研究蒙元史必须利用多种文字史料，汉文、蒙文和波斯文历史文献无疑是最重要的3种。现存汉字音写的蒙文《蒙古秘史》(忙豁仑纽察脱察安Monghol-un ni’ucha tobchiyan。此名当为明初音译者所加，原称应仅为最后一词，即屡见于《元史》的“脱卜赤颜”①)自应列于蒙古文史籍的首位。《秘史》第1至68节记太祖前世系，自传说始祖天命所生的孛儿帖赤那(苍色狼)至太祖之父也速该共22代；第69至268节记述太祖生平功业(占全书71％)；第269至281节概述太宗在位所办5件大事，以其本人口气总结成绩和错误结束。祖先世系及太祖功业可能编成于太宗初，太宗事当是在宪宗初年续编完成②。
    自畏吾字蒙古文创用后，应该就有必阇赤陆续记录祖先传说及太祖、太宗功业，《秘史》(即宪宗二年成书的《脱卜赤颜》)应是依据这些记录整理而成。世祖中统元年(1260)七月，以早年曾征聘到漠北藩府“访问治道”的前金状元王鹗为翰林学士承旨兼修国史。王鹗奏请编撰前朝史，太祖定天下的“庙谟雄断”也应“乘时纪录”以免岁久遗忘。二年七月，遂诏立翰林国史院，任命了承旨以下诸翰林学士、待制、修撰、应奉等官员。至元二十三年十二月，翰林承旨撒里蛮③奏言：“国史院纂修太祖累朝实录，请以畏吾字翻译，俟奏读后纂定”。至元二十五年二月，“司徒撒里蛮进读祖宗《实录》，帝曰：‘太宗事固然，睿宗少有可易者，定宗固日不暇给，宪宗汝独不能忆之耶？犹当询诸知者。’”④其进读者自然是蒙文本。编撰祖宗《实录》依据的资料主要应是《脱卜赤颜》，定宗、宪宗两朝当因涉及皇室内争(贵由即位前后窝阔台家族与拖雷家族的争斗，蒙哥与忽必烈的矛盾)事故未及成书，《实录》无所取材，故世祖有此评语(据《脱卜赤颜》译编的《圣武亲征录》当是出于此时⑤)。于是按照世祖旨意修订增补，二十七年六月进《定宗实录》，十一月进《太宗实录》。成宗大德七年十月先后全部完成进呈；八年二月，撒里蛮“进金书《世祖实录》节文一册，汉字实录八十册”(均见本纪)，此“金书节文”与“汉字实录”对举，应是蒙文本。据此看来，元朝《实录》应有蒙汉两种文字的本子，前者当是由蒙古必阇赤所编，当即称《脱卜赤颜》，内容与汉字实录不尽同。其后历帝朝廷必阇赤仍继续编写《脱卜赤颜》⑥。
    元成宗时，伊利汗国宰相拉施都丁奉合赞汗之命主持编撰《蒙古史》，在他本人编的《蒙古史》篇序言中说，有关蒙古历史，“逐代均曾用蒙语、蒙文加以记录，以零散篇章形式保藏于汗廷金库中，被秘藏起来，不让外人甚至优秀人士阅读”⑦，由于合赞汗英明，命他搜集整理蒙古起源及世系记载，允许利用上述藏于汗廷金库里由大臣保管的Altan Debter(金册)--他多次提到认为是最可信的史料，想必就是上述蒙文本《脱卜赤颜》，由大汗颁发给宗藩。文宗时，奎章阁侍书学士虞集奉旨主持修撰《经世大典》，奏请以国书(蒙古文)《脱卜赤颜》增修太祖以来事迹，翰林承旨塔失海牙说：“《脱卜赤颜》非可令外人传者”，遂作罢。但据《经世大典叙录》，曾“用国史之例别置蒙古局”以“尊国事”，其“帝系”等篇应当利用了《脱卜赤颜》数据。明军占领大都后，将所缴获蒙元朝《十三朝实录》、蒙古文《脱卜赤颜》以及其他文档搬运到南京，《元史》本纪就是据《实录》编成，还为了教习蒙古语而选用最早编成(宪宗初)、最详细生动的一部《脱卜赤颜》，用汉字音写并附上简略的汉译。而《十三朝实录》和蒙文《脱卜赤颜》(除《秘史》外)都没有保存下来，我们能利用的蒙文原始史料，就只有汉字音写的《秘史》以及现存碑刻及少量文书。此外，成书于17世纪的两部《黄金史》(Altan Tobchi)、萨冈彻辰所编《蒙古源流》、稍晚的《阿萨喇克齐史》等，都可以作为参照数据⑧。
