会议按毛泽东定下的基调，从7月3日开始，分6个大区分组讨论。主要是围绕形势和任务，大家畅所欲言，各抒己见，有的还对“大跃进”以来的问题提出了尖锐的批评，但气氛很好。白天学习讨论，晚上听戏、跳舞或看电影。正如薄一波说的“会议开得轻松愉快，人们称之为‘神仙会’”。
     作为总理，周恩来抓住这个千载难逢的好机会，把侧重点放在了纠“左”务实上。但是在一些“度”的问题上，又很难把握，所以他感到左右为难。怎么办呢？
     他首先巧妙地“借鸡下蛋”。会议第二天，他受留守在北京主持工作的国务院副总理兼国家经委主任薄一波之托，给毛泽东写了一封信，建议将国家经委党组提交的《关于当前工业生产中急待解决的几个问题向中央的报告》分送与会各同志参考。这份报告强调：“大跃进以来所出现的国民经济各部门之间以及工业内部比例关系的某些失调现象也是严重的，低估这方面也是危险的。”为此报告提出了一系列调整、巩固的措施。
     同一天，周恩来还建议毛泽东，将6月5日浙江省一生产队长写给毛泽东的一封信印发给了政治局到会人员。信中反映的是农村存在的不实事求是、不因地制宜、不讲真话、搞浮夸、瞎指挥等恶劣作风，呼吁“中央该管一管了，大跃进该刹一刹了”。这封信为庐山反“左”开了个好头。
     其次，他不在理论上评论“大跃进”的是非，而是用事实和数字说话。所以他的方法既策略又谨慎。7月6日，他在听取了华东、西南、华南、中南、华北等协作区主任柯庆施、李井泉、陶铸、王任重、林铁等人的汇报后说：“主要是计划指标偏高，基建规模偏大，造成国民经济比例失调。今年下半年的任务是在指标落实后好好安排，争取完成计划。”7月16日他出席各协作区主任会议时说：“在跃进的基础上，寻找新的平衡，不会右倾，不是机会主义。跃进速度不可能每年都一样高，但五年平均起来是很高的。钢的生产，第一个五年计划期间年平均增长31%，第二个五年计划期间年平均增长35%，问题是一个一个发现的。”
     他说：“因为摸问题，就发现了一些问题。”一个突出问题是1959年上半年出现了财政赤字，这是他在毛泽东处谈话时才了解到，是李先念汇报的。于是他连续3天召开财政问题座谈会，仔细算账，研究情况和措施。刘少奇说：“略有赤字，一年不要紧，如果今年继续有赤字，而且数目还大，那就不应该了。”周恩来说：“我们现在看出这个问题，就应该抓住解决，如果现在还不解决，那就是我们的责任了。”