1998年，由另一位曾作为梁启超研究班成员的加州大学教授傅佛果（Joshua A.Fogel）在美国主持召开了一次题为“日本在中国接受西方近代思想中的作用--梁启超个案”的研讨会。此次会议共有15位学者提交论文：日本学者8人、美国学者2人，法国学者1人、澳大利亚学者1人、中国大陆学者1人、台湾地区学者2人。由于这次会议的主题更为集中和明确，因此会议论文基本上都围绕日本在梁启超接受西方近代思想中的作用这一主题展开。其中，狭间直树的论文考察了梁启超《新民说》中“公德”和“私德”观念中的日本思想背景；森时彦的论文通过对梁启超文章中所用“生计”和“经济”词汇变化的考察，揭示其背后所隐含的丰富的经济思想方面的内容；森纪子的论文探讨了梁启超流亡日本时期所受日本佛教思想界的影响；石川祯浩的论文详细考察了20世纪初年梁启超地理学著述和地理学思想与明治日本思想界的关系；黄克武的论文深入剖析了梁启超文章中康德学说的日本、西洋和中国传统等各种思想因素和相互关系，以及梁氏本人的误会、加工和会通。有关此次学术会议的缘起以及论文简要内容，详见桑兵《日本在中国接受西方近代思想中的作用--梁启超个案国际研讨会述评》（《历史研究》1999年第1期）一文，兹不赘述。
    1999年，由狭间直树主持的日本京都大学人文科学研究所共同研究报告--《梁启超：西洋近代思想受容と明治日本》，率先出版（注：东京みすず书房1999年版，后经补充修订，2001年又由社会科学文献出版社出版中译本，书名为《梁启超·明治日本·西方》。），该书共收14篇论文，除了前两篇论文之外，其余基本上都围绕梁启超与明治日本思想界的关系这一主题。其中，狭间直树的文章强调日本在梁启超所著《新民说》中的作用，认为“以《新民说》为代表，梁启超的署名‘中国之新民’的百余篇文章以及东渡日本后写下的其他文章，多是以日本的知识和思想积累为媒介完成的”。石川祯浩的文章研究了盛行在明治日本思想界中的文明论思潮对梁启超的影响，指出“作为带有普遍意义的‘文明’的观点，在汇入明治时期日本的社会潮流后，大大地启发了梁启超，由此织就的历史观、地理决定论、帝国主义认识，使他成为近代中国的新史学、地理学、国际政治学等的开山鼻祖”。土屋英雄的文章探讨了20世纪初年梁启超在摄取西方“自由”、“权利”观念中所受日本思想界的影响以及梁氏本人的因素。末冈宏的文章考察了梁启超的经学和诸子学研究与日本的中国哲学研究之间的关系，并指出梁氏之所以在他的经学和诸子学研究中导入以井上哲次郎等官学体制派为中心的中国哲学研究，目的是“用这些人的部分理论来印证自己所想的政策或主张”。森时彦的文章揭示了梁启超的经济思想如何受到日本学界所吸收的经济学说及其所处时代的影响。森纪子的文章探讨了梁启超的佛学研究与日本佛学研究之间的关系。巴斯蒂的文章考察了梁启超宗教思想的演变及其日本思想的影响。山田敬三的文章详细论述了梁启超《新中国未来记》一文所受末广铁肠《二十三年未来记》的影响。斋藤希史的文章分析了梁启超对中国近代文学形成所做的贡献和梁所借助的塑造国民灵魂的政治小说与明治时期日本文学之间的关系。（注：有关各篇论文的详细内容请见狭间直树编《梁启超·明治日本·西方--日本京都大学人文科学研究所共同研究报告》（社会科学文献出版社2001年版）。）这些学者的论文从不同角度展示了19世纪末20世纪初梁启超所受明治日本思想影响的广度和深度及其复杂性，代表了目前国际学术界在梁启超思想与日本关系研究方面所取得的一个最新成果。
