仅仅指出“为群体的政治”是司马迁修《史记》的思想基础，还不足以说明司马迁实际是不自觉地投入了改造儒学的工作。因为这“为群体的政治”与“为政治的人生”的实践，毕竟是由司马迁个人完成的，因此，还必须说明司马迁个人的行为，不但不与儒家的行为准则相悖，而且是一种儒家所提倡的精神。孔子为维护氏族伦理情感，强调了以“仁”求“礼”的途径，这本来是礼崩乐坏之际无法用外在权威维护旧体制而改从意识形态方面想办法的权宜之计，却由此产生了意想不到的效果。因为复兴周礼已经从诉诸武力变成了诉诸思想，于是思想的物质化力量即思想家——懂得“仁”的士地位开始提高。这种士人孔子称之为“君子”，但它无法判断谁是得仁君子，谁是弃仁小人。结果，表述“仁”的各种言论成了《论语》的主要内容，对“仁”的理解和实践成了对个体人格的塑造。孔子说：“为仁由己，而由人乎哉？”⑧显然是重视个人的修养。他又说：“夫仁者，己欲立而立人，己欲达而达人。”⑨显然又是强调个人的实践。“仁”是群体赋予个体的光荣使命，所谓“士不可以不弘毅，任重而道远。仁以为己任，不亦重乎！死而后已，不亦远乎！”⑩“仁”又是个体人格完善的追求目标，所谓“志士仁人，无求生以害仁，有杀身以成仁”（11）这样一来，群体的希望，原需要伟大的个体来保证；民族的生存，国家的兴亡，社会的进步，原需要仁人志士勇敢的献身。司马迁在《孔子世家》中对孔子表示如此深切的向往与崇敬，用大量篇幅描写孔子处处碰壁的窘态，原来是在赞颂孔子那以身作则的实践，那充满社会责任感的伟大人格的自觉追求。我们高度评价司马迁在《史记》中所表达的“人的发现”，以崇敬心情描述司马迁与黑暗势力进行激烈的抗争，我们说司马迁通过《史记》成一家之言，并表现出中国文化的艺术精神，其思想渊源，本与这种与古老氏族伦理情感密切联系的儒家思想有关，正说明《史记》本是中国文化发展的必然结果。司马迁在“为群体的政治”前面又加上了“为群体的个体”的信念，将个人的理想追求，融入民族社会的共同事业，这是他继承儒学又改造儒学的功绩。所以，《史记》中的历史人物，尤其那些仁人志士，充满了以天下为己任的历史责任感，个人的作用往往与历史进程息息相关。为民族做出贡献的人因此而流芳百世，为个人私欲害人害国者因此而遗臭万年。儒家所需要的理想人格或许在现实中“踏破铁鞋无觅处”，但在《史记》中却有令人信服的答案。孔子、屈原、张良、陈平、李广……一个个栩栩如生的历史人物一齐描述“为群体的政治”，展示伟大的人格理想图画。所以，历代经学家都援引《史记》中的人物故事来证实自己对儒学的见解，司马迁也常常被后代经学家看作是儒学宗师之一，而不去计较他实际是将儒学中个体与群体关系做了重新解释，也忽视了司马迁对儒学改造的意义甚至超过了董仲舒。
    司马迁通过对个体与群体关系的重新解释，改变了孔子儒学的内向倾向，一方面在复杂的人生历程中“不怨天，不尤人”，一方面将个人人格的实现与对现实的改造结合起来，以“仁者必有勇”的态度去“知其不可为而为之”，即以自己的智慧和生力，去抗争各种丑恶势力，去追求代表整个民族希望的“三王之道”，使自己这一家之言，能够成为整个民族的主体认识能力，从而创造整个民族自古以来就在梦寐以求的理想境界。他不象颜渊那样，“一箪食，一瓢饮，人不堪其忧，回也不改其乐”，即只考虑个人的心理平衡，以自我精神解脱的方式求得人格的自我完善。他是以忧国忧民之心，爱憎分明，褒贬时政，以勇敢的斗争体现个人尊严及其对群体的价值。从这个意义上讲，司马迁不是追随孔子而是发展了孟子的儒学。尽管孟子也是将政治经济方面的残酷争斗转化为意识形态上的自觉追求，也是用“仁政王道”的空想性说教代替具体的社会改革措施；但他毕竟将孔子那种对氏族血缘温情的留恋改为面对阶级对抗的现实，并试图找到一种协调办法。孟子选择了“君”与“民”作为他的协调目标，提出了“民为贵，社稷次之，君为轻”的标准。当然，他不是要“民”来决定“君”的存在，而是要“君”按照这个标准来治理国家，即所谓“保民而王”。这就是说统治者要想长期做统治者，必须重新调整自己的剥削量，要轻徭薄赋，要听政于国人，甚至个人生活情趣也要考虑到“忧民之忧”和“乐民之乐”。虽然孟子的主张对于统治者来说不过是一种道德说教：“不仁而得国者有之矣，不仁而得天下，未之有也”，统治者是否施仁政，取决于他有否王天下的志向，然而孟子毕竟带着发自“民”心底的原始民主意识，向统治者提出了要求。