戴高乐用软硬兼施的办法对阿尔及利亚人民进行分化瓦解。凭借软的一手证明，只有和法国联合，阿尔及利亚的利益才有保证，借此拉拢大部分阿尔及利亚人民，迫使他们无论从感情上还是从理智上承认阿尔及利亚的未来有赖于法国，独立是危险的，不可靠的。对于坚决不妥协的阿尔及利亚民族解放阵线，戴高乐则毫不犹豫地采取强硬政策，残酷斗争，无情打击，甚至对法军使用酷刑等违反人权、国际法的行为视而不见。[②e]尽管戴高乐在1958年10月23日的记者招待会上呼吁“勇士的和平”，希望战斗双方达成协议，但此时他并不想把民阵作为政治解决阿尔及利亚问题的主要谈判对象。当然，在他看来，如果民阵能主动放下武器，成为一支驯服的、和平的、普通的政治力量，参加到由法国一手包办的“民主程序”中来，那是再理想不过了。戴高乐自然就会“宽容地”给予民阵一定的地位以示安抚。阿尔及利亚的前途就会稳固地掌握在法国人手中。在此之前，戴高乐绝不会放弃军事上的努力，他在同日同一场合指出：“法军的首要任务就是避免在战场上失去阿尔及利亚”。[③e]只有彻底战胜民阵，完全掌握阿尔及利亚的局面，戴高乐所谓的“自决权”才能提上日程，才可以保证法国不会因阿尔及利亚获得“自决权”而丢失这块地中海的战略要地。
    1959年3-6月，夏尔指挥法军对民阵根据地所在山区和高地发动猛烈攻击。戴高乐甚为满意，赞誉此次战斗“战果辉煌”。8月，戴高乐去前线视察军队。在这次军事旅行中，他决定尽快给予阿尔及利亚民族自决权。这是因为，虽然法军可以凭借军事的优势继续占领阿尔及利亚，但是改变不了阿尔及利亚人民对独立的渴望，也不会彻底消灭民族解放阵线的武装力量，戴高乐不得不承认：“叛乱者依靠全体居民的协作，显然能够，而且永远能够维持下去，或发动新的抵抗。”[①f]进行这场战争本想要打击和消灭阿尔及利亚民族主义者，可它每天都在造就阿尔及利亚民族。[②f]戴高乐也想用以退为进的手法给民阵施加压力，迫使其参加和谈。[③f]另外，国内政治经济气候的变化为戴高乐推动非殖民化进程创造了有利条件，阿尔及利亚战争造成人力、财力无止境的浪费，社会面临巨大压力，人心思定。更重要的是，在高技术产业决定一国生产力的大趋势下，越来越多的国有、私人投资从代价高昂、动荡不安的殖民地原材料生产向友邦的劳动密集型工业转化，过份关注殖民地的特权地位有碍法国现代化。[④f]现实主义态度最终占据上风，“阿尔及利亚这艘船已不适于航行了，在它彻底沉没之前，我们不能再耽误时间。”[⑤f]而且此时正值戴高乐极力谋求法国作为一个世界大国的地位，可是阿尔及利亚战争在世界范围受到谴责，日益损害了法国的外交政策，进一步削弱了法国在国际政治上的地位，戴高乐意识到自己年事已高，应尽快抛掉战争的包袱，把精力投入到关系法国前途命运的广泛的世界政治斗争中去。
    1959年9月16日，戴高乐宣布准备把阿尔及利亚的命运交给阿尔及利亚人，并提供了三种选择方案：⒈独立；⒉法国化；⒊与法国联合成一个整体。他还表示停火四年后，才让阿尔及利亚人民进行公民投票，以决定他们国家的前途，并希望阿尔及利亚能选择第三种方案，戴高乐称自决权的宣布无疑迈出了决定性的一步。
    第二阶段从1959年9月16日宣布承认阿尔及利亚民族自决权至1962年3月28日法阿埃维昂协议签定。
