13世纪初，由于内部矛盾的激化和教俗封建主的迫害，华尔多派开始分裂。1210年，北意大利不少人退出了这一组织；余者在组织上和教义上也发生了一些变化；还有一些人皈依了天主教会。教皇英诺森三世利用华尔多派的分化，操纵了一个“公教穷人团”组织，搜罗了一些华尔多派的变节分子，企图利用他们把“里昂穷人派”成员拉回天主教会中。拒不受抚的华尔多派余众则受到教俗封建势力的残酷迫害。在法国南方，华尔多派虽被区别于阿尔比派，但仍被认为是正统教会最危险的敌人，与阿尔比派同样受到镇压，这在客观上促进了两派的合流。直到14世纪，宗教裁判所仍在追踪和迫害华尔多派④。
    但是，华尔多派对早期福音生活中的向往，在下层民众中有着牢固的基础；闭塞的山区，也是逃避教会迫害的隐蔽处。于是，这一派的信仰在北意大利与法国接壤处的科蒂安阿尔卑斯山谷中保留下来，在当地牧民中传播，成为“家长制的阿尔卑斯山区牧民反对封建关系侵入他们生活中的一种反作用的表现。”⑤16世纪初，法国宗教改革家法勒向华尔多派领导人传输新教教义，赋予这一派别以新的生命力，使之在礼仪和教会组织上进一步迎合新教日内瓦派，演变为瑞士新教教会之一。但他们受迫害的历史直到1848年才结束。在现代欧美一些地区，华尔多派作为一重要的宗教派别，仍保有着旺盛的生命力。
    2纯洁派的情况比华尔多派复杂得多。虽然其组织形式（在内部分为“完人”和“听众”两个阶层）和社会政治纲领中有同华尔多派相通之处，但其教义的思想文化渊源却带有更多的“东方因素”。
    纯洁派亦称卡塔尔派（Cathar），源于希腊语“清洁”（Kaoapoi）， 是崇尚善恶二元创世说的教派。该教派于11世纪初已见于西欧，到12世纪时达到繁荣的项点。因此，前述华尔多派的组织方式可能受到卡塔尔派影响。因为华尔多派的产生，在时间上迟于卡塔尔派在西欧繁荣的时期。由于12～13世纪间，卡塔尔派的活动中心在南法郎格多克地区的阿尔比城，因此，“阿尔比派”即成为卡塔尔派的代名词。
    纯洁派（阿尔比派）的二元论教义渊源，可上溯到1～3世纪间先后流传于西亚及伊朗地区的基督教诺斯替派（亦称“灵智派”，从“Gnoestism”一词而来）异端和摩尼教教义传统。
    诺斯替教派先于基督教产生，它把至高神与造物神（“巨匠造物主”）对立起来；前者所代表的精神世界（心灵、生命和光）与后者所造的物质世界（Phusis）构成相互平行发展的两级。人的灵魂和躯体分属于两极。肉体是灵魂的囚牢。只有彻悟及此、禁欲清修，才能把握“诺斯”（Gnosis，即真知），使灵魂得救。基督教产生后，诺斯替派的某些派别吸收了一些基督教观念形成基督教诺斯替派，并对《圣经》中的《创世纪》做了二元论的解释。该派曾盛极一时，迫使基督教神学家著书立说完善基督教教义来对抗之。后来，该派被视为异端，为基督教会摒弃。但它所包含的思想却被小亚的伊朗移民后裔摩尼在创立摩尼教时吸收，并揉合了二元论的袄教（琐罗亚斯德教）和印度佛教教义中的一些要素，形成一个新的思想体系，孙培良先生称之为“基督教化的袄教”或“袄教化的基督教”⑥。它的基本教义原则，据本世纪初在我国新疆吐鲁番高昌国遗址发现的《摩尼教残经》所归纳，主要是所谓“二宗三际”。“二宗”即光明与黑暗，善与恶的对立，“三际”，指世界发展的三个基本阶段，即初际、中际和末际。初际是光明与黑暗的对立，构成世界的两极。中际是光明与黑暗的斗争，黑暗之神撒旦侵入光明世界，使光明与黑暗相混淆构成物质世界，代表光明的精神世界被代表黑暗的物质世界所囚禁。为了把光明从黑暗中解救出来，“先知”和预言家们宣传节欲清修，把受囚禁的灵魂引入光明世界。末际是物质世界的毁灭，使光明--精神世界得以解放，世界又形成光明与黑暗的对峙，遵照“先知”启示而严守戒律者得入天堂，恶者则永堕地狱。
    因此，该派理论的实质是否定现世，毁灭现世。它体现了2～4世纪古代奴隶制危机时期被压迫人民的消极反抗情绪，为当时欧、亚、北非广大下层民众所接受，传播范围东抵印度、中国，西至高卢、西班牙。甚至在知识阶层，它也有相当的势力。著名基督教教父神学家奥古斯丁，就曾经是摩尼教徒。摩尼教“毁灭现世”的纲领无疑是对奴隶主阶级的统治不利的，因此在古代波斯和罗马帝国都遭无情打击和镇压。5世纪末和6世纪在西欧和东罗马帝国近于绝迹。在东突厥和中国，这一教派的活动持续到13、14世纪。中国宋时的方腊起义和元明时期的劳动人民秘密组织，皆以摩尼教思想为基本组织纲领⑦。
    在中世纪欧洲，摩尼教的思想体系和组织原则、社会纲领也往往为下层民众所接受并用来作为组织人民斗争的基本手段。但它经历了基督教的改造，成为中世纪欧洲最为影响深远的基督异端派别之一。西方学者则称之为“新摩尼教”（Neo Manichean）。前述纯洁派（即阿尔比派）和7～9世纪间发生于拜占廷的保罗派运动，10世纪出现于巴尔干和保加利亚的波高美尔派运动皆属此“新摩尼教”派。而且它们之间也有着较明显的先后承袭关系。
    在中世纪盛期几乎复盖整个欧洲的异端狂潮中，属南法朗格多克地区的阿尔比派势力最大。这显然与此地的经济繁荣、贸易活跃、城市发达和文化生活的丰富有直接的联系。而且此地又曾是摩尼教在古罗马时期的繁衍地，天主教会势力不甚强大，宗教活动比较自由，从而使来自东欧地区的波高美尔派思想容易扎根。到1167年，此地的纯洁派信徒势力已相当强大，他们集合于土鲁斯公然召集自己的宗教会议，建立了自己的教区，任命了自己的教区主教，公开向天主教会挑战。其占据城市数以千计，教徒数以万计⑧，吸引了社会各阶层人士。它的教义理论、斗争纲领和宗教礼仪等突出地反映出新兴市民阶级的愿望和要求。