孟子一扫孔子周游列国处处碰壁的窘态，“后车数十乘，从者数百人”，到处批评列国国君，弄得“王顾左右而言他”，为中国的儒家文化，增添了这样一种温和批判主义的实践精神。孟子认为仁人志士的人生价值不在于趋炎附势，就任高官，而在于抨击时弊，为民请命。他说：“有天爵者，有人爵者。仁义忠信，乐善不倦，此天爵也。公卿大夫，此人爵也。古之人修其天爵，而人爵从之。今之人修其天爵，以要人爵；既得人爵，而弃其天爵，则惑之甚者也。”（12）孟子认为行仁义的“天爵”高于总权柄的“人爵”，实际是认为人的主体自我选择构成了人的自我价值的基石。孟子指出了“天爵”与“人爵”之间的矛盾，通过崇尚“天爵”而崇尚仁义，实际是肯定了这种温和批判的价值。当然他的温和批判是从包括统治者在内的整个民族的立场发言，所以在一定程度上能为统治者所容忍甚至提倡。司马迁正是继承了孟子的温和批判精神，抨击邪恶，颂扬正义，并在以汉武帝为代表的专制暴政面前坚持以“天爵”抗“人爵”，舍身以取义的崇高气节，将温和批判变成了激烈抗争。《史记》中塑造了许多抗争强暴的历史人物形象，也记录了许多温和批判的历史事件，但最令读者感动的历史人物和历史事件却是司马迁本人的伟大实践。他的经历和《史记》的内容，都强化了儒家以温和批判方式为民请命的基本精神，显示了中国儒家士人在舍身取义的过程中实现人生价值的最高理想，因此司马迁确实不自觉地提高了儒家思想在中国传统文化中的主干地位。他从未宣称自己是儒家，但他确实成了后代儒家士人所推崇的对象。
    司马迁通过《史记》为中华民族输入由理性精神、人文精神、科学的实践精神、强烈的历史责任感共同组成的世界观的同时，又在他的文化建设实践中贡献出他的与中国传统实用理性思维密切联系的方法论。《史记》的写作方法虽然与《吕氏春秋》、《淮南子》有些相近，但《吕氏春秋》和《淮南子》毕竟是众多学者的集体创作，《史记》却是司马迁个人的奋斗结果，从而表现出特殊的价值。作为汉初以思想理论为中心的文化建设的最后阶段，不管后人怎样评价，司马迁是准备通过《史记》向社会提供一种学术思想，并期望它能成为社会所承认的意识形态。学术思想能否成为社会的统治意识，这是一个与中国传统文化密切联系的问题。因为中国封建统治者本是由古代氏族首领“王”转化而来，多少要与古代氏族的民主议事遗风有些联系，社会统治意识当然受统治者个人的好恶、度量影响，却又不能不受统治者周围的辅佐臣僚、文化士人的意见制约，于是多少要包含一点学术思想在内，因此统治意识和学术思想可以互相渗透。在司马迁之前，董仲舒显然是将学术思想按照统治者的需要进行修订，使之迅速成为统治意识。他将阴阳五行系统论中保留的古代科学因素用来强化封建专制统治，最直接的恶果便是在西汉末年出现了谶纬神学，也使中国学术思想陷入统治意识的囹圄，丧失了科学的独立性。我们批判董仲舒的学术方法，正可以说明司马迁修《史记》道路的可贵。司马迁修《史记》脱离了封建史官建置的束缚，虽然“私修”史书相对官修史书有更多条件上的不足，但至少在学术思想上保证了较少受封建专制制度的干涉和影响，较多保证了史家本人的独立意识。此外，司马迁通过史学来反映人类社会发展的基本规律，也与中国传统的实用理性思维方式相适应。董仲舒用“阴阳五行”解释社会的发展能够取得成功，无非因为阴阳五行能够在人们的生活实践中找到例证，他利用人们生活实践中的实用理性思维方式，建立起阴阳五行宇宙论系统图式，使得“天人感应”的谶纬神学获得社会的承认，成为一种统治意识。司马迁修《史记》实际也采用了这样一种适应中国传统实用理性思维的办法，他在“摆事实，讲道理”的过程中，信守“考而后信”的原则，尽量用事实来证明正确或错误，避免主观论说。他选用的材料，多是人们在生活实践中直接感觉到的内容，尽量避免那些荒诞不经的神怪传说，即使在叙述“天道”所制约的人事活动时，也突出人顺应客观规律的积极活动，得出“势成为天”的结论。这样一来，司马迁的史学显然比董仲舒的谶纬神学有更为坚实的基础，于是，董仲舒的理论从东汉开始就受到思想家的批评，而司马迁的《史记》代代相传，一直作为可信的理论根据，作为“史家之绝唱”。中国传统的实用理性思维使司马迁所开创的史学有广阔的发展前景，《史记》所奠定的中国史学使中国人更为尊重经验，尊重客观，尊重实践，尊重事实，尊重扬善抑恶的行动，尊重刚正不阿的直笔精神。从这个意义上说，司马迁修《史记》所坚持的适应中国传统思维方式的科学方法论，是他对中国文化即中华民族的基本精神在人生观、世界观之外的又一巨大贡献。