司马迁批评儒者“博而寡要，劳而少功”，“其事难尽从”，但又极力推尊孔子为圣人。其《孔子世家》“太史公赞曰”：“孔子布衣，传十余世，学者宗之。白天子王侯，中国言《六艺》者折中于夫子，可谓至圣矣！”《太史公自序》也说：“幽厉之后，王道缺，礼乐衰，孔子修旧起废，论《诗》《书》，作《春秋》，则学者至今则之。”全国上下，凡谈论六经的，无不以孔子所说为定论；孔子的学说和思想一直为学人所推崇和遵循。他不愧为一个伟大的学者，所以说“可谓至圣”。其它思想家列传也无不充满着此种批判精神与科学态度。
    司马氏这种治学态度，深深地影响了刘向刘歆父子和班彪班固父子。《汉书·艺文志》云：诸子之学，“其言虽殊，辟犹水火，相灭亦相生也。仁之与义，敬之与和，相反而皆相成也。《易》曰：天下同归而殊途，一致而百虑。今异家者各推所长，穷知究虑，以明其指，虽有蔽短，合其要归，亦《六经》之支与流裔。……若能修六艺之术，而观此九家之言，舍短取长，则可以通万方之略矣。”肯定百家之学各有其长，各有其短，各有功用，不可废除。这与司马氏对各流派所持的评判态度是完全一致的。并进而提出了舍短取长及诸子相反相成说。所不同的是，司马氏推崇道家黄老之学，而刘氏、班氏则推尊儒家和经学。
    其二，评述儒家六艺。前文曾引《滑稽列传》说：“孔子曰：六艺于治一也。《礼》以节人，《乐》以发和，《书》以道事，《诗》以达意，《易》以神化，《春秋》以义。”六艺之文虽各有其主旨，但其“于治则一也”。《司马相如列传》也说：“太史公曰：《春秋》推见至隐，《易》本隐之以显，《大雅》言王公大人而德逮黎庶，《小雅》讥小己之得失，其流及上。所以言虽外殊，其合德一也。……”此云“言虽外殊，其合德则一”，全然是《系辞》文“同归而殊途，一致而百虑”的变相。《太史公自序》评述六艺说：“夫《春秋》，上明三王之道，下辨人事之纪，别嫌疑，明是非，定犹豫，善善恶恶，贤贤贱不肖，存亡国，继绝世，补敝起废，王道之大者也。《易》著天地阴阳四时五行，故长于变。《礼》经纪人伦，故长于行。《书》记先王之事，故长于政。《诗》记山川溪谷禽兽草木牝牡雌雄，故长于风。《乐》乐所以立，故长于和。《春秋》辨是非，故长于治人。……故《春秋》者，礼义之大宗也。夫礼禁未然之前，法施已然之后；法之所为用者易见，而礼之所为禁者难知。”这大概就是所谓“虽百家不能易”的道理所在吧。
    其三，总结历代王侯治世之道。《高祖功臣侯者年表》云：“居今之世，志古之道，所以自镜也，未必尽同。帝王者各殊体而异务，要以成功为统纪，岂可绲乎？观其所以得尊宠及所以废辱，亦当世得失之林也，何必旧闻？于是谨其终始，表其文，颇有所不尽本末；著其明，疑者阙之。”帝王之道各殊体而异务，“未必尽同”，但要其旨归，皆“以成功为统纪”。所以，司马迁撰作《史记》，均有所采纳和吸取。
    也正是在《易传》“天下同归而殊途，一致而百虑”思想的指导下，司马迁“网罗天下放失旧闻”，“厥协《六经》异传，整齐百家杂语”（《太史公自序》），“考信于六艺”（《伯夷列传》），从而成就了《史记》的“一家之言”。
    四 易简与时变
    《易传》所提倡的“易简”与“时娈”观念，也是司马迁写作《史记》的重要指导思想。
