四、肯定南明为明史，使明史首尾完备
    崇祯十七年（一六四四年）三月，李自成农民军进入北京，胜利地推翻了明王朝的反动腐朽统治政权。紧接着，明朝大军阀、出卖民族利益的大汉奸吴三桂出于大地主大官僚阶级的利益，勾结清兵入关，不到四十天功夫，清贵族统治者就入据北京，建立全国性的封建地主统治政权，全国各地展开了英勇的反抗，并发展成为历时四十多年没有停熄的伟大的抗清斗争。
    在各族人民奋勇抗清时，明地主阶级为了重建统治政权，以便镇压农民起义军，于一六四四年五月，支持福王在南京建立了政权，其后又相继于绍兴建立了鲁王政权，闽中建立了隆武政权，西南建立了桂王政权。这些以明皇室亲王为首所建立的政权，虽然是明腐朽政权的延续，但在地主阶级抗战派特别是人民的强烈支持下，都在不同程度上进行了抗清斗争。当时民族矛盾和阶级斗争交织在一起，情况十分复杂，这一时期的历史很重要，应当加以研究和编撰。可是，清贵族统治集团害怕因此激起汉族抗清的感情，对清统治者不利，遂利用政治高压手段，不准研究这一阶段的历史，不准将它的史实编入《明史》内，致使《明史》中南明部分的主要史实付之缺如。
    夏燮站在汉族地主阶级的“爱国”立场上，对南明时期的抗清斗争是同情和支持的。尤其是在鸦片战争后，清贵族统治政权腐朽无能，屈服于外国资本主义国家侵略势力，他的这种感情更强烈，促使他在编撰《明通鉴》时，将南明的历史纳入明史的体系内。但清廷的皇皇诏令，以及残酷的文字狱的余威犹在，身为中小官吏的夏燮，对此是不寒而慄的。他既要把南明史列入《明通鉴》中，以表达他的反清之志，但又害怕遭受清廷的迫害，于是煞费苦心，致力于找出清乾隆帝的诏令作护身符，是在所谓“谨遵”“圣谕”的原则下进行编撰的；一方面又凭藉史著体例的不同作理由，将南明史作为附编而列入《明通鉴》中。他说由于是书是明史的专门著作，所以在崇祯十七年五月以后，始纪清顺治元年，而对南明福王、鲁王、唐王、桂王等政权概不书伪，以保持史实的真实记载。
    《明通鉴》《附篇》中，依照时间的先后，依次记载了福王政权、鲁王政权、唐王政权、桂王政权等建立的经过，以及统治集团内部矛盾斗争的事实；农民军坚持抵抗清军入侵的史实；以及扬州、江阴、嘉定人民的抗清斗争和郑成功的抗清斗争的史实。在叙述南明的历史时，虽然还嫌简略，赶不上其后的徐鼒所著《小腆纪年》、《小腆纪传》所载的详细，但徐书是以纲目体的春秋笔法为主，是站在拥满的立场上，是为对付太平天国农民起义而写的。夏燮的立场和徐鼒不同，他是反对纲目体的春秋笔法，是不满于清廷封建君主专制统治而写的。《明通鉴》记事扼要，对明史（包括南明史在内）的全貌作了叙述。更为重要的是夏燮对南明的历史不仅系统地搜集了有关资料，进行了研究和编撰，而且将它纳入明史的范畴和体系内，使明史首尾完备，成为一部完整的著作，这在明史的研究和编撰上具有新意，是开创者。其后南明史进一步受到学术界的重视，并成为政治思想战线上反清斗争的一个侧面。资产阶级民主革命时期，南社的学者和章太炎、孟森、朱希祖等人都进行了研究，写了不少文章揭露清贵族的残暴，对当时的反清斗争起有重要的影响。
    夏燮在记载南明各政权时，既叙述了地主阶级勉强建立政权的经过，又记载了腐朽的官僚集团如何操纵政治，导致了各个政权的被清一一灭亡的经过。如南京福王政权，在史可法、高弘图、姜曰广为代表的抗清派的支持下，冲破重重困难，使福王政权得以免强建立起来，但仍被腐朽透顶的马士英、阮大鋮之流所操纵，倒行逆施，只知内部争权夺利，置国家民族安危于不顾。如清统治者南侵，并已攻“下邳、宿，可法飞章报闻，马士英大笑不止。坐客前谕德杨士聪方自北来，问故，答曰：‘君以为诚有是事邪？此史公妙用也。岁将暮，防河将吏应叙功，耗费军资应稽算，此特为叙功算地耳！’识者以是知南都之将亡也。”（《附篇》卷一）
    作为南京弘光政权首脑的福王本人，生活异常腐朽，当其统治政权危如压卵之际，他还在征逐歌舞，醉生梦死，说什么“梨园殊少佳者”，“时宫中楹句有‘万事不如杯在手，一年几见月当头’，旁注‘东阁大学士王铎奉敕书’。”具体史实表明南明各政权是明腐朽政权的继续，是不可能担当起领导抗清斗争的重任的。夏燮以大量的篇幅记载南明各政权内部官僚集团，尔虞我诈，互相矛盾斗争的种种事实，以及军阀间争夺地盘，互相兼并攻击，结果在清兵的进击下一一败亡，终于导致了南明政权的覆亡。