一般来说中央集权制与现代化并不矛盾，至少是现代化初期必不可少的政权形式，现代化通常都要经历权力的集中、权力的扩张、权力的分散三个阶段。亨廷顿曾说：“权威的合理化和权力的集中不仅对于统一是必要的，而且对于进步也是必要的。”（注：亨廷顿：《变化社会中的政治秩序》，三联书店1996年版，第114页。）问题是过早地中央集权制和完美的科举制度带来更大的负面作用：
    首先，中国是在生产力水平低下的条件下很早就出现中央集权制，庞大的政权机构意味着国家要豢养大量的官吏和军队，必然加重劳动人民的赋税、徭役和兵役等负担，使国家、人民过早地背上了沉重的赋税包袱，明朝的赋税分配是“郡县食之不能十之一，其解运至京师者十有九”（注：《明夷待访录·田制》一。）。清人王必敬有段议论：“国家建都燕京，廪官饷兵，一切仰给漕粮，是漕粮者，京师之命也。然其粮米则倚办于江浙湖广之南北，至近在二千里外，远者且四五千。中间分私不赀之耗，至有费过本粮原额一倍者。”（注：《问斋文抄》17，王尔辑《裕国便民饷兵备荒兼得之道》。）这种出于政治需要的人为大调运就是一个极大的浪费，严重影响社会发展的步伐，延缓了扩大再生产的进程。日本在社会转型中也形成了中央集权制，出现了大批官僚和军队，行政费、军事费用也突然猛增。不过日本由于国土狭小，很早形成了四通八达交通网（所谓的四海路五街道），在中央集权制形成以前一个多世纪即“江户时代的中期以大阪为中心的国内统一市场基本完成”（注：依田熹家：《一九世纪后半にぉけゐ日中两国の近代化》，《日本の近代化とフジフ》，早稻田大学社会科学研究所研究シリ」16昭和58年，第5页。），全国各地的经济联系已很密切和成熟，社会生产力已经相当发展，而且还有一个富裕的中等阶级的支持，都市的消费不但未造成严重的困难，反而进一步促进了商品经济的发展。
    其二、大一统的政治体制不容许半点与之相对抗的政治力量的形成与发展，任何新思想、新观念都难于形成，改革势力也难以摆脱君权的束缚而有较大的作为，更不要说是有政治远见和有抱负的人能干出一番大事，致使政治上的离心力量很难形成。由于没有“出气口”，反到容易促使阶级矛盾激化。这种体制下从中央到郡县的各级封建政权好像一个天罗地网把整个社会紧紧地箍罩起来，劳动人民很难逃脱它的控制。正如康有为所说：“中国自古一统，环列皆小蛮夷，故于外无争竞长之心，但于下有防乱弭患之意。”（注：康有为：《上清帝第四书》，载《戊戌变法》（二），第177页。）“作用越大，反作用也越大”，要么农民很难反抗，要么农民反抗特别强烈，农民不进行大规模的发动，就很难进行有效的反抗和斗争；同时中央集权是一切政治压迫和经济剥削的总体枢纽，全国农民的斗争锋芒也必然指向皇权，共同的政治目标也容易把各地的农民起义联系在一起，这就是在世界范围内中国农民起义规模特别大的一个重要原因。大规模的战乱造成大踏步的社会经济倒退，这是人所共知的。而日本260多个藩国，行政、司法、军事等机构是彼此独立，各藩国间的横向联系相对少得多，这种情况下农民分别囿于各自的藩国中，彼此间的联系不可能很紧密，同时各藩国的斗争对象也不相同，因此日本农民的起义斗争处于分裂的环境中，当然规模从来都很小，日本的农民起义与中国的相比就是按人口比例计算，也从来没有像陈胜吴广或太平天国起义那样的声势和规模，造成的负面因素也就小。
