兵农分离削弱了武士阶级与封建制度之间的联系。日本武士阶级的收入由源于封土到源于俸禄的变化，使他们在脱离了生产和经营过程的同时，也丧失了对民众在经济方面进行肆意榨取的可能性，降低了政治权力对社会各层面的可渗透性。武士阶级从此割断了与社会基层的联系，迈出了自我消亡的第一步。因此，丸山真男说：“从德川社会士与农、工、商的身份分离、以及贯通于君臣上下的等级关系的固定化等关键点来看，的确不失为我国封建制度的完成形态。但另一方面，由于自室町末期以来领主分国的扩大和武士向城下町的集中，政治的支配与土地的使用收益关系相脱离开来，又意味着封建制度主要特征的丧失。”（注：丸山真男“日本政治思想史研究”、东大出版会、1952年、121页。 ）中村孝也也说，武士阶级“脱离农民同町人接触，脱离生产阶级、脱离土地成了消费阶级。脱离土地、脱离农业、脱离村落，即脱离了武士阶级立身存命的根本”。（注：中村孝也“江户时代における町人に対する思想”、日本历史地理学会编“日本商人史”、日本学术普及会、大正14年、170页。）武士阶级不仅在幕末主动发起了明治维新运动， 并成为日本近代化的主要领导者和推动力量，其原因之一，就在于兵农分离之后，这个阶级事实上已不能与他们所代表的封建制度生死与共。
    三
    实行兵农分离，还使德川时代日本形成了带有多元色彩的社会结构。
    在江户时代之前，日本已经发生了武士与庶民以及庶民内部农民与町人即工商业者的分化，但那时诸阶级间还不存在严格、明确的界限，贵族与武士兼营商业的现象相当普遍。《大宝令》规定，皇族五位以上的贵族及其家臣严禁经商谋利，但自己产品和所有物的贩卖却不受这一规定所限。（注：铜男勇“わが国営利心の起源及ぴ発达”、“经济论丛”32号-34号。）平安朝以前贵族阶层经商已成风气，如赞岐国美贵郡大领外小屋县主宫手之妻与八子均经营商业，广有牛马奴婢稻钱田地，且贪得无厌，“酒加水多沽取多值，贷日与小升，偿日受大升，出售时用小斤偿收时用大斤……”，债务人无力偿还，只好弃家而逃。（注：“日本国现报美恶灵异记”下卷、26页。）平安朝官员在京都放高利贷的也很多。（注：“今昔物语”卷28、第三十三。野村兼太郎“德川封建社会的研究”、日光书院、1941年、363-364页。）到了平安朝中期以后，由于货币的广泛流行，还发生了贵族末流售卖世袭土地及官职的现象。当时的政治家菅原文时面对这种情况忧心忡忡，认为卖官鬻爵“公家以为助国用，众庶以为轻天工。於是功劳之臣自退，聚敛之辈争进”。（注：菅原文时“封事三个条”。）
    实行兵农分离，明确了士农工商之间的界限，使之成为四个相互排斥的阶级。日本享保六年（1721）年成稿、十六年（1731年）刊行的《百姓囊》就已注意到：“与本朝情况迥然有别，唐土四民间虽有差别，但士营商者有之，农营工商者亦有之。且其四民均可习文，通过宫中考试分辨其才智高下。再据其学术器量的大小，分授不同官职，所谓及第。因此，尽管身为庶民下辈，亦可通过勤奋读书而步入仕途，成为皇帝的大臣。这也是天下政道的基本作法。本朝则与此不同。尽管民间不乏有人具有才智、道德，但他们获得官职、主持天下政事的事例，古今皆无。偶尔农商之家有学人出现，也都仅成为诸国大名的儒者和医师，不得参与政事。这便是本朝学者与唐土学者的不同之处。”（注：“日本经济大典”第四卷、495-496页。）
    德川时代，日本人口一直维持在2700万至3000万之间。其中武士占5%-6%，百姓即农民约占80%-85%，町人约占5%-6%，僧尼和贱民（秽多、非人）约占3%-5%。（注：关山直太郎“近世日本人口の研究”、竜吟社、1948年、125页。 ）这一组统计数字反映了士农工商这四个阶级的基本构成状态。幕藩体制赖以巩固与存续的社会基础便在于这一阶级分化及与之相应的等级身份秩序的确立。武士阶级专事文武之道，是这个国家的统治者、保卫者，也是教化者。武士阶级凌驾于农工商三民之上，享有诸多政治、经济与文化特权。例如，幕藩体制下的政权、兵权与土地所有权均为武士阶级所专有，武士阶级的家禄、家名与家业可代代相袭，教育机构尤其是藩学为武士子弟所专设。武士阶级还拥有与其他三民俨然有别的法律系统、道德规范与生活方式，享有使用姓氏和带刀的权利，不与其他阶级通婚，收领平民作养子也仅限于下级武士。他们与土地分离，移居城下町，成为主要以武技为家业、家职的职能集团，实际上已成为纯消费阶层。农民是财富的主要生产者，手工业者是财富的次要生产者，处于最底层的商人仅在财富流通领域为武士阶级服务。武士阶级赖于生存的物质资源均由农民和手工业者且主要由农民提供。农民是封建社会的基础。他们被严格束缚在土地上，作为主要的直接生产者，任务就是为领主生产年贡。武士阶级的粮食要农民供给，日用品则需要由町人经营。居住在城下町的武士家族所领取的年贡与俸禄均为稻米。因为诸生活用品均须用钱购买。他们不得不通过商人卖米得钱，并从商人处购得所需商品。货币商品经济在本质上虽然与幕藩封建制国家相矛盾，却又成为这一国家赖以成立的一个不可欠缺的条件。经商作为一种职业，也有了充足的理论根据。武士阶级不准兼营工商，农工商诸阶级不能成为武士等严格规定，限制了武士权力的行使范围，也使农工商诸阶级的权利和义务得以制度化，分别拥有了属于自己的活动空间。当政治领域为武士阶级所独享时，日本全社会90%以上的成员专事生产经营性活动，把获得本行业内的成功当作奋斗目标。由于其他阶级与武士阶级间存在着一条不可逾越的鸿沟，反倒使他们“各自创造出本阶级的伦理观，在自己有限的活动领域中专心致志，成就伟业”。（注：赖肖尔：《近代日本新观》，三联书店1992年，第37页。）