贝兹对宗教异见者和异端的不宽容态度不仅表现在这些口诛笔伐之中，还突出反映在他对日耳曼、瑞士地区的再洗礼派和其他激进宗教改革派别的敌视上。受其影响，雨格诺派牧师在争取宗教宽容的同时也不忘排挤异端，他们要求孔代亲王争取通过立法确定加尔文教派为法国境内唯一拥有信仰自由的新教教派，而对无神论者、再洗礼派以及塞尔韦特的追随者都施以重罚[5]150。此外，日内瓦新教教会对法国新教教会中出现的异议者更是全力压制，其力度更甚于游离于教会之外的异端。因为异议者及其提出的不同观点不仅会导致教会内部的不和谐，还可能令法国新教教会脱离日内瓦新教教会的控制。从16世纪60年代开始，法国新教教会中持有不同观点的教士和知识分子遭到了严厉的谴责和打压，从而加剧了法国新教教会内部的分化。
    这一时期的天主教和加尔文教派都坚持宗教信仰的不宽容政策。宗教改革本身所引发的教派之争已经严峻地威胁到每一个教派的生存，他们眼中的“异端”都是本教派的潜在威胁者。西班牙的宗教裁判所和法国的火焰法庭是天主教压迫异见、钳制宗教话语权的工具；加尔文教派对于他们认定的异端也是不遗余力地加以打压，他们甚至比天主教会更恐惧异端所带来的威胁，因为他们害怕那些带来更为新颖、更为激进、更具备革命性观点的异端将会冲击他们刚刚建立的新教教会组织，阻滞教会的发展，甚至导致教会因异端观点的侵蚀而分崩离析。
    16世纪是欧洲历经文艺复兴运动的冲击而走出中世纪的变革时代，同时宗教改革运动所带来的巨大影响力也已经深刻地改变了整个社会。特别是当亨利二世去世之后，接连几位幼王的统治动摇了王权对宗教事务的控制力。这一时期的宗教话语权受到严格的限制，只掌握于少数的教会机构和高级教士手中。绵延数十年之久的法国宗教战争已经证明了法国王室在宗教纷争中并没有太多的话语权，以王太后美蒂奇为代表的瓦卢瓦王室在战争初期奉行的和平政策仅仅是王权在天主教和新教的斗争中力求平衡的缩影而已。以索邦神学院和法国天主教会为核心的天主教势力牢固地掌握着天主教会的宗教话语权。与此同时，加尔文教派同样也通过派遣牧师实现了对法国新教教会和宗教话语权的控制。
    不过从16世纪60年代开始，日内瓦新教教会对法国新教教会的控制权遭到了一系列的挑战。其中的典型就是法国新教教会内以让·莫雷利为代表的民主派别开始兴起，试图摆脱日内瓦新教教会对法国宗教改革事业的控制。他们的主张在某种意义上是对早期宗教改革者观点的复兴，试图消弭有形教会组织对个体信众信仰的控制。而日内瓦新教教会通过“莫雷利事件”对法国新教教会内的民主派别进行了严厉的镇压，从而宣告了它对新教信众私人信仰的控制权和影响力。
    三、政治体系与宗教体系的融合
    然而，身处16世纪法国社会中的个体所遭遇到的信仰选择困境并不完全是由教会组织的控制所导致的。政治体系对宗教组织的渗透在很大程度上也影响着甚至可以说是挤压了私人信仰的选择空间。数个世纪以来，掌握以主教任职权为主的圣职任免权一直是法国国王追求的目标。早在1516年，法国国王弗朗索瓦一世就与教皇列奥十世签署了《博洛尼亚协定》，从而瓜分了法国天主教会的圣职任免权，破坏了法国天主教会的独立自治地位。依照《博洛尼亚协定》，法国境内包括主教和修道院院长在内的620个圣职都不再由选举产生，而是经由法国国王提名，而后再由教皇批准确认[23]271。这份协定推翻了一个世纪之前查理七世颁布的《布尔日国事诏书》，强化了法国国王对天主教会的控制权。随着这种控制权的增强，法国天主教会内部信众的信仰问题不可避免地受到法国国王乃至整个法国统治阶层的影响。