    蒙元史的汉文史料最丰富，但由于《经世大典》大部分佚失，有关蒙古祖先世系就只有《元史》的“宗室世系表”。此表序言称：“元之宗系，藏之金匮石室者甚秘，外廷莫能知也。其在史官，固特其概。”表末提到的《十祖世系录》当即此发到国史院“固特其概”的“节本”。表所载先世起自脱奔咩哩犍(《秘史》所记第十二代朵奔篾儿干，成吉思汗十一世祖，《元史·太祖本纪》同)，《十祖世系录》则以其子孛端叉儿为“始祖”，这是因为元朝皇室特尊其“黄金家族”(Altan uruq)孛儿只斤氏之故。幸《秘史》的汉字音译及分节汉文总译存于世，汉文文献中才有成吉思汗以前二十二代祖先的名号及传说事迹。但在蒙古文创用之前，蒙古人对祖先的记忆只是靠世代口口相传，正如拉施都丁所说，由于没有可供了解蒙古往昔可靠信息的史书，直到朵奔伯颜及其妻阿兰果火时仍是如此，是以朵奔伯颜夫妇的确切年代不详，仅据汗廷金匮史册及故老口述推算，从他们以来约历400年⑨。《史集》记载，蒙古人从七世祖起每代才有专门的称谓(laqab)，可见七世以前的祖先名号事迹不可能准确可信⑩，各种史籍之间人物、代次的差异即可说明。但单从孛儿只斤氏来看，大体可以将阿兰果火“感天光”所生三子特别是幼子孛端叉儿一支视为比较可信的蒙古先世世系(11)。
    波斯文《史集》记载蒙古祖先世系所利用的伊利汗廷金匮秘藏、由亲信大直妥善保管的“金册”，应是蒙古文《脱卜赤颜》，其所载祖先起自掌儿帖赤那，与《秘史》同。但该书前篇所讲故事(约2000年前称为蒙古的部落被其他部落打败并遭屠杀，仅剩两男两女逃到一处四周群山密林的额尔古讷昆之地，后来繁衍生息，群山中地方显得狭窄，遂迁到更辽阔的草原，孛儿帖赤那是那两个氏族后裔一支的首领)不见于《秘史》，韩儒林先生早已指出系杂揉他族祖先传说而成(12)。《史集》所载孛儿帖赤那后裔的世系、名字也与《秘史》有异：没有《秘史》之第六代撒里合察兀，第十代孛儿只吉歹蔑儿干及其子第十一代脱罗豁勒真伯颜；孛端察儿后裔中，土敦篾年子为海都，缺《秘史》所载海都之父第十六代合赤曲鲁克(《元史》表作既拏笃儿罕)，不同于蒙汉史籍的记载。何以有这样的差别？这是值得考究的问题。
    有关蒙古世系的资料除汉文、蒙古文和波斯文史籍之外，还有藏文史籍可供对照参证。元朝后期的乌思藏宣慰司下属搽里八(Tshal-pa，今拉萨附近)万户长、司徒公哥朵儿只(Kun-dga’rdo-rje庆喜金刚，1309-1364)自至正六年(1346年，时尚在万户长任上)至二十三年(1364)，历时18年著成《红史》(Deb-ther dmar-po[蒙藏合璧名]/又称Hu-lan deb-ther[蒙语名])这部以新体裁和丰富史料垂范后世的史学名著。其《蒙古王统[元王统]简述》(Hor-gyirgyal-rabs[Yon rgyal-rabs] mdur-bsdus)篇列出了从孛儿帖赤那至元世祖忽必烈末年的蒙元皇室世系，以及忽必烈的后妃、诸子，窝阔台之子阔端子只必帖木儿、合失子海都。此后插了一段重要说明：“以上是从《脱卜赤颜》一书中摘要抄录而来”(’dirnams dpe-ka thob-chen nas gal-che-rigs bshus-pa nas)(13)。接着历述真金诸子和元成宗、武宗、仁宗、英宗、泰定帝、天顺帝、明宗、文宗、宁宗、顺帝在位年代，到元顺帝弃大都退回蒙古地方为止，并补叙了燕铁木儿专权事(后一部分显系后人据他书及在京藏人见闻增补)。文中所说的《dpe-ka thob-chen》(dpeka小书)或即蒙文《脱卜赤颜》节本(类似上述成宗时撒里蛮奏进《实录》的“金书节文”)。元文宗时虞集奉旨主编《经世大典》，奏请“以国书《脱卜赤颜》增修太祖以来事迹”，被翰林承旨塔失海牙以“《脱卜赤颜》非可令外人传者”为理由驳回。《红史》作者只是乌思藏一万户长，不大可能获赐《脱卜赤颜》，推测他可能是晋京期间(1324年)在帝师驻所或掌管帝师钱粮的“囊八总管府”(内务府)，也可能是从掌管此秘籍的蒙古大员处看到了此书(当是节本)，出于早有著史志向，随即摘要抄录下来。(14)