    《易传》特别推崇“易简”，将平易和简约视为乾、坤的最根本属性和功能。其《系辞传》说：“乾知太始，坤作成物。乾以易知（读作智），坤以简能。易则易知，简则易从。易知则有亲，易从则有功。有亲则可久，有功则可大。可久则贤人之德，可大则贤人之业。”乾意味着事物的开始，坤意味着事物的完成。乾以平易为智，坤以简约为能。所以乾坤容易被人理解和顺从，受人亲近而有功绩，从而成就圣贤的德业。这是以乾坤卦象为纯阴纯阳，简单明了，但它是六十四卦的基本要素，所以说“乾以易知，坤以简能”。《系辞传》又说：“夫乾，天下之至健也，德行恒易以知险；夫坤，天下之至顺也，德行恒简以知阻。能说诸心，能研诸虑，定天下之吉凶，成天下斖斖者。”这是说，乾卦的德行刚健而平易，却告人以险难之事；坤卦的德行柔顺而简约，却告人以阻塞之事。因此，以乾坤两卦为门户的《周易》，能悦人之心，能解人之虑，判断天下之吉凶，使人奋勉不息。这又是从简易的角度，说明乾健坤顺乃卦象与事物的基本法则，此即《系辞》所说：“易简而天下之理得矣。天下之理得，而成位乎其中矣。”阴阳简易之理乃《周易》的最高原则，所谓：“广大配天地，变通配四时，阴阳之义配日月，易简之善配至德。”（《系辞传》）
    《易传》的此种观念，深深地影响着司马迁对《史记》的写作，其《乐书》说：“乐由中出，礼自外作。乐由中出，故静；礼自外作，故文。大乐必易，大礼必简。乐至则无怨，礼至则不争，揖让而治天下者，礼乐之谓也。”此论“大乐必易，大礼必简”，完全取《系辞》文：“易则易知，简则易从。易知则有亲，易从则有功”意，以为大乐必易方能深入人心，大礼必简方能使人尊从，从而起到和谐心灵、规范人世的作用。其《叔孙通传》也对叔孙氏为高祖定礼仪，为简易，大加赞赏，其中说：“汉五年，已并天下，诸侯共尊汉王为皇帝于定陶，叔孙通就其仪号。高帝悉去秦苛仪法，为简易。群臣饮酒争功……高帝患之。叔孙通知上益厌之也，说上曰：‘夫儒者难与进取，可与守成。臣愿征鲁诸生，与臣弟子共起朝仪。’高帝曰：‘得无难乎？’叔孙通曰：‘五帝异乐，三王不同礼，礼者，因时世人情为之节文者也。故夏、殷、周之礼所因损益可知者，谓不相复也。’”于是，招集儒生三十余人，根据时代的需要，制定了简易的仪法。
    《易传》推崇“易简”，更推崇“时”。在《易传》中，论述最多的莫过于“时”，大概有六十余次之多。其中讲到要“察时”，“观乎天文，以察时变；观乎人文，以化成天下”（《彖传·贲卦》）；由观天文，察时变，于是便能“明时”，“君子以治历明时”（《象传·革卦》），制定历法，说明四时的变迁；由对“时”的知解，进而转到人类对“时”的运用，它要求人们必须“与时消息”（《彖传·丰卦》），“与四时合其序”，“后天而奉天时”（《文言传》）；时机未到，要“待时”，“君子藏器于身，待时而动，何不利之有”（《系辞传》）；时机到了，要“与时偕行”，“君子终日乾乾，与时偕行”（《文言传》），终日奋发，努力奋斗，与时间共同前进，“损刚益柔有时，损益盈虚，与时偕行”（《彖传·损卦》），“凡益之道，与时偕行”《益卦》；时机一旦转变，就要“趋时”，“变通者，趋时者也”（《系辞传》），在变动的时代，必须追随时代的发展，“随时”加以变通，否则就有被淘汰的危险；总之，用时要以“不失时”为其最基本准则，“时止则止，时行则行，动静不失其时，其道光明”（《彖传·艮卦》）。
    司马迁《史记》也深受《易传》“时”论的影响。《史记》多言“时变”，将“时变”作为一个重要范畴来使用。此范畴即来源于“观乎天文，以察时变”及“变通者，趋时者也”。司马迁论述天官的职责说：“终始古今，深观时变，察其精粗，则天官备矣。”（《史记·天官书》）“深观时变，察其精粗”乃“观乎天文，以察时变”的变文与引深。观测天文，察其精微，考其古今变化，是天官的根本职能。司马氏以此作为其著《天官书》的重要指导思想。