    相对国际学界来说，国内对梁启超与明治日本思想关系的研究则显滞后。虽然早有学者揭露梁启超发表在《新民丛报》上的文章多系“抄袭”日文（注：彬彬（徐彬）：《梁启超》，1929年1月26-28日《时报》，转见夏晓虹编《追忆梁启超》，中国广播电视出版社1997年版，第18页。），拾日本人的“唾余”（注：孙宝蠹：《忘山庐日记》，上海古籍出版社1983年版，第549页。），但有关梁启超与明治日本思想关系的话题，迟至中日两国关系实现正常化和中国改革开放之后的80年代，随着学术研究的转向（注：按：随着20世纪70年代初中日两国实现邦交正常化和70年代末中国国内实行改革开放政策，国内学术界逐渐由过去的单一研究日本侵华史，转向近代中日文化交流史和中日两国的近代化比较研究，从而带动了国内学者对有关梁启超与明治日本关系的研究；而在以研究日本侵华史为取向的学术语境中，讨论有关梁启超与明治日本的话题，可以说是难以想象的。），才逐渐进入有关学者的研究视野。其中，研究较多的是考察20世纪初年梁启超所倡导的“小说界革命”和其所创作的政治小说及新文体与明治时代日本政治小说和文体的关系。（注：姜启：《梁启超的“小说界”革命与日本的明治文学》，《聊城师院学报》1982年第4期；陈应年：《梁启超与日本政治小说在中国的传播及评价》，杨正光主编：《中日文化与交流》第1辑，中国展望出版社1984年版，第110-129页；夏晓虹：《梁启超与日本明治小说》，《北京大学学报》1987年第5期；《传世与觉世--梁启超的文学道路》，上海人民出版社1991年版，第201-271页；王晓平：《近代中日文学交流史稿》，湖南文艺出版社1987年版，第217-246、264-285页；王中忱：《叙述者的变貌--试析日本政治小说〈经国美谈〉的中译本》，《清华大学学报》1995年第4期，第39-43页。按：在这些论著中，以王晓平和夏晓虹两位学者的研究最为系统，也最有学术价值。）另外，有的尝试综合分析明治日本对梁启超政治思想层面的影响。（注：王秀华：《梁启超与日本明治维新》，《日本研究》1986年第2期；周佳荣：《梁启超与日本明治思潮》，《清华大学学报》1990年第2期；夏晓虹：《传世与觉世--梁启超的文学道路》，第177-200页；谢俊美：《梁启超与日本》，《上海师范大学学报》1994年第2期；沈大明：《梁启超与日本》，华东师范大学日本研究中心日中文化研究会主编：《现代化与社会文化》，学林出版社1995年版，第164-204页；蒋广学：《梁启超和中国古代学术的终结》，江苏教育出版社2001年第2版，第23-37页。）有的就梁启超的启蒙思想与日本启蒙思想家福泽谕吉进行比较，揭示这两位启蒙思想家的近代化思想的异同。（注：高力克：《福泽谕吉与梁启超近代化思想比较》，《历史研究》1992年第2期；徐剑梅：《福泽谕吉和梁启超的政治革新观比较》，《北京大学学报》1993年第2期；郑浩澜：《福泽谕吉与梁启超国民思想之比较》，《江西社会科学》2000年第5期。）有的考察明治日本思想对20世纪初年梁启超史学思想的影响。（注：蒋俊：《梁启超早期史学思想与浮田和民的〈史学通论〉》，《文史哲》1993年第5期；盛邦和：《东亚：走向近代文明的精神历程--近三百年中日史学与儒学传统》，浙江人民出版社1995年版，第326-339页。）有的考察梁启超日本观的演变。（注：焦润明：《梁启超的日本观》，《近代史研究》1996年第1期。）还有学者探讨与日本有着密切关系的梁启超国学研究为什么不被日本学界所看重的原因。（注：桑兵：《国学与汉学--近代中外学界交往录》，浙江人民出版社1999年版，第277-294页。）