孙祚民关于农民战争史的系统看法结集在《中国农民战争问题探索》一书中。在该书中，作者不但指出农民只能建立封建性政权，是个皇权主义者，而且认为历史上的农民军并不象今天的人民解放军那样，绝对“纪律严明”，“秋毫无犯，”确确实实有“纪律败坏”的情形。作者还明确指出，对历史上的农民军“不能抹煞事实，按照主观愿望，任意进行夸张和藻饰。”（25）
    今天值得我们注意的，不是孙祚民的论点如何尖锐和坦率，而是这些论点公诸于世之后，在一个较长的时间内，为什么被容忍，为什么未立即受到批判，象后来蔡美彪和董楚平的文章那样。由于受整个政治经济结构的制约，这时的中国对于究竟是按照小农文明来改造还是按照现代工业文明的要求来改造这个问题还未作出最后的抉择。这就是历史主义学派能被当时所容忍的主要原因。1956年对农业和资本主义工商业社会主义改造的完成，是当代中国历史的一个根本转折。中国社会究竟如何来改造的问题，在犹豫了一段时间之后这时得到迅疾而果断的解决。农民意识与此同时也开始抬头，并在1958年突然恶性发作，“共产风”--平均主义风--以十二级的风力一时间把整个中国刮得天昏地暗。当人们把平均主义当作理想和目标来追求的时候，那么对平均主义的主要载体--农民也就推崇备至了。而这也就意味着，农业社会主义终于支配了我们的现实。对孙祚民关于农民战争一系列论点的指责终于在这种政治氛围中开场了。
    1958年3月17日，《光明日报》发表了章彬的《对〈中国农民战争问题探索〉一书的几点意见》一文，这是全面批评孙祚民的开始。当孙祚民进行反批评后，章彬马上又以“《中国农民战争问题探索》一书的重大错误之一、之二、之三”的副标题连续著文还击。平心而论，章彬的文章这时毕竟还带有稀薄的学术色彩，而后来发表的批判历史主义学派的文章则基本上是站在农民的立场上进行的。比较典型的有《文史哲》1958年第11期之《批判赵俪生在农民战争问题上的谬论之一--对农民和农民起义的歪曲与诬蔑》，《史学月刊》1960年9月号之《中国农民战争的伟大历史作用不容抹杀--批判孙祚民在农民战争问题上的错误观点》，《山东师范学院学报》1960年第1期之《批判孙祚民〈中国农民战争问题探索〉一书有关农民战争性质的严重错误》等等。这些文章在指责历史主义学派的同时，对历史上的农民则“一意藻饰，”“尽一切可能去加以‘美化’，”从而呼应了现实生活中的民粹主义。如果说，农民战争史研究中的历史主义学派是在支持蔡美彪的时候形成的，那末，阶级观点学派则是在批评和“围剿”孙祚民的时候集结起来的。政治上的极“左”观念从此在史学界找到了自己的承担者。
    但随着三年“自然”灾害的到来，现实给农业社会主义以无情讽刺。在这之后，“调整充实巩固提高”的八字方针开始在经济上贯彻，政治上也相对地宽松起来，一些人试图乘势在思想文化领域清算小资产阶级社会主义。孙祚民关于农民战争的一系列文章、蔡美彪自成体系的一套论点、翦伯赞的一些演讲和论述，都是在这时发表的。他们在这时出来反驳强加给他们的所谓“歪曲”、“污蔑”、“贬低”以至“否定”农民战争的指责，不仅仅是要求在学术上“拔乱反正”，更重要的是他们从“大跃进”和“人民公社化”的恶果中领悟到了什么。正如他们中的一位所说：他们所以那样估价农民及其起义，是为了在当前的“政治实践中得出正确的结论。”（26）
    在估价农民的觉悟程度时，沙健孙说：如果历史上的“农民能够把地主当作一个阶级、把封建当着一种制度来反对……那么，无产阶级对农民的领导就不会是绝对必要的了……这种观点才是真正错误的和有害的。”（27）反复强调无产阶级对农民的领导是“绝对必要的，而不是可有可无的，”显然是别有深意的。这种深意就是孙祚民在1960年所说的：“歌颂了农民的自发斗争，在客观上给‘农民可以自发地走向社会主义’的机会主义谬论制造了理论根据。”（28）我们在和农民结成联盟去建设社会主义的时候，必须时刻划清和农民意识的界限，“不要忘记农民是小所有者，也不要忘记农民并不代表新的生产力。”因此，农民必须接受现代工业文明的改造。越是如实地研究历史上的农民，指出他们身上所具有的不可避免的弱点与局限，就越是说明了农民接受无产阶级领导的必要性。这就是历史主义学派要得出的“结论”。一位日本马克思主义史学家在评价孙祚民的农民战争史观点时说：“这个理论的最终目的，是通过阐明封建社会中农民战争的局限性，强调无产阶级和共产党领导的重要性，体现了对现行体制积极拥护的鲜明政治色彩。”（29）相反，美化和拔高历史上的农民，不但不合历史实际，还会造成这样一种后果：农民本来就很先进。这只会鼓励农民的自发性，从而导致农民意识的泛滥。我们已经为此付出了沉重的代价。应该承认，60年代前期的历史主义学派，是一个有着卓越理论贡献的集体，历史永远不会忘记他们，尽管他们一再被排斥、打击、压制和埋没。
    如果说60年代前期的历史主义学派从“大跃进”和“人民公社化”的失败中看到了农民意识的危害的话，那么，70年代末期以来的历史主义学派从“文化大革命”中的农业社会主义的彻底破产中，更进一步清楚地看到了平均主义和农民意识的严重危害，从而形成了他们对农民战争的突破性认识。
    孙叔平在1980年谈到太平天国和义和团的失败时说：“太平天国和义和团失败的教训讲得少了一点，那是不利于教育人民的。”他认为，“对农民的历史作用的科学估计……不仅是一个理论问题，而且是一个实践问题。”因为，“不论是在民主革命时期还是在社会主义革命时期，是用无产阶级思想--马克思主义思想去领导农民呢，还是让农民的自发思想--农业社会主义思想自由泛滥呢？仍然是关系到革命成败的重大问题。”（30）这些就是他否定“农民革命”、“农民政权”、“农民革命领袖”这些提法的现实动机。
    在论及历史上平均主义的功过时，董楚平说：“革命导师经常批判平均主义的反动性，为什么它还会在我国史学界大走红运，被捧为评价农民战争的最高标准？”他认为，“主要的根本的”是现实生活中的“小生产习惯势力在作怪。”他说：“二三十年来，我国的社会主义建设经常受到平均主义的干扰破坏。一九五八年的‘共产风’是一个突出的例子。文化革命期间，林彪、四人帮利用了小资产阶级的平均主义思潮，各个领域平均主义泛滥成灾，把国民经济推向崩溃的边缘。社会上的平均主义思潮，必然要反映到史学领域里来。我们对历史上的平均主义的片面激赏，就是从一九五八年开始的，四害横行期间达到顶点。”（31）
    60年代前期的历史主义学派在批判农民意识时还主要侧重于学理性探讨，看得出来，70年代末期以来的历史主义学派在从事这项工作时则是抱着明确的、自觉的现实目的去进行的，因而这一时期的一些文章比前一时期有更强烈、更鲜明的现实感。