恶贯满盈的亚历山大里亚主教狄奥斯库鲁……我们不谈其他事情，而来看看他的罪行，他凭借自己的权力公然对抗教规，并且和尤提克斯走到了一起……这些人应该对最神圣的利奥主教和神圣的大公会议保持恭顺，这样他们就可以被我们看作信仰上的同伴。但是这个家伙固执己见，甚至做出了应该令他痛心疾首并且跪在地上请求饶恕的恶行。此外，他甚至拒绝宣读受主祝福的罗马主教利奥写给被看作圣徒的弗拉维安的信，之前他已经被那些送信人再三劝告，要求他宣读这封信……但是，尽管他做了这么多恶行，我们还是可以宽恕他之前不虔诚的行为，因为连其他那些权力不如他大的主教们都是上帝所钟爱的。但是他又犯下了更大的罪行，他居然胆敢宣布罢免最神圣的罗马主教利奥……同时，他屡次践踏教规，因此他现在是自食其果。最神圣和受到祝福的伟大的罗马主教利奥通过我们和现在的这次会议，与被多次祝福和盛名远扬并且是正统信仰基石的彼得教区一起剥夺他主教的职位以及所有作为教士活动的资格。(21)通过这段记录，我们不难看出，罗马主教真正的不满并非是狄奥斯库鲁接受了尤提克斯的神学理论以及迫害君士坦丁堡主教弗拉维安，而是在于他拒绝服从利奥的命令，甚至挑战其现有的地位。因此，在卡尔西顿大公会议上爆发的罗马教会与亚历山大里亚教会的冲突也绝非仅仅因为教义上的异见，而是一次争夺基督教区领导权的政治斗争。最终，在君士坦丁堡主教的协助下，利奥的意见得到了皇帝马西安的支持，狄奥斯库鲁和尤提克斯都被处以放逐。从塞奥菲鲁斯开始，亚历山大里亚的主教们就一直试图成为帝国东部地区基督教会的最高首领。然而，卡尔西顿会议后，他们的这一理想彻底破灭，亚历山大里亚再也无法获得宗教领袖地位。(22)东地中海基督教世界的领导权转移到了君士坦丁堡教会手中。
    但是，罗马教会和君士坦丁堡教会在对亚历山大里亚教会的斗争中形成的短暂合作关系却未能保持长久。亚历山大里亚教会的失败使得拜占廷基督教会内部的政治关系由三足鼎立演变为两强对峙的局面。君士坦丁堡和罗马成为了争夺基督教会最高领导权的竞争者。
    尽管君士坦丁堡教会在卡尔西顿会议后名义上获得了和罗马教会平等的地位，但是与后者相比，依然有一些明显的劣势阻碍其成为帝国的宗教中心。首先，从宗教传统来看，罗马教会相传由圣彼得和圣保罗建立，是高贵的使徒教区，而君士坦丁堡教会则没有这种背景，这在一定程度上影响其号召力。例如，卡尔西顿会议给予君士坦丁堡教区与罗马平等的地位让罗马主教利奥极为不满。他严词表明这一决定是“与教父们确定的教规相矛盾的，是对抗圣灵的地位和古典时代传统的表现”。(23)452年他更是在给君士坦丁堡主教阿纳托里乌斯的信中表示：“君士坦丁堡甚至不具备都主教的资格，因为即使它是皇帝所在的城市，也不能使其成为使徒教区。”(24)其次，从4世纪末到5世纪上半叶各宗主教区的势力范围来看，罗马教会是整个西部基督教世界的领袖，同时东部部分教区，如塞萨洛尼基教会也归其管辖，在所辖区域内，罗马主教在宗教问题上有绝对的权威。反观君士坦丁堡教会虽然不断壮大，然而此时也仅是对色雷斯、黑海地区和小亚细亚地区大部具有管辖权。在东部其他地区，除罗马的下属外，亚历山大里亚等宗主教区，乃至以弗所这样的都主教区都不同程度地保持着独立性。在这一时期的宗教会议上，如前文提到的第二次以弗所宗教会议，经常出现君士坦丁堡教会被其他一些教区孤立的情形。因此，君士坦丁堡要想挑战罗马并取代其帝国宗教中心的地位，必须依赖另一个重要的条件。
    君士坦丁堡教会最大的优势在于绝大多数拜占廷皇帝的强力支持。尤其是5世纪后，当帝国政治中心逐渐稳定地确定在君士坦丁堡之后，皇帝对远在意大利的罗马主教越来越难以控制，而对卧榻之侧的君士坦丁堡教会的管理则要容易许多。当罗马教会的独立性日趋明显时，为了维护基督教作为帝国精神统治工具的作用，拜占廷君主们需要扶持一个便于控制的宗教领袖，君士坦丁堡宗主教便是最好的选择。因此，君士坦丁堡教会每一次地位提升实际都与皇帝的意志有密切关系。
