6月30日，俄国和英国方面都表示，希望两国同时撤兵，当天，朝鲜国王李熙发布《罪己诏》：“当前朝鲜国内混乱的原因，完全是由于自身的不德和官吏渎职所造成的……”尽管如此，大鸟公使还是依照日本政府的既定方针，提出了朝鲜行政、司法、财政、兵制、教育改革纲领，要求朝鲜方面在规定期限内拿出改革具体意见。在此期间，日本保持了政治强硬立场。在他们的高压之下，朝鲜政府被迫任命三位重臣加入改革委员会，与日本共同商谈改革事宜。

7月2日，正在召开内阁会议的日本外相陆奥宗光，接到杉村从朝鲜发来的消息，进一步确认清朝出兵的事实。陆奥宗光后来在回忆录《蹇蹇录》里写道：“如果默视不顾，就将使中日两国在朝鲜已经不平衡的权力更为悬殊，我国今后对朝鲜的问题就只有听凭中国为所欲为了。”陆奥于是将杉村的信息告诉了阁员们，同时提出：“如果中国确有向朝鲜派遣军队的事实，不问其用任何名义，我国也必须向朝鲜派遣相当的军队，以备不测，并维持中日两国在朝鲜的均势。”会议后，伊藤博文进了皇宫，向日本天皇报告了会议内容。

7月5日，袁世凯再度致电北洋，详细报告朝鲜局势，“日兵万人分守汉城，四路各要害及我军由陆地前来(汉城)之路均置炮埋雷，每日由水路运弹丸、雷械甚多……似将有大兵续至”。再次向李鸿章请求撤使回国。但是清廷仍不放弃通过列强调停的幻想。7月7日，仍以圣旨形式拒绝了袁世凯的要求。

期待东亚国际关系安定的英国，一直对清日采取等距离外交的政策，期待维护东亚现状的稳定。英国方面给日本带回来的消息是：“清国政府希望日本政府提出新的改革提案，如果到7月20日为止仍不做出决定的话，清国将派遣12万清兵部队登陆仁川。”而日本仍然坚持先改革朝鲜内政，再谈撤兵。英国的调停宣告失败。

7月12日，日本外相陆奥宗光给大鸟下命令：“英国在北京之调停已告失败，目前有采取断然处置之必要，只要在不招致外间过分非难的范围内，不妨利用任何借口，立即开始实际行动。”同一天，日本对外发出强硬通告：“清国拒绝日本的共同改革提案，无视英国政府周旋两国合意的好意，仍然坚持日本先撤军的立场。如此盛气凌人不听相劝，将来由此引起的任何事态，清国必须承担全部责任。”由此，日本正式下定向朝鲜派兵的决心。

7月14日，日本向清政府发出了“第二次绝交书”，拒不撤兵，并反诬中国“有意滋事”，扬言“将来如果发生意外事件，日本政府不负其责”。清朝方面，总理衙门向李鸿章转达了光绪帝的上谕，措辞也十分强硬：“若再顾虑不前……延误事机，定唯该大臣是问。”至此，已无谈判挽回可能。7月17日，日本御前会议决定对清国开战，并要求朝鲜废除与清朝的一切条约，促使清朝从朝鲜撤军，并限22日答复，逾期不复，日本即采取断然措施。

此时，袁世凯知道大局不可挽回。也许是意识到自己在朝鲜12年，对其恨之入骨者也甚多，坐困危城的袁世凯开始焦虑不安，接连几天致电北洋，陈述困境，要求回国，但李鸿章对此都不置可否。几天后，唐绍仪也发电李鸿章，称袁世凯生了重病。李鸿章也许动了恻隐之心，终于调袁回国。袁世凯接到电报，如逢大赦，打点行装于7月18日乘船逃离汉城。经手各事交唐绍仪代办。等到袁世凯离开汉城，使馆人员也人心惶惶。

7月20日，日本编成了以伊东祐亨为司令的联合舰队，战争的技术准备已经完成;同日，日本驻朝大使大鸟圭介向朝鲜发出最后通牒，要其“废华约、逐华兵”，限3日内答复。在日本的强压之下，朝鲜国王和政府别无选择，只得回复日方：朝鲜同意放弃清国属国论;与此同时，朝鲜被迫向清国驻朝鲜临时代办唐绍仪提出了清朝撤军要求。对这种情势，英国某报纸当日发表评论：“现日本代表者抓住朝鲜国王，强求内政改革，国王的性命掌握在日本人手中，事态状况，处在不得不遵照日本命令的悲剧中。”

