当然，论述历史过程中诸事件的连续性、必然性的时候，引用资料的真实可靠与全面完整是基本的前提。一些中国学者在论证日本侵华的计划性与一贯性的时候，往往以“田中奏折”作为论据。但是，被作为文件提出的当时，“田中奏折”确实因在行文格式及所涉事件的叙述方面有较多漏洞，存在许多不明之处，对其真实性的问题一直存在争论。这种争论一直到战后，日本学术界（包括各派）基本不认可“田中奏折”的存在；从实证研究的角度，有的中国学者也对其存在或真实性表示了怀疑。（60）在“田中奏折”作为文件的真实性尚存在争议的情况下，简单地以该文件作为日本侵华政策一贯性的证据显然是不妥当的。学者应当关注的是：在那之后东亚发生的事态及日本的行动确与“田中奏折”中的表述一致。所以，重光葵才不能不承认：“之后发生的东亚的事态，以及与之相伴的日本的行动，恰似以田中奏折（原文为“田中备忘录”）为教科书推行的，因此，也就难以拭去外国对此文书的疑惑”。（61）其实，就“田中奏折”的真伪进行讨论纯属学术问题，但如果“否定田中奏折意在否定田中外交的侵略性，想利用田中奏折伪造说，给田中义一带上免罪符”，才是根本错误的。（62）
    第二，实证研究和如何处理实证研究的结果。
    历史学研究按照认识层次的不同，一般可以分为实证性研究、抽象性（理论性）研究和价值性研究。对具体的历史问题进行实证性研究，本来是历史学研究中十分必要而且属于基础性的工作，是理论和价值判断的根基。所谓“论从史出”的历史学研究的基本原则就是从这一意义上说的，任何一位历史学者都不能违背。轻视实证研究，将其完全被动地置于理论或价值判断的从属地位，就会使研究的结论成为无源之水、无本之木，陷入唯心主义的泥潭。不过，实证研究并不能取代对历史过程的整体性进行理论性分析和价值性判断，后者虽然属于理论和思想史研究的范畴，但对于全面完整的历史研究来说是必不可少的，历史学的科学属性正是体现在这些层面的研究成果上面。实证性研究、抽象性（理论性）研究和价值性研究的关系，从理论上比较容易说明，但在具体问题的处理上则时常令人困惑。
    在中日历史问题研究中经常遇到如何客观地对待历史资料中数字的精确性问题。在这里，我们以围绕南京大屠杀中中国遇难同胞数量问题在学术层面的争议为例展开分析。
    关于南京大屠杀中中国遇难同胞的数量，在战后的东京审判与南京审判中都有涉及，因为迄今为止关于该惨案被害人数的最基础的数量来源，是日本军队战争犯罪的重要证据。
    东京审判的判决书（1946年1月19日）确认：
    后来的估计显示，在日军占领后的最初六个星期内，南京城内和附近地区被屠杀的平民和俘虏的总数超过20万。这一估计并不夸大其词，而是可以通过埋尸团体和其他组织提供的证据加以证实的。（63）
    南京审判的判决书（1947年3月10日）确认：
    （中华民国）二十六年十二月十二日至同月二十一日，亦即在谷寿夫部队驻京之期间内，计于中华门外花神庙、宝塔桥、石观音、下关草鞋峡等处，我被俘军民被日军用机枪集体射杀并焚尸灭迹者，有单耀亭等十九万余人。此外，零星屠杀、其尸体经慈善机构收埋者十五万余具。被害总数达三十万人以上。（64）
    众所周知的事实是：大屠杀事件发生的当时，南京的状况是后代的人们极难想象的空前动荡的战争状态，东京与南京审判所做出的关于受害人数的数量判断，尽管精确度只达万位，但已经是尽力搜集了种种资料与证据、记录的结果，为后代的人们提供了了解南京大屠杀的基本事实。当然，从理论上讲，追求更精确数字的实证性研究是必要的，如果具备相应的实证研究的时间与条件，对上述数字进行实证研究也有必要，深入的学术研究即使在今天也具有一定的意义。但也不能不承认：在上述审判的当时，就已经不可能对发生在十多年前的实况进行复原了，而在这一状况至今仍无大的改变的情况下，质疑白纸黑字写在上述判决书中的受难者的数字不仅没有任何意义，而且会导致历史认识的混乱。
    南京大屠杀问题的本质是日本军队对中国民众进行的惨无人道的伤害，包括对妇女的性暴力、对放下武器的俘虏的集体屠杀、对城市建筑与居民房屋的破坏等。从战后国际关系发展的历史来看，重要的是总结这一历史教训，避免类似事件的发生。
    本来，对南京大屠杀问题的研究，无论从哪一角度进行论证，即使是对数字问题进行实证性研究，都不能回避反省战争责任和总结历史教训的问题。事实上，战后很长一段时间里，真正的历史研究者并没有纠缠于南京大屠杀被害人的具体的数量，精确到万位的判决书并没有影响对侵略战争责任的判断，也没有妨碍日本战后总结教训走上和平道路。问题是从20世纪的80年代开始，日本的右翼与保守势力为了从根本上推翻日本应承担的战争责任，企图首先否认南京大屠杀的存在。由于他们无法从性质上否认南京大屠杀的事实，为了转移人们的注意力，便开始从数量问题上寻找所谓的“缺口”，制造所谓“数字不可靠而屠杀不存在”的荒唐逻辑；企图将性质确认或价值判断层面的是非原则问题转换为数量统计层面的所谓实证研究问题。可见，以强调实证研究的名义对数字提出怀疑，其实是右翼与保守派学者设置的陷阱。（65）但是，也有一些学者并没有识破上述政治陷阱，就数量问题进行了长期的基本上是毫无建设性意义的争论。实证研究固然重要，但把实证研究及其精确度的重要性提到不恰当的位置，只见树木而看不见森林，就会出现片面描写事件的情节而看不到历史趋向的结果，实际是落入了右翼与保守势力设置的陷阱，这是值得警惕的。