    这种影响主要表现为贵族开始大量占据圣职。据统计，从1516年至1547年弗朗索瓦一世去世，他一共任命了182名主教。其中129名社会出身得到确定的主教中有多达123名是贵族出身，仅有6名是平民，贵族所占比例高达95％[24]379。甚至在《博洛尼亚协定》签署之前，掌玺大臣迪普拉的兄弟托马·迪普拉就已被国王任命为克莱蒙主教；数年之后，掌玺大臣迪普拉也被提名为桑斯红衣主教和卢瓦尔河畔圣邦瓦修道院的院长，取代了此前已经选出但尚待国王批准的候选人[25]81。这一时期法国政府中盛行的领主-附庸体系凭借《博洛尼亚协定》已经渗透到天主教会组织当中，国王获得了圣职任命权，而他对天主教会事务甚至信徒信仰的影响力也越来越大。而个人信仰受领主-附庸体系对天主教会组织渗透的影响的最典型例证就是纪尧姆·布里索内在莫城所进行宗教改革的失败。布里索内本人是领主-附庸体系和国王掌握圣职任命权的受益者之一，他于1516年被任命为莫城主教。布里索内接受了法国本土人文主义者提出的与罗马教廷教义不同的宗教改革思想，比如他们对化质说的质疑以及因信称义的主张，并在莫城展开了一场天主教会内部的改革运动。然而到20年代初期，这场改革遭到了反启蒙主义者和天主教会内部保守派的激烈反对。1522年，布里索内更是被召回到巴黎，被迫改变了自己的立场和宗教观点，转而成为宗教改革的反对者。1523年10月15日，布里索内发布了致信徒及其教区的布告，宣布“禁止在公共场所和私人场所购买、阅读、收藏、售卖马丁·路德的著作，或支持、辩解、交流其中的内容”[26]155。
    由此可见，早在16世纪上半叶，世俗政权领导者们已经通过掌握圣职任免权实现了政治上的领主-附庸体系对天主教会组织的渗透，从而影响到了教会内部的宗教事务，挤压了教会内私人的信仰空间。而这种体系对教会组织的渗透进程在16世纪中叶又再次重演，这次它的对象是法国境内的新教教会。从16世纪50年代开始，加尔文教派开始在法国展开大规模的传教活动。这一时期加尔文等人采取的传教政策是拉拢法国的大贵族，在接受大贵族庇护的同时还通过他们的领主-附庸体系吸引大批小贵族皈依加尔文教派。早在1554年，日内瓦方面就曾向以纳瓦尔女王为首的大贵族派遣了一批专职牧师。萨尔蒙指出，当孔代亲王和沙蒂隆家族与吉斯家族之间的矛盾日益加剧之时，他们过往所建立的附庸关系网给各行省中视他们为领主的贵族们施加了不小的压力，他们通过皈依加尔文教派将自己与领主更为紧密地联系在一起。当时孔代亲王在皮卡迪的附庸、科利尼在诺曼底的附庸、拉罗什福科在普瓦图的附庸以及罗昂在布列塔尼的附庸都紧随其领主之后改宗信仰新教；而当诺曼底的蒙哥马利改宗之后，皮尔庞特家族、圣马里迪蒙家族、圣马尔库夫家族、塞里希的里希耶家族和阿尔古热的吉东家族都紧随其后加入了加尔文教派[25]124。
    在16世纪仍未完全消失的领主-附庸体系通过对宗教组织的渗透控制了法国的新教教会。这一进程产生了两方面的影响：首先，它抵消了日内瓦新教教会对法国新教教会的控制力度；其次，它使得政治势力成为影响私人领域信仰的重要因素，雨格诺派贵族的政治利益取代了加尔文教派牧师的教义，成为操纵信众立场的决定性要素。比如1563年3月，孔代亲王就曾以获得王国摄政官头衔为条件签署了令加尔文和雨格诺派牧师深感失望的《安布瓦斯和约》[25]147。
    加尔文去世之后，以泰奥多尔·德·贝兹为首的日内瓦新教教会领导者延续了与雨格诺派贵族结盟的政策，进一步加深了政治力量对宗教组织的渗透。因此，《论基督教教会的戒律与治理》所表露出的对日内瓦新教教会组织的“贵族政治”和“寡头政治”色彩的不满，以及《论无辜者和基督教会的民事、军事自卫权》所提出的民众反抗主张都不可避免地威胁到了雨格诺派贵族的权威和地位，势必招致他们的反击。而与这两本书都有着颇深渊源和干系的迪罗西耶也因此遭到新教教会和雨格诺派贵族的双重敌视，从而影响到了迪罗西耶此后的叛教改宗行为及其最后的命运。