    1959年9月28日，在答复法方建议的公报中，阿尔及利亚临时政府重申了争取民族独立和掌握斗争领导权的决心，“阿尔及利亚民族国家是客观实在，任何不考虑这一事实的自决以及将阿尔及利亚民族国家肢解为种族、宗教团体的企图都是妄想。……临时政府是阿尔及利亚人民利益的代理人与捍卫者，它指导、控制阿尔及利亚人民的反抗和民族解放军的解放斗争，只有得到他的同意，才有可能实现和平……”[⑥f]戴高乐已看出独立是大势所趋，但是他对“联邦”式的解放方案还抱有最后的幻想，在10月10日的记者招待上，戴高乐用大量数字证明，在法国的参与支持下，近年来阿尔及利亚在政治、军事、生产、生活方面取得了很大进步，他呼吁全体人民放弃无谓的流血斗争，加入到和平过渡的行列中来。[⑦f]进入60年代，法国国内反战情绪更烈，年轻人不愿到战场送命，在法共的鼓动策划下，爆发了一系列游行、示威活动。[⑧f]1961年1月8日，法国和阿尔及利亚举行公民投票表决，分别有76%的赞成票支持他的这一政策。戴高乐对此更加深信不疑：“可以肯定，他们将选择独立的道路。”按照戴高乐的逻辑，这一阶段的任务自然是：妥善处理这件事，使他们在我们选定的时刻独立，并且由我们宣布在他们的领域成立一个独立自主的国家。”[①g]
    戴高乐明白，民阵在抗法斗争中已成为代表阿尔及利亚人民的决定性力量，并得到广泛的拥护，完全抛开民阵是很不现实的，任何有关阿尔及利亚前途的安排如果不能得到民族解放阵线的合作都是徒劳的，但是操之过急，提前撤出法军，不仅会使民阵比较容易地“凭轻机枪的力量取得政权，”更重要的是，会使法国失去与民阵讨价还价的资本，从而丧失法国在阿尔及利亚的全部利益。因此，关键在于怎样使阿尔及利亚在法国的安排下、民阵参加的基础上获得独立。只要法国控制着阿尔及利亚走向独立“民主程序”，民阵就不得不答应法国人的要求作为换取独立的条件。为此戴高乐采取两方面的措施，第一，继续军事攻势，维持对阿尔及利亚控制；第二，与民族解放阵线积极接触，表示只要法阿“合作”，可以给予阿尔及利亚独立。
    1960年3月3至7日，戴高乐视察了阿尔及利亚的法国军队，他说，“斗争还没有结束，可能要持续好几个月，但只要斗争没有停止，就应该到处追捕、压制、战胜敌人。”新闻界把戴高乐指示军队的话当做是其政策的突然转变，他对此评论：“他们看不到我在使法国从阿尔及利亚脱身的同时，也要求我们武装力量继续控制这个地区。”[②g]
    1960年夏季，戴高乐开始认真与阿尔及利亚民族解放阵线谈判，但由于双方的立场离得太远因而无法达成协议。1961年2月，蓬皮杜作为戴高乐的特使去瑞士与民阵代表进行秘密会商。戴高乐特别指示：“让对方明了我的目的绝不是要法国抓住阿尔及利亚不放，而是相反，要使法国摆脱阿尔及利亚，而且无论如何一定要达到这个目的。”但是戴高乐又叮嘱，只有在法国全面占据主动地位时，才可以透露此点，千万不要急于撒手，为此“如果阿尔及利亚认为有这个需要，应该由他们采取步骤，以便法国继续帮助他们”。[③g]2月20日至3月5日，双方交换了意见，由法方建议并取得民阵同意，在法国开始对停火、最后的公民投票的程序和阿尔及利亚的前途进行认真的谈判。
    1961年5月20日，双方代表在埃维昂会晤。民阵在法军没有完全撤出的情况下坐到了谈判桌旁，这一事实本身就证明戴高乐第二阶段的大战略是成功的。他毫不掩饰这次谈判的目的在于“使民族解放阵线做出相应的决定，既满足实现阿尔及利亚独立的进行，又适应这个新国家和法国的有效合作。”[④g]