此后几天，日本不断得到消息：清国派数艘运兵船向朝鲜运送作战兵力。日本认定清国政府无视日本的最后通牒，战争已不可避免。伊藤博文就朝鲜问题发表演说时称，清廷出兵朝鲜，“其实是要毁灭朝鲜的独立，使其完全成为属国，其间证据历历在目”。“帮助朝鲜独立自主”，这个冠冕堂皇一番说辞，当时很具迷惑性。所以，当时的国际舆论对清朝也不利。

7月23日凌晨，大鸟命令部署在王宫附近的混成旅团向王宫发起攻击，沿途发炮，直抵王宫，予以包围。朝鲜王宫卫队奋力抵抗日军的进攻，但很快便被从各城门进攻的日军打垮。凌晨6点左右，日军占领了朝鲜王宫。

在此之前，大鸟派人说动大院君李昰应，用他作为政变的傀儡，并利用开化党人为之呼应。所以日本军队进占朝鲜王宫后，将王室成员带到日本使馆，高宗李熙被囚禁，大院君李昰应则出任朝鲜国王摄政，组织政府。于是，在日军护卫下，大院君进入景福宫。一贯奉行锁国逐倭政策的大院君，摇身变成了日本的代言人。

7月25日，被日本控制的大院君宣布废除同清朝的条约，称“朝鲜为自主之国，不再朝贡”，并“委托”日本驱逐驻扎在牙山的清朝驻军，“自此朝鲜政令，事无巨细，皆入日人掌握”。

袁世凯回国后，向李鸿章汇报了朝鲜的紧迫情形。李鸿章意识到形势紧迫，而且军事布置很不利，于是紧急调度——可是天津电报局的电报生受日本间谍收买，将发兵日期泄露。7月23日，爱仁、飞鲸先后运兵抵牙山登陆。25日早上，日本多艘军舰集于牙山口外，拦劫中国兵船。7点50分，日本联合舰队在丰岛海域和清国舰队遭遇，发生战斗。日本驻留朝鲜的混成旅团也开始向牙山进攻。

7月27日，被囚禁于日本使馆的朝鲜国王高宗李熙，压力之下，宣布朝鲜对清作战，要求日本将清朝军队驱逐出去。7月28日夜，日本陆军进攻牙山清军，发生激战，清军不支，退向平壤。8月1日，清、日双方同时宣战，甲午战争正式爆发。

从某种意义上讲，甲午之战的最大赢家是清朝与日本原本共同所惧怕的俄国。本来日本想通过联中护朝来抗俄，后又想通过战争独占朝鲜，结果却让俄国乘虚而入。甲午战争更刺激了俄国对东亚的侵入。俄国取代中国开始在朝鲜问题上与日本正面交锋，它凭借其一等强国的地位迫使朝鲜接受了一项秘密协定，即除了俄国对朝鲜国王实行保护，为朝鲜提供军事、财政援助以外，还约定在朝鲜发生重大国内骚乱和外国侵犯朝鲜独立时，俄国向朝鲜提供军事及其他援助。清朝退出朝鲜之后，俄国的势力在朝鲜朝野迅速渗透，由此又造成俄、日之间新的矛盾。

1895年，《马关条约》签订之后，正式宣告中国放弃对朝鲜的宗主权，清朝势力退出朝鲜以后，闵妃失去靠山。当她看到俄国联合德国、法国压迫日本退还辽东给中国以后，认定俄国是阻止日本进一步侵略朝鲜的强大力量，便谋求接近俄国。1895年10月8日，日本浪人冲进王宫，刀刃闵妃，然后焚尸灭迹。闵妃死后，高宗成为日本人手中玩偶，朝鲜独立和主权一步步被日本侵夺。

1897年1月，高宗改朝鲜国号为“大韩帝国”，同时追谥闵妃为“明成皇后”。大韩帝国宫廷内部分裂出“亲日”和“亲俄”两个派别。日本人虽然建立了以大院君为首的政权，但对于大院君并不放心。认为“大院君75年来只知有中国，不知有其他，自顶至踵完全为‘顽固’二字所充满的老翁”，表面上“巧言令色向我们求媚”，暗中却“托在平壤之华将转达其心意于清廷”。大院君也不是一个受制于人的人，他虽被日本人推上台，但对日本也是阳奉阴违。后来日本新任驻朝公使井上馨得到大院君写给清军将领的一封信，以此作为他内通中国的证据把他赶下台。此后大院君永远离开了朝鲜的政治舞台。闵妃死后3年，1898年2月，她的政治对手大院君也在抑郁中死去，终年79岁。1907年，日本逼高宗退位。1910年，日本吞并朝鲜，朝鲜亡国。

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