教令之二（Novit ille，发布于1204年）（注：X2.1.13.）：教皇当时试图调解法王腓力二世（1180-1223年在位）与英王失土者约翰（1199-1216年在位）为争夺诺曼底封地而发生的冲突，引起腓力不满，抗议教皇干涉世俗政治。英诺森为此写了这一教令。他首先申明绝无贬低或干扰王权的意图，也不打算介入封君封臣之间的纠纷。然后他从三个方面说明教皇有权力裁判约翰和腓力之间的诉讼。首先，约翰已经在世俗法庭上申诉而无结果，只有在教皇处可以上诉。其次，教皇的基本职责是劝诫世人弃恶从善。从纯粹法律的角度上讲，教皇固然无权审理与封建法有关的案子。但腓力所作所为扰乱和平、违背基督教道德；对他这种道德上的罪孽，教会无疑是有权审判的。最后，腓力不遵守他与约翰订立的条约，这种违反誓约的罪行照例应由教会依照教会法来审理。英诺森也提到了格兰西的意见，即世俗法已经承认诉讼当事人有权选择教会法庭，但指出教皇作为宗教领袖的地位已足以保证他有权力干预约翰和腓力的争讼。英诺森这里对世俗法和教会法管辖范围的理解大致同格兰西的看法一致。后来激进的中世纪西欧教廷人士在评注这篇教令时因为英诺森没有明确指出教皇即使在世俗事务上也高于君王而感到遗憾（注：F.Gillmann,"Zu Comp.Ⅲ：Ⅱ，1,3 ad v. iure communi",in Archiv für Katholisches Kirchenrecht,Vol.105（1925），p.541.）。
    教令之三（Venerabilem fratrem，发布于1202年3月）（注： X1.6.34.）：英诺森在这篇教令中就教皇使节是否有权参与德国皇帝选举发表了意见。12世纪中叶以来教皇的对德政策在很大程度上取决于德皇对意大利的战略意图和举措。霍亨斯陶芬家族出身的弗雷德里克一世（1152-1190年在位）及其子亨利六世（1190-1197年在位）对意大利和西西里野心勃勃，直接威胁教皇的生存。自8 世纪中叶以来教皇对罗马和意大利中部一些地区有世俗统治权，建立教皇国（所谓的Patrimonium Petri）。教皇国在政治上是教皇的驻地， 在经济上是教皇最可靠的财政收入来源。弗雷德里克一世和亨利六世染指意大利、西西里和教皇国，迫使当时的历任教皇联合德国内部反霍亨斯陶芬的威尔夫家族， 阻扰霍氏家族的强大王公当选皇帝（注： H. Jedin, ed.,History of the Church,Vol.4.New York:Crossroad,1982,pp.51-66,143-149.）。英诺森三世继承了这一政策，但他在这一教令里并不认为教皇有参加选举德皇的权力。他明确承认只有德国的王公贵族才能参加选举皇帝。教皇对选举结果的影响由他的宗教权力引申而来：西方的帝国地位在800年由教皇从东罗马帝国转移过来， 其标志是教皇利奥三世（795-816年在位）给查理曼大帝加冕；根据这一传统，教皇有权考察皇帝候选人的个人品格，拒绝认可亵渎神灵者、被开除教籍者、独裁者、愚昧者以及异端分子为皇帝；当参加选举的贵族不能达成一致意见时，教皇的使节也可以拒绝给皇帝候选人加冕。英诺森三世的上述意见与格兰西认为教皇在特定情况下可以废黜君王的观点是相通的。
    英诺森三世在位时霍亨斯陶芬家族及其盟友取得对西西里的控制，南北夹击，对教皇国的胁迫十分严重，以至教皇四处求援不果，绝望之中不得不号召教徒们参加征讨统治西西里的德国贵族马克德的十字军（注：E.Kennan,"Lnnocent Ⅲ and the First Political Crusade: A Comment on the Limitations of Papal Power",in Traditio,Vol.27（1971），pp.231-249.史实见Patrologia latina,Vol.214,780- 782。）。可见，教皇对德国政治的干涉实在是不得已而为之，出于生存需要。不打击霍亨斯陶芬家族，教皇对教皇国的权力无从恢复，教皇的人身安全和财政收入无以保证， 更谈不上从这里领导整个基督教世界（注：Patrologia latina,Vol.214,377.A.Luchaire,Innocent Ⅲ , Vol.1.Paris:Librairie Hachette,1907,p.77.）。教会法的政治学说和英诺森本人对教会法和世俗法的界限、对教会与国家的关系可以有这样或那样的理解和解释，但在政治环境险恶、强权往往取代律法和公理的中世纪西欧，教会和任何一位教皇都不得不为自己的生存而挣扎。理论的完善不足以保障和平和安全，生存的需要往往修正理论。格兰西和英诺森其实都希望清楚地划分教会与国家的界限，从而能够在教会内部稳步进行改革，实现教会拯救世人的宗教使命。英诺森作为教皇与格兰西处境不同，不得不应付复杂的政治局面，所以多次公开提出教皇有权干预世俗政治。他的政治思想的核心与格兰西并无不同，基本的原则仍然是格雷西乌斯一世的权威二元论；格兰西也认为在某些特定的情况下教会和教会法可以扩展权限至世俗事务。我们应该注意到，在以上三篇收入《教会法大全》的教令中，英诺森三世多次否认教皇直接拥有世俗权威，把教皇干预世俗事务的权力局限于与其宗教权力有关的一些特殊场合。格兰西和英诺森都力图分清教会和国家的权限，但又难以忽视二者之间难解难分的关联。
    教令之四（Quisquis electioni，发布于1215年）：这条教令原是英诺森主持的第四届拉特兰会议的第25条法规，禁止世俗王公无端干预神职人员的选举（注：X1.6.43.从这条教令看，所禁止的只是世俗王公不符合教会法的干涉；教会法并不否认王公在神职人员的选举中有一定的发言权，D.63,d.p.c.25,d.a.c.28,d.a.c.29 et d.p.c.34。 ）在这方面，英诺森三世与英王失土者约翰有激烈的冲突。约翰一直试图任命自己的亲信执掌重要的主教区，但他秉性刁蛮，采取的手段十分露骨拙劣，激起英国教会人士的强烈不满。教皇因忙于应付德国问题，一度曾容忍约翰的行为。1205年，坎特伯雷大主教一职出缺，教堂的选举人背着约翰选举了大主教，而后约翰又强迫他们选举自己的候选人，于是两个选上的大主教都向教皇上诉。英诺森不愿得罪约翰和英国争取教会自主的宗教人士，任命德高望重的英国神学家斯蒂芬·兰顿为坎特伯雷大主教。约翰大怒，派人赶走了大主教教堂的人员，没收了教堂的财产。英诺森不得不于1208年禁止全英国教会举行宗教活动（ interdict），在1209 年又开除了约翰的教籍。 1213年法王腓力二世计划入侵英国，约翰方始让步， 接受兰顿为坎特伯雷大主教， 奉教皇为封君（注： H.Tillmann,Pope Innocent Ⅲ。Amsterdam:North-Holland,1980,pp.79-84.）。
    国王在神职人员的选举中并非毫无权力。坎特伯雷大主教不仅是英国教会传统的领袖之一，而且还控制着很大的封地。英王为维持自己的地位不能不要求大主教是他所能接受的人，更不能容忍对自己有敌意者担任此职。教会法其实也承认国王同意主教选举的结果有利于教会的宗教事业。问题在于约翰太不讲策略了。