    其三，科举制度的弊端越到后期越突出，尤其是十九世纪中叶国门被打开后，中国被迫置身于全新的国际环境，在外压情况下，不得不面临走出传统社会，走向近代化的全西新历史课题，科举制度不仅不适应，反而在很大程度上阻碍向近代社会迈进。（1）成为统治者束缚、控驭人才的工具。它以“机会均等”的方式，为中国社会所有的读书人提供了公平进取的可能性。无轮是谁只要苦读书通过考试就能成为统治阶级一员，尽管事实上只有极少部分人能够进入官场，但科举制却使人人都有进入的希望。一旦进入，在“官本位”社会中，就意味着拥有远远超出一般人的权力与财富。不要说乡试、会试、殿试，就是通过初级的院试，当上秀才，就能享受免丁粮、食禀（国家供给衣食）和一定的政治司法特权。在这样的风气下，十九世纪中叶以后尽管强敌进逼，狼烟四起，而众多的知识分子终日萦怀、孜孜以求的仍然是科举功名。既使庸才“去到考场放个屁，也替祖宗争口气”。清末小说《孽海花》（二十回本第二回）说中国沦到任人蚕食鲸吞的地步，“就是害在那班帝王，只顾一时的安稳，不顾万世的祸害，造出‘科名’两字，把全国人民的心都蒙了、耳都塞了、眼都遮了”。（2）科举考试重文轻武、重伦理道德轻自然科学和技艺的导向严重阻碍中国知识分子接受和学习西方文化。宋代以后，整个社会倾向都是重文官轻武官，从中央到地方的一切要职是文官，平级中武官得听文官的调遣，故有“做人莫做军、做铁莫做针”之说。明末利玛窦来中国，得到的深刻印象是：“军事科学在这个国家不受培育和重视”，中国人“宁愿做最低等的哲学家（儒生），也不愿做最高等的武官”。“学而优则仕”，于是在学好文才能为官的价值取向中，自然科学、实用技术就被知识分子视为“雕虫小技”、“旁门左道”，甚至“坏人心术”。而西方文化是崇尚“武”与“力”，它是以科学技术的“坚船利炮”和精美的商品来到中国的，两种价值取向和风貌截然不同，中国知识分子对西方文化有着天然的隔膜和排它性。所以利玛窦、汤若望、南怀仁带来明显高于中国水平的天文、数学、历法等西方的自然科学，只有徐光启等极少数知识分子重视，绝大多数知识分子抱之漠然，林则徐、魏源、姚莹等“师夷之长技以制夷”的主张和者甚寡。日本则不然，开国后，上至幕府下至各藩国都掀起了学习西方先进科学技术的新潮，其中原因之一就是森岛通夫分析的：“中国官僚精通中国古典著作，善于舞文弄墨；而日本的武士官僚却对武器感兴趣，然而又对科学技术产生了兴趣”（注：森岛通夫：《日本成功之路》（中译本），经济日报社1986年版，第14页。）。（3）科举考试的经典教材。囊括四书五经的八股选本泛滥明清五年百，限制了知识分子的知识视野和思维境界，在中国面对社会转型的时期，它的直接危害是严重妨碍知识分子睁眼看世界、探求外部世界的知识，因为西方文化无助于他们应试。就是中国进入半殖民地以后科举制度的巨大诱惑力也没失效，知识分子仍然无心了解西方、了解世界。同样一本魏源的《海国图志》，在日本成为抢手书籍，在中国确无人问津（注：1862年日本维新派青年武士高杉晋作到上海看到中国志士所译之《海国图志》等亦均绝版不禁感慨万千。）。直至清末中国文人对世界知识仍无进长，光绪年间官至大学士的徐桐决不相信有西班牙和葡萄牙的存在，认为“这是法国和英国常来讨利益，连自己也不好意思了，所以随便胡诌出来的国名”（注：《日本政治史》第一卷，上海译文出版社1982年版，第312页。）。清末的一次科举考试，考官出一道论题《项羽拿破仑论》，考生们均不知拿破仑为何物，于是有答案曰：“夫以项羽拔山盖世之雄，安有一破仑而不能拿哉。”（注：鲁迅：《且介亭杂文而集·现代中国的孔夫子》。）