拿破仑多次指出，法国革命者的一个重大缺点是没有利用法国人民的宗教感情为新制度服务。他上台后，就决定结束教会的分裂，实现宗教和平和人民的团结，以巩固他的政权。他也看到，天主教的森严的教阶制度和严格的纪律，要人们服从掌权者之类的教义，都和他要建立一个稳固的中央集权政府的思想相吻合。所以他一上台，就开放了教堂，恢复了天主教的宗教活动。这受到了广大教徒的欢迎，也分化了叛乱者，再加上武力镇压，使长期为患的叛乱很快平定。这对安定新占领区的社会秩序也颇为有效，因为那里绝大多数人是天主教徒。后来，他又与教皇签订了政教协议，在保留大革命基本成果的基础上，正式恢复了天主教。按此协议及附件，它不再是国教，而是法国大多数人的宗教。它从属于国家，为国家服务。教会放弃被没收的土地和财产，不再征收什一税。大主教、主教等由拿破仑任命，由教皇授予圣职。未经法国政府批准，罗马教廷的文件不得在法国发表和实行，其人员不得在法国活动。等等。这样，教会已由封建制度的精神支柱变成了为资产阶级国家和为拿破仑服务的工具，即他所谓“政府的附庸”。
    后来，拿破仑又通过法律使历史上长期受压制和迫害的新教和犹太教与天主教处于完全平等的地位，其宗教活动受到法律保护，但其信徒必须拥护政府，服从法律，尽纳税服兵役的义务等。
    他在本国的宗教政策，受到了各宗教广大信徒的欢迎，这就促进了全国人民的团结、经济发展和社会安定。他自己也认为由于他有“宪兵、郡守和教士”，所以才不怕人们造反。
    但他也不是允许任何宗教或教派合法存在的。他禁止耶稣之心、圣餐公会、修士军、敬神博爱教等宗教组织的存在，认为他们的教义和活动都不利于他的政权的巩固。
    正因为他政治上需要宗教，所以尽管他是无神论者，却反对宣传无神论和自由思想，反对公开批判宗教，实行愚民政策。1805年有人重印了法国著名的无神论者马雷夏尔的《无神论者辞典》后，他谴责重印者：“老迈昏庸”，并禁止他出版任何著作。他骂大哲学家康德是空谈家和骗子，不如教皇对人的思想有益。认为与其让民众大谈哲理，不如让他们利用教堂和教义。他反对士兵读书，说“引导他们的正确办法是使他们一无所知”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）。他认为印刷品“越少越好”，强令法国的一百多种报纸停刊。他相信宗教迷信和愚昧无知有利于他的统治，因为愚民最听统治者的话。
    宗教是神化自己的光环
    他了解历史，洞察时人，懂得除了文治武功之外，还需要借助宗教给自己戴上一轮既神秘又神圣的光环，才能使人敬畏俯首。
    他曾慨叹：“我来得太迟了，再没有什么辉煌的事业可做了……你看看亚历山大吧：在侵入亚洲以后，向人民宣称是朱庇特（神）的儿子……整个东方都相信了这句话……如果我宣称是永恒之父的儿子……那就没有一个粗野的妇女不在我经过的路上发出嘘声的。今天的各族人民太有见识了：并没有什么辉煌的事业可做了。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）
    他深知自己已不可能象两千多年前的亚历山大那样以诡称为神的儿子来愚弄人民，但是仍然可以根据他当时的具体情况最大限度地利用宗教来为神化自己服务。
    首先，他要把他的帝国盖上他所谓“上帝恩典”的印章，以便作为自己无人敢动的世袭财产。而他这个皇帝只有得到“上帝在地上的代表”教皇的加冕，才算盖上了这个印章。于是，他称帝后又邀请教皇来巴黎，在盛大的加冕仪式上为他加了冕。他还把亲手修订的《帝国教理问答》作为学校的必修课。他一反早年的观点，在《问答》中公然宣称“君权神授”论。说什么上帝“通过赋予我们的皇帝以和平和战争的才能，立他为我们的君主，使他成为上帝在地上的形象和权力的代行者。因此，尊敬和服侍我们的皇帝就是尊敬和服侍上帝自己。”“他还由于接受了天主教会的首脑教皇授予的圣职而成了神权帝王”，“上帝扶植他”。因此，“对我们皇帝不尽义务”就是“对抗上帝亲自建立起来的秩序，这使他们自己理应受到无穷无尽的惩罚。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）根据这个《问答》，那些教士们常给人们讲什么：上帝的神灵暂时附着于拿破仑身上，他取得的一切胜利，都是上帝直接干预的结果。
    为了进一步神化自己，他还想在“皇帝陛下”的尊称前面加上“神圣的”形容词。奥地利外交大臣梅特涅后来回忆说：“君权神授的思想对他影响也很大。”当他知道奥地利臣民用“神圣的皇帝陛下”称呼其皇帝时，就“用庄严的语调”说：“这是一个优美的习惯和良好的措辞。权位来自上帝，正因为如此，它才是人的攻击所不能及的。今后有朝一日我将采用这个称号。”（注：王养冲等编：《拿破仑书信文件集》，上海人民出版社1986年版，第12、639、569、400、400、551、208、325、239、244、283-284、568、86、355、439、324、250、249、252页。）
    其次，不信命运只信人事的拿破仑，也常常利用人们对命运的迷信来为神化自己服务。在圣赫勒拿岛时他曾颇为客观地说：我出身卑贱，来自社会的最低层，而能成为皇帝，是因为环境和舆论对我有利。但他在当政时，却故意一再公开把自己的成功归功于上天赐予的鸿运。他33岁生日时，在巴黎圣母院的钟楼上高高地闪耀着一颗红星，以作为他本命星的象征。他对朋友说：恺撒曾讲他自己的好运气并且表示他是相信命运的，他这样做是正确的。这种手段既可以影响别人而又不会触犯任何人的自尊心。拿破仑也如法炮制，把自己打扮成命运之神的骄子。他深知一般人崇拜天才，对于不断走运者，更是五体投地。