中国工程院作出“效益显着”、“利多弊少”的结论时，国务院三峡建委还在规划三峡工程后续工作，规划大纲指出，“随着三峡工程建成运行，一些新情况、新问题逐步暴露，亟待解决。”
     “公案”一则
     全国人大通过关于兴建长江三峡工程决议十年后，2002年5月16日，三峡总公司请来三峡工程最大的“反对派”——中组部原副部长李锐到建设现场考察，当时一团和气，事后却引起一段“公案”。
     三峡总公司主办的《中国三峡工程报》和香港《文汇报》其后刊出报道称，李锐对三峡工程不无赞许，“能搞成这样很不容易，修好了将是一个天大的好事。”

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     看到报道，时任全国人大常委会委员长的李鹏，同年6月21日写下日记，认为李锐“对三峡工程的认识有了一些变化”。(引自《众志绘宏图——李鹏三峡日记》，下称《日记》)
     “毫无变化。”93岁的李锐对此予以否认，他是在2009年11月23日接受《了望》新闻周刊采访时作出这番表示的。
     但他也证实，曾对枢纽工程质量表示满意，“从技术上看，能修这样一个大工程，了不起。”
     三峡工程论证领导小组副组长兼技术总负责人、83岁的两院院士潘家铮，向本刊记者回忆起李锐的那次考察，他记得李锐当时是这样说的:“我对三峡工程的态度是明确的，也难改变了。但看了工地的建设后还是很高兴、放心的，希望尽量建好。”
     李锐和潘家铮曾是水电系统的上下级同事，后来成为三峡论战的重量级“对手”。
     “他是数十年如一日的反三峡派的骨干和统帅，”潘家铮在《我所知道的李锐》一文中这样写道，“没有他，三峡之争绝难如此‘波澜壮阔’。”
     争论归争论，交情归交情。1992年全国人大通过三峡工程决议后，潘数次登门拜访李。李欣赏潘的技术乃至文学才华，潘亦敬重李的忧国忧民，敢于直言，称李对三峡“居功至伟”。
     “李锐在五十年代反三峡(工程)立了大功，那个时代没有能力、没有需要搞三峡(工程)，草率上马，后果严重。”潘家铮对《了望》新闻周刊说，“他八十年代仍然反对，这对三峡论证也大有好处，质疑有利于工作的改进。”
     不符合“跃进精神”的决议
     “你知不知道南宁会议?林一山那个时候红得很啊。”93岁的李锐向本刊记者忆起半个世纪前的南宁会议，口气很是自得，在那次会议上，他把三峡工程拉下马了。
     1958年1月17日，时任电力部部长助理兼水电总局局长的李锐突然接到中办通知，要他第二天乘专机去南宁，讨论“三门峡”(电报多了一个“门”字)问题。
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