首先，纯洁派教义的斗争锋芒刺向封建社会的最高精神领主--封建教会。他们否定罗马教廷的最高权威，对于教皇追逐俗权的行为深恶痛绝，认为教皇没有资格代表圣徒彼得，而是君士坦丁的继承者。他们敌视教廷的财富和教堂的华丽，揭露各级教干及托钵僧们剥削信徒劳动、征收什一税，觊觎寡妇遗产行为同基督斥责过的法利赛人的罪行别无二致。因而没有权利主持圣礼或给人们以赦免。
    纯洁派反对教会所实行的一切繁缛奢华的礼仪，反对用水洗礼，抨击“化体论”，反对献祭和宗教仪式中一切物质的东西，他们认为“任何物质都是恶魔所创造的”从这一概念出发，纯洁派也反对崇拜偶像，反对尊崇十字架。他们实行了一种简单、朴素的宗教规范。不修教堂，不崇拜偶象和十字架，不采用各种繁缛的礼节。只保留圣餐礼；在礼拜式上诵读《圣经》，听“完人”训戒后，分食圣餐面包。他们认为，经“完人”祈祷后的圣餐面包拥有拯救灵魂的神力。因而当朗格多克的异端信徒受到迫害，不可能再聚会行圣餐礼之时，伦巴底的异端兄弟们就派人送来一批这样的面包帮助受难兄弟们。
    纯洁派教会内的“完人”和“信士”两个阶层，相当于天主教会的教士和俗民。但其教士阶层没有森严的等级差别。全部信徒只分为三个阶级：首领、主教和信士。主教身边有三位高僧，称作长子（Filius Major）、次子（Filius Minor）和执事（Deacon），充当主教的助手。在该教派内部，“完人”实行严格的戒律，包括节欲、独身、戒斋、弃绝财产和尘世争斗等。信士不受这些戒律的束缚，他们甚至可以参加天主教会圣礼，表面上留在天主教会内部。从“信士”到“完人”要通过长期考验，并接受严格的“精神的洗礼”。“信士”临终前，也要接受由“完人”主持的“精神洗礼”（Cousulation）。 受过该洗礼的“完人”被认为是“属灵”的人，成为信士们崇拜的对象。这种对“完人”的崇拜，在纯洁派信徒每月一次的大聚会中都要严格进行。那些临终时未能接受“完人”洗礼的信士，其灵魂不得超度，只好经历轮回转生的过程。这种理论显然是受佛教轮回说法的影响。但是，如果信士在临终前有幸吃到一点受过“完人”祝祷的圣餐面包，其亡灵也可得以超度。
    纯洁派嫌恶婚姻关系，因为这会把一个新的灵魂囚禁在肉体中。因此，在“完人”中间，“男女受授不亲”的儒家古训得到了充分的体现。
    纯洁派反对封建国家的司法权力和政治权力，攻击战争和血刑。他们认为，封建君王无权向他的子民征税，并引用《圣经》中的话作为自己的根据⑨。他们反对杀生、血刑和死刑，反对战争。抨击组织十字军的教俗封建主是杀人犯。有的纯洁派信徒还直接否认封建国家的司法权力，认为上帝无意于让法官来处罚“犯罪”者。而那些被视为“异端”受到迫害的人才是真正以纯朴生活来理解基督完整思想的人，对他们施以迫害者，绝不是真正的基督徒。
    这种对封建教会和封建国家的坚决否定，体现了新兴市民阶级倡导教会廉洁，反对现存封建秩序的积极改革精神；他们不崇拜偶象和十字架，却崇拜“受了圣灵”的“完人”，也体现了新兴市民阶级打破“神”和偶象的束缚，实现个性解放的理想。同时，纯洁派信徒并不完全否定信徒的财产权，甚至不反对高利贷，联系到他们宁可用十字架烧火的态度，足见这一教派是符合市民讲求实际的要求的。但是，纯洁派对现世的否定和仇恨，往往也导致一部分人的消极厌世，甚至采用自杀殉教的方式去实现灵魂的“净化”。史载，此类“殉教”自杀的方式是不择手段的，有的请“完人”帮助窒息而死，称为“殉教者”；有的则绝食、服毒或吞食碎玻璃使自己成为“忏悔者”⑩。但天主教僧侣们往往夸大这种殉教的现象，以证明该“异端”之当诛不赦。
    3从对华尔多派和纯洁派的教义分析中，可清楚地看到两派的相似之处和主要区别。
    第一，两派都以反封建教会为主要目标，且同样提倡廉俭、纯洁，向往恢复早期基督教的平等。他们也同样地否定《圣经》中的《旧约》，崇奉《新约》。在组织上，他们都分为“完人”和“信士”两个阶层。因此，两派间的相互影响，而更可能的是纯洁派对华尔多派的影响是显而易见的。
    第二，两派亦有本质差别：华尔多派是立足于改良的基督教徒，以恢复早期使徒生活为最高愿望；纯洁派则是信奉二元论神学的摩尼教派异端，以毁灭恶神造化的现世为基本宗旨。前者实行禁欲主义，为实现自我修行而抛弃财产，为改革教会弊端而现身说教；后者实行禁欲主义，则基于一个信念：即从物质的束缚中把“善”、“光明”解放出来，所以信徒们以实际行动来促进世界灭亡。其积极方面，就是斗争的坚持不妥协性；其消极方面，则是悲观厌世、自我毁灭。
    第三，在发展的结果方面，华尔多派坚持斗争数世纪，最后接受了新教的改造，发展为资产阶级宗教改革斗争的一个分枝；而纯洁派在西方遭到残酷镇压，几无立足之地。传入东方的摩尼教理论则秘密流行于民间（如在中国元、明时期），成为民间秘密宗教的理论基础。这说明，纯洁派的思想体系与东方的文化传统有更多的共鸣之处。