的理论原则是，罗马教皇把西半球的宗主权赠送给西班牙王的圣谕，是不容怀疑的。西班牙王派人到西半球去，乃是去宣示西班牙王本来就已拥有的统治者的身份地位的，是领主对藩属的合法行动。如果印第安人对抗这种合法行动，就应该用领主对叛乱藩属的战争强迫他们归顺西班牙国王。所以，“国王敕谕”宣布，今后，征服都不得称为征服，只许称为“绥靖”（28）。于是征服战争的正义性问题也就根本不存在了（29）。
    这样一来，西班牙人对美洲的征服和对印第安人生存权的剥夺，最后被统一到教皇亚历山大六世的训谕上来，菲利普二世以一道“国王敕谕”把殖民地与西班牙圈在了一起，监护主满意了，抗议者禁了声，印第安人的生存权问题被搁置起来，几乎无人再过问了，幸存的印第安人仍然没有最基本的人权保障，奴役印第安人的“监护制”继续存在了一百多年。而在刑罚上，印第安人仍受到非人的待遇。1569年美洲开始实行宗教裁判制度。从那以后整整250年间，始终不曾对印第安人实行过这种制度。原因就在于，西属美洲的天主教会一直认为印第安人属于下等动物，根本不配享受这种只有文明的白人才配享受的刑罚。所以印第安人也就一直没有被绑到火刑架上去的“光荣”（30）。
    从美洲印第安人人权的论战过程可见，西班牙人为对美洲的毁灭性征服不仅建立了一套所谓“征服权”的理论，而且这套理论还有着广泛而深厚的法律思想基础。通过发生在16世纪上半叶西欧的这场持久性论战，可以看到所谓征服理论所依据的各种法律思想论据。同时，也给我们提供了当时用以衡量和判定征服理论的法与道德准则。这点对于用马克思主义历史主义的观点分析评论西班牙征服美洲这段历史是十分重要的。
    如前所述，论战的一方企图以奴隶制时代和中世纪时代的法权观念来为血腥的殖民征服辩护，这无疑是对当时西欧法律与道德思想水准的一种特殊的反动，事实上，西班牙人对美洲的征服是在最卑鄙和贪婪的掠夺财富的动机支配下进行的，正如卡萨斯揭露的那样：“基督徒们之所以如此杀人，仅仅是为了追求一个目的，即攫取黄金。他们企图在短短的几天之内就飞黄腾达，大发横财，由卑微低贱者一跃成为上层社会的一员。”（31）一个追随科尔特斯征服墨西哥的殖民强盗，也曾一语道出了西班牙人征服美洲的真正动机，他说，因为他们“是为天主和国王陛下效劳，是给生活在黑暗中的人带来光明，当然也是为了能够发财，我们所有的人都是为了寻找财富而来到这片疆土的。”（32）可见，无论是把印第安人看成是“奇异生物”或是“天然奴隶”，还是认为对其拥有无可争议的征服权和宗主权，实质上都是西班牙殖民者剥夺印第安人人权，进而达到最大限度地掠夺印第安人目的的借口。
    而有别于此的是卡萨斯一派，他们代表了文艺复兴时期西欧较进步的人文主义法与道德观念。无论是基于宗教虔诚还是基于正义感，他们力图通过揭露和批判西班牙殖民者在美洲的暴行，来争取印第安人的生存权利，宣传和捍卫人文主义的价值观念。不过，以唯物史观的观点来分析这派代表人物卡萨斯的思想主线，便不难看出，他的身上明显地带有阶级的局限性，譬如关于印第安人性质的争论，实质上是在双方承认征服权和宗主权的基础上，究竟使印第安人沦为西班牙国王的农奴或纳税者，还是沦为殖民统治者个人的奴隶或农奴的问题。卡萨斯的主线只是想改善一个印第安人的生存条件，使他们摆脱殖民者的非法的殊求，在国王的法律保护之下依法接受奴隶。但是，“无论自愿的形式是受到保护，还是遭到践踏，奴役依旧是奴役。”（33）
    同样，关于对印第安人的征服战争正义与否的争论，实质上究竟刀剑先行还是圣经先行的问题。塞普洛埃达的观点当然不值一驳，而有“印第安人使徒”之称的卡萨斯的观点也超不出他的阶级局限。他一不否定西班牙对美洲的最高宗主权；二不否定西班牙王对印第安人的征服权。一句话，他并不反对殖民主义本身。他之所以反对武力征服，是因为武力征服使西班牙“国王和王后蒙受了羞辱和非议”，“影响了西班牙在西印度应享的权利”（34）。正是出于对封建君主的忠诚，他主张用圣经开路的和平征服，以便能给王室带来久远的利益。阶级局限使他不可能认识殖民主义罪恶的本质，因而寻求和平的殖民方式有如缘木求鱼。