拿破仑虽然是一个无神论者，但奇怪的是，他却说过相信神灵，信仰宗教，公开反对无神论等。如在圣赫勒拿岛他说过：我“相信存在一位上帝”（注：吉尔贝·马蒂诺：《拿破仑的最后岁月》，世界知识出版社1988年版，第356、357、369、270、280、270、357、270、269页。）。而在此之前他又说过：有一种“监视天体运行的神灵”，但这种神灵却是“物质性的”（注：吉尔贝·马蒂诺：《拿破仑的最后岁月》，世界知识出版社1988年版，第356、357、369、270、280、270、357、270、269页。）。而这种“物质性的”神灵到底是什么呢？他说得很明确：“我如果信仰宗教，我将信仰太阳。因为太阳滋养万物，它才是世上的真神。”（注：威尔·杜兰等：《拿破仑的升沉》，台北1978年版，第150页。）这算是什么真神呢？徒其名耳！
    作为一个坚定的无神论者，他的宗教活动仅仅是出于政治需要，是装样子给人看，是逢场作戏，所以难免出破绽。如在去圣赫勒拿岛时，有位教士愿随他去，却被拒绝了。在岛上，他还不止一次大声喝斥进行宗教活动的教士。甚至他自己在从事宗教活动时，也总是对上帝抱着嘲讽的态度。等等，等等。
    应当指出，虽然从整体上、根本上来说他是一个唯物论者、无神论者，但他对某些问题仍然不清楚，感到困惑。如他说：“要说我是从哪儿来的，我是什么，我去哪儿，那是超出我的理念之上的；不过，所有这些问题都存在着。看来我像一只表，它存在着，可是没有自知之明。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）“什么是生命？什么时候我们得到生命？我们又是怎样得到生命的？所有这些与神秘是不是一回事？”（注：奥布里：《拿破仑外传》，军事译文出版社1987年版，第210页。）一些问题在当时是很难得到科学解答的。他也对宗教对人们的心理产生巨大的慰藉和麻醉作用深感惊讶和不解：“教会的权力就是使我们能进入天国--在我们年迈的时候，来安慰我们和我们的妇女。”（注：科兰古：《随拿破仑远征俄罗斯》，广东人民出版社1986年版，第361页。）在精神危机时，他也会产生迷信念头和需要宗教上的精神安慰。如欧洲人自古把打碎镜子作为恶兆。一次，他正巧打碎了一面镜子，大惊失色，说妻子约瑟芬不是病了，就是不忠于他了。这是他对约瑟芬长期极度思念、焦躁、担心、怨恨之后产生的念头。在临死之前，他曾想改用米尔隆的名字。因为早年在意大利的一次战役中，参谋长米尔隆为掩护他而中弹牺牲，他却安然无恙。此次战役的胜利是他一生的转折点。不仅打开了他的锦绣前程，而且激发了他成为伟人的豪情。所以他认为用米尔隆的名字可能对他有起死回生之效。以上这些事情，在当时的条件下，即使在其他唯物主义者身上，也可能发生。如果据此认为他是有神论者或在宗教问题上的不可知论者，未免有失偏颇。
    宗教是巩固自己统治的手段
    恩格斯说：在法国，从大革命开始，“基督教已经踏进了最后阶段……它愈来愈变成统治阶级专有的东西，统治阶级只把它当做使下层阶级就范的统治手段……至于这些老爷们自己相信还是不相信他们各自的宗教，这是完全无关紧要的。”（注：《马克思恩格斯选集》第4卷，人民出版社1972年版，第252-253页。）此话对于拿破仑，真是妙不可言、贴切之至！
    伏尔泰有两句名言：“如果没有上帝，也应臆造出一个上帝。”“如果要您的人民安静并强大，就必须让宗教服从国家的法律。”拿破仑正是这种宗教观的信奉者和实践者。他直言不讳地说：“在世界各国，宗教对于政府都是有用的。应当利用宗教对人采取行动。我在埃及是伊斯兰教徒；在法国是天主教徒。一国的宗教应完全掌握在统治该国的人的手中。”（注：奥布里：《拿破仑外传》，军事译文出版社1987年版，第142页。）就是说，它应该成为统治者手中巩固自己政权的政治工具。
    作为一个认为自己“太爱战争”的伟大军事家，拿破仑曾说：“世界上只有两种强大的力量，即刀枪和思想；从长远来看，刀枪总是被思想战胜的。”（注：乔治·勒费弗尔：《拿破仑时代》，商务印书馆1985年版，上卷第136页，下卷第174页。）综观其言论，可以说，在诸多思想中，他又特别重视宗教思想。认为“宗教思想所具有的影响，比某些胸襟偏狭的哲学家所愿意相信的要大得多，它能给人类以极大的好处。如果和教皇的关系搞得好，就可能使一亿人的良知就范。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）
    所以，他认为要培养“有道德的”顺民和愚民，最好的手段莫过于宗教教育。他说：“要提倡道德只有一个方法，那就是恢复宗教。没有一些人比其他人富些，社会就不能存在；而没有宗教，这种不平等状态也就不能存在。当一个人饿得要死，而其近邻却吃得很饱，这个穷人简直不能容忍这种差异，除非有某种权威能告诉他‘上帝’要这样。在这个世界上就是必须既要有富人，又要有穷人；但是……在天上，事情将不是这样。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）
    他特别注意对占人口一半的妇女进行宗教教育。他说：妇女“需要永远顺从……所有这些，只能用宗教，用温柔慈祥的宗教来对付。”并指示有关官员：在公立女子学校中，“你首先必须从极其严格的宗教开始。在这一点上决不允许有任何妥协……宗教是第一要事……是母亲和丈夫的最可靠的保证。我们对教育的要求不是女子应思考，而是她们应信仰。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）
    他认为，如果社会没有宗教，后果就不堪设想。“宗教是想象力的疫苗，它可以使想象避免任何危险和荒谬的信仰的侵蚀……假如你们让人民放弃信仰，你们只会养出一些江洋大盗来。”（注：《拿破仑轶事》，第75页。）总之，“我从宗教看到的不是化身的奥秘，而是维护社会秩序的奥秘。”（注：霍特曼：《拿破仑的革命》，纽约1967年版，第121页。）
    法国天主教在波旁王朝时代是国教。大革命开始以后，它成了革命的对象，其土地财产被没收，教堂被封闭，宗教象征被摧毁，宗教活动被禁止。其教士又分成拥护政府的少数派即宪政派和反对政府的多数派即正统派。伴随着非天主教运动又出现了崇尚理性之神的敬神博爱教。这引起了许多教徒特别是农民教徒的不满。一些地方的叛乱就是打着恢复天主教的旗号进行的。