但李宗黄等人对联大师生的“桀骜不驯”十分不满。因此一方面希望联大国民党党部操纵会议的进行，另一方面动用军警围住了联大校园，隔断了交通。集会在联大图书馆前的草坪上举行，有数千人参加，闻一多、吴晗等人指导了会议。在钱端升、伍启元和费孝通讲演完毕之后，会议又通过了各校联合发表的反内战宣言，但此时校园周围已经响起了枪声，三青团干部查宗藩也冒充百姓，在会上发言，引起争执。讲演的教授再度与会议主席商量，要他们在潘大逵讲演之后，立即散会，学生同意了。由于交通已被切断，师生只能绕路回城。第二天，中央社居然报道说，昆明西郊响枪是因为有匪警，由此激起学生更大的愤怒，于是罢课开始。（注：此处叙述，主要据《一二·一运动史料选编》所载当时人的回忆，见该书第4-50页；Israel, Lianda, pp.369-372；廖风德：《学潮与战后中国政治》，第76-81页。不过廖风德说，会议开始时，陈雪屏、查良钊等国民党籍教授想加以控制，但没有成功。此事看来不确，因为姚从吾在事后曾向陈雪屏、郑天挺报告会议及其罢课的情况，可见至少陈雪屏并不在场。姚信收入《一二·一运动》，第411-415页。）
    从李宗黄的观点来看，他已经禁止联大集会，因此派军警骚扰，似乎理由充足。但对联大师生来说，军警粗暴干预校园学术活动、限制言论自由的做法，破坏了联大一向引以自豪的传统，简直忍无可忍。即使国民党籍的教授伍启元、姚从吾，也认为引起学生罢课的主要责任，应在军警的轻举妄动。伍启元向朱家骅汇报道：“元讲后，即先退席。其后因军警之干涉，学生情绪略有不安，遂予反对政府党派之份子予以鼓动之机会，于是在二十六日联大学生开始罢课，并将学潮波及各大中学。”姚从吾的汇报要详细得多：
    就常态言，此等集会，也不过骂骂接收人员，藉以讥笑中央腐化，把预备好的抗议书，送给外国人而已。不意驻军因责任感重，近日又阅报，知共军阻挠国军，开入东北，义愤难抑，出而干涉。廿五日警备司令部曾召开会议，（在警备司令部）通知云大，禁止开会。因是该座谈会，即改移在联大图书馆前广场中举行。夜寒道远，参加人少，置之不理，则不久即散。又不意，驻军谓有匪警，黑夜在联大四周，鸣枪示威，幸未伤人，会亦惊散。联大及各校学生，事后思之，不胜愤恨。三五聚谈。次晨（廿六日）即未能安心上课。捣乱分子见众怒之可资利用也，乃临时粘贴罢课纸条，而罢课之事，竟弄假成真矣。（注：《伍启元给朱家骅的信》，1945年11月30日；《姚从吾给朱家骅的信》，1945年11月28日，均见朱家骅档案，宗号148，册号2。）
    他们两人的描述，一简一详，口气也有不同，但都说军警动作在先，过度反应，引起了学生的罢课。他们的口径，与联大领导（只有叶企荪在）隔日给朱家骅（时已任教育部长）的急电相似。该电说开会“秩序良好”，但“开会之时竟有军警在本校四周施放枪炮，断绝交通，学生愤慨，于今日罢课”。（注：《一二·一运动》，第373页。）
    由此可见，教授对军警的行为表示愤慨，而并不追究他们的同事和学生对抗禁令召开集会的行为。29日，他们发表了“国立西南联合大学全体教授为十一月二十五日地方军政当局侵害集会自由事件抗议书”，显示了他们与政府（自然主要是地方政府）对立的立场。这一抗议书很具意义。它显示，教授已经开始与学生走到了一起，并且他们还达成了内部的团结，采取了相同的立场。即使是姚从吾，也认为军警对此次集会，如此大惊小怪、小题大做是不应该的。教授们这一大致相同的立场，反映在他们的抗议书中：“近代民主国家，无不以人民之自由为重，而集会言论之自由，尤为重要……而地方军政当局，竟有此不法之举，不特妨害人民正当之自由，侵犯学府之尊严，抑且引起社会莫大之不安”。（注：《一二·一运动史料选编》上册，第69页。）换言之，无论其政治立场是左或右，大多数教授都认为“集会自由”是大学师生的基本权利，而政府横加干涉，是“侵犯学府之尊严”。
    因此，无论他们的政治立场如何，教授都同情学生罢课的主张。像姚从吾也认为对于罢课，“不但不能挽救，且只有随声拥护”。他和三青团负责人、物理系教授郑华炽的希望是，尽快结束罢课。（注：《姚从吾给陈雪屏、郑毅生的信》，《一二·一运动》，第411页。）但值得注意的是，这一做法虽然“保守”，却也代表了大多数教授的立场。从保护学生的想法出发，教授希望学生在罢课几天以后，就可以回到教室复课了。就在教授发表“抗议书”的29日，周炳琳和叶企荪等联大领导劝导学生复课时，闻一多还自告奋勇，起来发言，要求学生不要感情用事，而应该结束罢课，另寻抗议的手段。据回忆，吴晗也认为应该复课，为此还与学生罢委会发生争执。可见，激进教授如吴晗、闻一多，也都支持学生复课。吴晗和闻一多此时都已与中共地下党员有所接触。他们提倡复课，一度还以为这也是中共的想法。这表明，由于军警骚扰晚会事件发生突然，中共地下组织对是否长期罢课，也没有统一的意见。学生罢委会中的程法伋，尚不是中共党员，而地下党员王汉斌，则不在罢委会。所以中共地下党一开始便组织、领导该运动的说法似乎很难成立。中共地下党员郑伯克回忆道，那个“反内战时事讲演会”，由他们鼓动学生自治会组织，但在11月25日晚会开始之前，并没有罢课的打算。（注：参见《一二·一运动史料选编》上册，第35页；下册，第256、272-273、285等页。有关闻一多反对罢课的态度，又见闻黎明：《闻一多传》，第335页。）因此上引姚从吾对罢课的描述，具有很大的可信度。
    虽然罢委会中的一些人，采取了比较激进的、反政府的立场，但他们受到他人的批评而不得不有所改变。譬如，罢课开始时，罢委会提出的要求有：（1）反对内战；（2）美国撤军；（3）组织联合政府；（4）惩办包围联大校园的官员；（5）保证集会自由。但三青团反击，主张如果要求美国撤军，那么苏联也必须从东北撤军。美国在抗战中对中国援助甚多，现在抗战刚刚胜利，马上提出反美，有不妥之处。这一反击得到大多数同学的支持，使得罢委会因此修改原来的要求，如改提“反对外国干涉中国内政”等。签名表示持中立派或“无党无派”立场的同学，在600-900人之间，为数不少。（注：参见《“一二·一运动”与“民青”》，《一二·一运动史料选编》上册，第31-34页。另见《姚从吾给朱家骅的信》，1945年11月28日，朱家骅档案，宗号148，册号2。“民青”的回忆说持中间立场的人为六七百人，而姚说有九百人。）