    凭借皇帝的支持，君士坦丁堡教会从诸多方面加强了自身的地位。首先，卡尔西顿会议后，君士坦丁堡教会开始改善同东部其他教区，尤其是亚历山大里亚教会的关系，同时极力维护自身在东部教会中的领导地位。亚历山大里亚教会在卡尔西顿会议之后地位迅速下降，至少一段时间内不可能构成对君士坦丁堡教会的实质威胁。这样，二者一度因为争夺东部基督教世界领导权所造成的尖锐矛盾暂时得以缓解。从主教阿卡西乌任内开始，君士坦丁堡教区逐渐调整了对亚历山大里亚教区的敌对态度，并在皇帝的支持下有计划地改善了双方的关系。这一政策的标志即是482年的《联合诏令》。(25)这一诏令是阿卡西乌促使泽诺皇帝颁布的有利于实现与亚历山大里亚教会和解的宗教政策，旨在调和支持《卡尔西顿信经》的基督徒(君士坦丁堡教会支持这一信经)与支持基督一性论的宗教势力(主要为亚历山大里亚教会)之间的矛盾。它回避了基督性质这一争论焦点，在一定程度上缓解了君士坦丁堡与亚历山大里亚教会之间紧张的对立局面。阿卡西乌对诏令的颁布起到了重要作用，除了向泽诺皇帝提出建议外，按照埃瓦格里乌斯的记载，他还派特使赴亚历山大里亚与刚刚上任的主教彼得·蒙古斯和谈，最终使后者接受并对全亚历山大里亚教徒宣读了这一诏令。(26)尽管亚历山大里亚教会并没有因为这一诏令而放弃自己的一性论信仰，但是在此后很长一段时间内，君士坦丁堡和亚历山大里亚教会没有发生如第二次以弗所宗教会议上那样的剧烈冲突。
    除了对亚历山大里亚教会的缓和政策外，君士坦丁堡主教还极力维护对所辖教区的控制和管理权。在卡尔西顿会议后，君士坦丁堡主教尤其反对罗马教会干涉东部教会事务，为此不惜与其发生正面冲突。双方在《联合诏令》颁布后爆发的激烈对抗将这种冲突推向极致。罗马主教菲利克斯在得知诏令的内容之后勃然大怒，因为在其眼中，这一诏令实质是对罗马教区主导的《卡尔西顿信经》的背离。因此，埃瓦格里乌斯记载到，菲利克斯“给阿卡西乌写了一封信，并且在信中宣布因为与彼得联合的问题而罢黜阿卡西乌。阿卡西乌对此并不接受，因为他认为这种行为不符合教规……这之后，菲利克斯要求泽诺皇帝确保卡尔西顿会议的决定依然是官方信仰，并且要求阿卡西乌去罗马为自己辩白。”(27)一向倾向于君士坦丁堡教会的泽诺皇帝理所当然地拒绝了菲利克斯的要求，于是后者发表了宣言：“罗马教会不接受异端信仰者彼得，他在很久之前就已经被神圣的教会谴责、开除并且诅咒了……这件事情表明君士坦丁堡的阿卡西乌应该受到严厉的惩罚。”(28)罗马教会和君士坦丁堡教会的这次冲突在基督教会史中被称作“阿卡西乌分裂”。这是东西部教会在历史上的第一次重大分歧。尽管直到1054年，罗马天主教会和希腊东正教会方才最终正式分裂，但是“阿卡西乌分裂”事件后，“普世的”罗马教会和“正统的”君士坦丁堡教会之间的隔膜逐渐加深。罗马教会内部对《联合诏令》是如此愤恨，以致当498年新主教的选举过程中，倾向部分接受这一诏令的候选人尽管得到了皇帝阿纳斯塔修斯的强力支持，但是还是被坚决拒绝妥协的西马库斯击败。(29)罗马教会此后与拜占廷东部教会渐行渐远。至553年查士丁尼召开第五次基督教大公会议时，罗马教会在这次会议中并没有起到先前四次，尤其是卡尔西顿会议中主导性的作用。不但罗马主教本人拒绝出席会议，而且意大利等西部地区的主教出席会议的人数也很少。(30)罗马教会自此逐渐倾向于脱离拜占廷政权的控制，并最终走上了一条独立发展的道路。与此同时，君士坦丁堡教会也无力干涉西部教会事务，只是在皇帝的协助下取得了某些原属罗马所辖的东部教区，如塞萨洛尼基的控制权。在罗马教会逐渐远离了拜占廷教会体系的同时，君士坦丁堡主教顺理成章地成为了帝国内最有权力的宗教领袖。